计算化学公社

标题: 求助按照视频教程使用multiwfn和VMD绘制分子轨道图，不成功，求解 [打印本页]

作者
Author: 肖克利 时间: 2023-9-11 11:29
标题: 求助按照视频教程使用multiwfn和VMD绘制分子轨道图，不成功，求解
本帖最后由肖克利于 2023-9-16 10:19 编辑

看了sob老师发的使用multiwfn+VMD绘制分子轨道图，觉得十分方便并且清楚，想要学习一下。
按照视频教程一步一步走，一切都很正常，但是到最后在 VMD口令窗口输入“orb xxx” 之后，点击回车，VMD 展示窗口不显示轨道波函数图，只显示了分子结构，如图所示。输入别的轨道，VMD展示窗口也无变化，不显示波函数（但是在gaussview中这些轨道是有波函数的）。请问各位老师，碰到这种情况如何解决？
VMD版本是193的，路径中也没有中文。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-12 20:05
看VMD文本窗口显示什么

并且确保你的cub文件本身没问题。即cub文件载入Multiwfn后进入主功能0就能看到等值面

作者
Author: kimariyb 时间: 2023-9-13 09:21
你这样说得太笼统了，很难回答

作者
Author: 肖克利 时间: 2023-9-15 16:10

sobereva 发表于 2023-9-12 20:05
看VMD文本窗口显示什么

并且确保你的cub文件本身没问题。即cub文件载入Multiwfn后进入主功能0就能看到等 ...

sob老师你好，VMD窗口的内容以及cub文件载入multiwfn后显示的内容我将它们编辑在主楼了，还麻烦您帮忙看一下，谢谢老师！

作者
Author: 肖克利 时间: 2023-9-15 16:11

kimariyb 发表于 2023-9-13 09:21
你这样说得太笼统了，很难回答

您好，我又编辑了两张图片放在主楼，如果可以的话烦请您帮我指点一下，谢谢。

作者
Author: 肖克利 时间: 2023-9-15 16:21

sobereva 发表于 2023-9-12 20:05
看VMD文本窗口显示什么

并且确保你的cub文件本身没问题。即cub文件载入Multiwfn后进入主功能0就能看到等 ...

sob老师，我还有一个问题，优化完成得到fchk文件，在gaussview里面看轨道波函数，化学键结构是完整的。但是在VMD里面显示的结构某些部分的化学键消失了，这是正常的吗？请sob老师指点。

作者
Author: snljty2 时间: 2023-9-15 18:16

肖克利发表于 2023-9-15 16:21
sob老师，我还有一个问题，优化完成得到fchk文件，在gaussview里面看轨道波函数，化学键结构是完整的。但 ...

看卢老师博文《谈谈原子间是否成键的判断问题》和《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》，这种问题没有必要专门问卢老师。

作者
Author: 肖克利 时间: 2023-9-15 19:36

snljty2 发表于 2023-9-15 18:16
看卢老师博文《谈谈原子间是否成键的判断问题》和《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》，这 ...

谢谢解答！我会认真阅读并且学习的！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-16 01:46
你的cub文件明显有问题。完整说清楚怎么计算的，从Multiwfn启动开始的所有命令一行都不能少。并且我高度怀疑你用的是根本不含波函数信息的文件当Multiwfn的输入文件

作者
Author: 肖克利 时间: 2023-9-16 10:12

sobereva 发表于 2023-9-16 01:46
你的cub文件明显有问题。完整说清楚怎么计算的，从Multiwfn启动开始的所有命令一行都不能少。并且我高度怀 ...

老师您好，我计算的是一个双核Ru配合物。gjf文件内容如下：
%mem=50GB
%nprocshared=24
%chk=RupipMe.chk
#p opt freq bp86/genecp geom=connectivity empiricaldispersion=gd3bj

RupipMe

0 1
Ru                2.07510620 7.28924414 0.74943423
N                1.78540620 9.04254414 1.95753423
H                0.89550620 9.16934414 2.00743423
N                2.49030620 11.34684414 3.57283423
H                3.38650620 11.27304414 3.54893423
C                3.73800620 5.40074414 2.23633423
C                2.33870620 10.29174414 1.35443423
H                1.99600620 10.39484414 0.46323423
H                3.29420620 10.21954414 1.29933423
C                2.24860620 8.90334414 3.35023423
H                3.19950620 8.77184414 3.34533423
H                1.84500620 8.12574414 3.74363423
C                1.93830620 10.12704414 4.21533423
H                0.98390620 10.22084414 4.26263423
C                1.97190620 11.51554414 2.18243423
H                2.34410620 12.30634414 1.78453423
H                1.01690620 11.61104414 2.20743423
C                2.46960620 9.96244414 5.59603423
H                2.00033435 10.76321308 5.83924626
H                1.89980436 9.19417095 5.68323535
O                2.05510620 5.68324414 -0.31106577
O                2.70210620 6.17064414 2.34753423
O                4.38610620 5.23874414 1.11753423
O                4.16290620 4.78214414 3.25093423
O                0.15280620 6.90564414 1.23363423
H                -0.08999380 6.17594414 0.87083423
H                0.08470620 6.83874414 2.07783423
Ru                3.81290620 6.29184414 -0.53636577
N                4.10260620 4.53854414 -1.74446577
H                4.99250620 4.41174414 -1.79436577
N                3.39770620 2.23424414 -3.35976577
H                2.50150620 2.30804414 -3.33586577
C                2.15000620 8.18034414 -2.02326577
C                3.54930620 3.28934414 -1.14136577
H                3.89200620 3.18624414 -0.25016577
H                2.59380620 3.36154414 -1.08626577
C                3.63940620 4.67774414 -3.13716577
H                2.68850620 4.80924414 -3.13226577
H                4.04300620 5.45534414 -3.53056577
C                3.94970620 3.45404414 -4.00226577
H                4.90410620 3.36024414 -4.04956577
C                3.91610620 2.06554414 -1.96936577
H                3.54390620 1.27474414 -1.57146577
H                4.87110620 1.97004414 -1.99436577
C                3.41840620 3.61864414 -5.38296577
H                3.63660620 2.84204414 -5.90246577
H                3.82070620 4.39424414 -5.78186577
O                3.83290620 7.89784414 0.52413423
O                3.18590620 7.41044414 -2.13446577
O                1.50190620 8.34234414 -0.90446577
O                1.72510620 8.79884414 -3.03786577
O                5.73520620 6.67544414 -1.02056577
H                5.97800620 7.40514414 -0.65776577
H                5.80330620 6.74234414 -1.86476577
H                3.16556468 9.88227309 6.25239876
H                2.36316489 3.77960478 -5.30909112

1 2 1.0 21 1.0 22 1.0 25 1.0 28 1.0 48 1.0 50 1.0
2 3 1.0 7 1.0 10 1.0
3
4 5 1.0 13 1.0 15 1.0
5
6 22 1.0 23 1.0 24 1.0
7 8 1.0 9 1.0 15 1.0
8
9
10 11 1.0 12 1.0 13 1.0
11
12
13 14 1.0 18 1.0
14
15 16 1.0 17 1.0
16
17
18 19 1.0 20 1.0 55 1.0
19
20
21 28 1.0
22
23 28 1.0
24
25 26 1.0 27 1.0
26
27
28 29 1.0 48 1.0 49 1.0 52 1.0
29 30 1.0 34 1.0 37 1.0
30
31 32 1.0 40 1.0 42 1.0
32
33 49 1.0 50 1.0 51 1.0
34 35 1.0 36 1.0 42 1.0
35
36
37 38 1.0 39 1.0 40 1.0
38
39
40 41 1.0 45 1.0
41
42 43 1.0 44 1.0
43
44
45 46 1.0 47 1.0 56 1.0
46
47
48
49
50
51
52 53 1.0 54 1.0
53
54
55
56

O C H N 0
6-311G*
****
Ru 0
LANL2DZ
****

Ru 0
LANL2DZ

将以上gjf文件用高斯计算得到了fchk文件。
将优化完成的fchk载入multiwfn中是可以看到不同轨道的波函数的。但是和VMD连用就无法正常显示。
将cub文件载入multiwfn中从启动到开始的命令我编辑在主楼，麻烦老师了.

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-18 08:55

肖克利发表于 2023-9-16 10:12
老师您好，我计算的是一个双核Ru配合物。gjf文件内容如下：
%mem=50GB
%nprocshared=24

我让你贴的是用Multiwfn产生cub文件的过程，不是载入cub文件在主功能0里试图看等值面的过程

作者
Author: 肖克利 时间: 2023-9-18 09:32

sobereva 发表于 2023-9-18 08:55
我让你贴的是用Multiwfn产生cub文件的过程，不是载入cub文件在主功能0里试图看等值面的过程

老师，修改完showorb.bat文件以后，multiwfn文件夹里会出现我想要的几个轨道的cub文件，但是几秒钟之后就自动转移到VMD文件夹里了，showorb.bat也会自动关闭。这个过程没有启动multiwfn，所以我不太明白您的意思。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-18 10:20

肖克利发表于 2023-9-18 09:32
老师，修改完showorb.bat文件以后，multiwfn文件夹里会出现我想要的几个轨道的cub文件，但是几秒钟之后就 ...

Multiwfn根本没启动（假设你没有错误理解实际情况）说明.bat文件里Multiwfn可执行文件的路径根本就没写对
仔细看下文弄清楚批处理文件是怎么回事，补充基本常识知识
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

作者
Author: 肖克利 时间: 2023-9-18 11:13

sobereva 发表于 2023-9-18 10:20
Multiwfn根本没启动（假设你没有错误理解实际情况）说明.bat文件里Multiwfn可执行文件的路径根本就没写对 ...

谢谢老师抽出宝贵的时间，我会认真阅读学习的。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)