计算化学公社

标题: 请问如何向多帧.xyz文件中每一帧添加晶胞参数？ [打印本页]

作者
Author: Rosefinch 时间: 2023-9-10 16:58
标题: 请问如何向多帧.xyz文件中每一帧添加晶胞参数？
我用CP2K计算了一个NVT的AIMD，输出的xyz轨迹文件没有晶胞参数信息，请问有什么方便的脚本或者软件可以将晶胞参数添加到每一帧里吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-10 19:57
直接让CP2K以dcd格式输出轨迹多好，有各帧盒子信息，而且文件尺寸比xyz轨迹还小得多

作者
Author: goldNAN 时间: 2023-9-11 12:03
ase 可以
先读取xyz 然后逐帧构建 ase.Atoms(),再对每一帧使用 x.set_cell x.set_pbc，最后写出xyz就行
为什么不输出pdb pdb里有晶格信息

作者
Author: Rosefinch 时间: 2023-9-11 17:00

sobereva 发表于 2023-9-10 19:57
直接让CP2K以dcd格式输出轨迹多好，有各帧盒子信息，而且文件尺寸比xyz轨迹还小得多

学到了，以后设置为dcd格式试试，谢谢sob老师。

作者
Author: Rosefinch 时间: 2023-9-11 17:01

goldNAN 发表于 2023-9-11 12:03
ase 可以
先读取xyz 然后逐帧构建 ase.Atoms(),再对每一帧使用 x.set_cell x.set_pbc，最后写出xyz就行
...

谢谢你，我先去学一下ase的命令，之前没用过这个软件。

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