计算化学公社

标题: Sobtop中的二面角周期势函数的参数如何设置？ [打印本页]

作者
Author: Wenchuan 时间: 2023-9-9 19:32
标题: Sobtop中的二面角周期势函数的参数如何设置？
请问在Sobtop中的bonded_param.dat文件的二面角$DIHEDRAL部分中，“Column 2: The factor by which the torsion barrier is divided (IDIVF)”，具体是什么参数？例如1,2,3等是根据什么设置的？假如我通过拟合得到一个二面角势函数为E_dihedral = 16000* (1 + cos(3*phi - 0))，PN设为3，phase设为0，IDIVF和PK分别设为什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-9 22:22
Amber力场二面角参数的解释
http://sobereva.com/1

作者
Author: Wenchuan 时间: 2023-9-11 15:39

sobereva 发表于 2023-9-9 22:22
Amber力场二面角参数的解释
http://sobereva.com/1

谢谢您的帮助

作者
Author: xishaofan 时间: 2025-12-19 12:58
本帖最后由 xishaofan 于 2026-1-7 13:58 编辑

sobereva 发表于 2023-9-9 22:22
Amber力场二面角参数的解释
http://sobereva.com/1

请问老师，

1. 我在用Sobtop生成GAFF2力场的拓扑文件时，itp文件里[ dihedrals ]出现了“missing”
项，是不是需要自己拟合二面角项参数，手动加入进去？
[ dihedrals ] ; propers
  11    33    34    38       9       0.000    0.00000 1    ; C11-C33-N34-H38 (c3-c-ns-hn) missing
2. 对于下面这一项，是否还需要自行拟合？
[ dihedrals ] ; impropers
; atom_i  atom_j  atom_k  atom_l  functype  phase (Deg.)  kd (kJ/mol)  pn
11    34    33    37       4    180.000    43.93200 2    ; C11-N34-C33-O37, prebuilt X-X-c-o

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-24 05:19

xishaofan 发表于 2025-12-19 12:58
1.请问老师，我在用Sobtop生成GAFF2力场的拓扑文件时，itp文件里[ dihedrals ]出现了“missing”
项，是 ...

1 自己拟合原理上最好，但也可以试图借用。也可以试试GAFF、AMBER力场看看有没有参数。反正不能为0

2 不用

作者
Author: xishaofan 时间: 2025-12-25 20:15

sobereva 发表于 2025-12-24 05:19
1 自己拟合原理上最好，但也可以试图借用。也可以试试GAFF、AMBER力场看看有没有参数。反正不能为0

2 ...

好的，谢谢老师！

作者
Author: xishaofan 时间: 2026-1-10 22:09

sobereva 发表于 2025-12-24 05:19
1 自己拟合原理上最好，但也可以试图借用。也可以试试GAFF、AMBER力场看看有没有参数。反正不能为0

2 ...

老师您好，下列数据是用sobtop生成的gaff2力场的二面角参数，该参数显示missing有缺失。
[ dihedrals ] ; propers
; atom_i  atom_j  atom_k  atom_l  functype d0 (Deg.) k (kJ/mol/rad^2) ; Case of functype=2
; atom_i  atom_j  atom_k  atom_l  functype  phase (Deg.)  kd (kJ/mol) pn    ; Case of functype=9
17    18    20    64       9       0.000    0.00000 1    ; C17-C18-N20-H64 (c3-c-ns-hn) missing,
19    18    20    21       9       0.000    0.00000 1    ; O19-C18-N20-C21 (o-c-ns-c3) missing
我在amber力场中找到了类似二面角参数如下：
X C N X    9    180.0    10.46000    2  ; AA,NMA。
请问我可以用该参数直接替换图片缺失参数吗？
进行替换时是不是phase (Deg.) ， kd (kJ/mol) ，pn这三项都要进行替换？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-10 22:30

xishaofan 发表于 2026-1-10 22:09
老师您好，下列数据是用sobtop生成的gaff2力场的二面角参数，该参数显示missing有缺失。
[ dihedrals ] ...

形式上可以替换。但应该先结合当前结构看看这个二面角是否重要，较重要的不建议用通配型的参数，毕竟粗糙
是

作者
Author: xishaofan 时间: 2026-1-11 16:25

sobereva 发表于 2026-1-10 22:30
形式上可以替换。但应该先结合当前结构看看这个二面角是否重要，较重要的不建议用通配型的参数，毕竟粗糙 ...

谢谢老师回复！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)