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标题: gromacs合并轨迹后运行RMSD的问题 [打印本页]

作者
Author: azzz 时间: 2023-9-12 09:29
标题: gromacs合并轨迹后运行RMSD的问题
各位老师好，在下新接触gromacs，有一问题想不明白请大家指导，谢谢！
我的结构是蛋白-蛋白复合物，在charmm-gui制作溶液后转到gromacs进行10步1ns的成品模拟，该过程无报错已经顺利结束。

现在分析结果时，需要把1-10ns的轨迹文件合并，分析RMSD和△G，在RMSD这一步出现以下错误信息：
Fatal error:
Molecule in topology has atom numbers below and above natoms (2334).
You are probably trying to use a trajectory which does not match the first
2334 atoms of the run input file.
You can make a matching run input file with gmx convert-tpr.

我使用的命令如下：
gmx trjcat -f step5_1.xtc step5_2.xtc step5_3.xtc step5_4.xtc step5_5.xtc step5_6.xtc step5_7.xtc step5_8.xtc step5_9.xtc step5_10.xtc -o combined_traj.xtc -settime （选择c）
gmx trjconv -s step5_10.tpr -f combined_traj.xtc -o combined_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact （选择backbone）
gmx rms -s step5_10.tpr -f combined_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns （选择backbone）

命令参考了论坛里之前的帖子，sob老师提到说tpr文件无需合并，用哪个tpr都可以，所以这里使用了10ns的tpr文件step5_10.tpr。
另外也尝试了gmx convert-tpr -s step5_10.tpr -o fixed.tpr (选protein) 再进行后续计算，仍然是一样的报错。
希望各位大佬帮帮我T T感谢！

作者
Author: azzz 时间: 2023-9-12 10:33
已解决，gmx trjconv -s step5_10.tpr -f combined_traj.xtc -o combined_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact 这步选择system

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-7-8 13:39
你好,请问一下,第二步中
gmx trjconv -s step5_10.tpr -f combined_traj.xtc -o combined_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact （选择backbone）
这里应该是把蛋白质居中不,为什么选的不是Protein和System

参考资料
http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/09_analysis.html

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