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标题: 关于不同温度下烷烃体系平衡的问题 [打印本页]

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Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-11 16:20
标题: 关于不同温度下烷烃体系平衡的问题
各位老师，我用OPLS-AA/M和L-OPLS力场跑同一个长链烷系统，为避免温度突然升高导致体系崩溃，0-10ns对应升温0-343K，之后343K下跑了50ns，分析了RMSD、回转半径、能量、密度等参数。
发现OPLS-AA/M的在x轴方向的回转半径在35ns左右降至最低且与x、z轴差别较大并保持稳定，相对应的构象上看出现结晶，但在这个温度下，长链烷烃系统不可能发生结晶。
而L-OPLS的RMSD和回转半径一直处于来回波动的状态，构象上看无结晶现象与现实相符合，其密度、势能等参数在10ns温度不变后就已经稳定了。
因为在343K下L-OPLS力场更符合实际情况，继续用此力场进行后续的低温计算。在303K下进行50ns的md，现实体系已经结晶，但模拟并未有丝毫结晶现象，回转半径和RMSD和343时呈现液态特征。查看L-OPLS原始文献，发现至少要模拟100ns才会有结晶现象，判断50ns体系并未平衡。
那么在343K时模拟50ns的体系算是平衡了吗，同体系不同温度对应的平衡时间是否相同，在做温度更低的模式时时间是否还需加长呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-12 19:30
继续跑，跑到200ns再看看。如今GPU加速跑这种尺度是很容易的事

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-13 10:27

sobereva 发表于 2023-9-12 19:30
继续跑，跑到200ns再看看。如今GPU加速跑这种尺度是很容易的事

社长，是跑低温那个吗。高温那个是否已经能够判断平衡了呢，也就是说不同温度下需要的平衡时间不同

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-13 22:12

关于时间DE 发表于 2023-9-13 10:27
社长，是跑低温那个吗。高温那个是否已经能够判断平衡了呢，也就是说不同温度下需要的平衡时间不同

是

高温情况下分子整体扩散运动、构象变化比较快，有可能更容易达到平衡

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-14 16:33

sobereva 发表于 2023-9-13 22:12
是

高温情况下分子整体扩散运动、构象变化比较快，有可能更容易达到平衡

收到！谢谢sob老师指导

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-17 09:26

sobereva 发表于 2023-9-12 19:30
继续跑，跑到200ns再看看。如今GPU加速跑这种尺度是很容易的事

老师，我把低温下的体系跑了200ns后，仍然没有出现结晶现象，检查了好多遍不知道哪里出现了问题，下面是我的gmx相关文件，烦请老师检查指导链接：https://pan.baidu.com/s/176FWahwbvy8fMbewCQCJJA
提取码：o4ji

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Author: sobereva 时间: 2023-9-18 09:17

关于时间DE 发表于 2023-9-17 09:26
老师，我把低温下的体系跑了200ns后，仍然没有出现结晶现象，检查了好多遍不知道哪里出现了问题，下面是 ...

我暂时没时间看
你可以先试试直接在非常低温度下跑
如果结晶了，把一部分结晶的结构和未结晶的结构组合在一起，在原本模拟的温度下跑，看看结晶区域是否逐渐增加，如果是的话也说明当前温度下能结晶、平衡后应当是完全结晶的。完全未结晶的结构直接模拟出现自发结晶可能需要的时间尺度非常大。

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-23 00:04

sobereva 发表于 2023-9-18 09:17
我暂时没时间看
你可以先试试直接在非常低温度下跑
如果结晶了，把一部分结晶的结构和未结晶的结构组合 ...

老师，我在243K下跑了300ns，仍然未结晶，实在是不知道问题出在哪里了

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Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-23 00:31

关于时间DE 发表于 2023-9-23 00:04
老师，我在243K下跑了300ns，仍然未结晶，实在是不知道问题出在哪里了

我还模拟了L-OPLS原文中使用的C15，原文中50ns就已经形成一半晶体一般液体的体系，但我这边300ns仍未结晶

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Author: 对抗路达摩 时间: 2023-9-23 02:19
结晶是比较玄学的，仔细看他们原文中有没有丢一个晶核或者类似的东西进去

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Author: 关于时间DE 时间: 2023-9-23 15:25

对抗路达摩发表于 2023-9-23 02:19
结晶是比较玄学的，仔细看他们原文中有没有丢一个晶核或者类似的东西进去

L-OPLS原文没说

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