计算化学公社

标题: 求助为何我使用GMX跑npt系综时分子无法分散 [打印本页]

作者
Author: FLFL 时间: 2023-9-10 15:14
标题: 求助为何我使用GMX跑npt系综时分子无法分散
分子数是30个，分子大小也改过很多次都不行，还是没法分散。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-10 20:00
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

别人甚至都不知道你跑的什么东西，完全无效的提问

作者
Author: FLFL 时间: 2023-9-11 14:18

sobereva 发表于 2023-9-10 20:00
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http:// ...

不好意思老师。我的体系是一个膜分子和水的体系。目的想加入amn分子后能促进pei分子更分散，所以做了对比模拟。但是pei这个体系跑完npt后分子没法分散，去掉水后计算总孔量也全是0，而加入amn后的体系就比较正常，所以想问问老师是啥原因。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-11 22:10

FLFL 发表于 2023-9-11 14:18
不好意思老师。我的体系是一个膜分子和水的体系。目的想加入amn分子后能促进pei分子更分散，所以做了对比 ...

如果已知实验上pei分子就是能一定程度分散在水里，可能pei分子或水分子用的LJ参数或原子电荷不够理想所致。如果温度对分散性有较大影响，也注意测试不同温度的情况。
另外，当前体系有点偏小，最好多加点水

作者
Author: FLFL 时间: 2023-9-13 10:03

sobereva 发表于 2023-9-11 22:10
如果已知实验上pei分子就是能一定程度分散在水里，可能pei分子或水分子用的LJ参数或原子电荷不够理想所致 ...

请问老师，这个体系有点偏小是什么意思呢，盒子是5*5*5nm的，盒子先插入30个pei分子然后用solvate命令直接填充满水分子，是盒子太小吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-13 22:14

FLFL 发表于 2023-9-13 10:03
请问老师，这个体系有点偏小是什么意思呢，盒子是5*5*5nm的，盒子先插入30个pei分子然后用solvate命令直 ...

扩大盒子再填充水

你研究的是分散行为，但水的数目这么少，即便完全分散也会有较高的浓度。如果分子实际并不容易溶解在水里，那么会很容易会由于浓度过高而有团聚

作者
Author: FLFL 时间: 2023-9-14 08:56

sobereva 发表于 2023-9-13 22:14
扩大盒子再填充水

你研究的是分散行为，但水的数目这么少，即便完全分散也会有较高的浓度。如果分子实 ...

我懂了，谢谢老师

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