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标题: 使用RDF及其累计数曲线计算配位数问题 [打印本页]

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Author: LHY1999LHY 时间: 2023-9-12 15:42
标题: 使用RDF及其累计数曲线计算配位数问题
本帖最后由 LHY1999LHY 于 2023-9-12 15:43 编辑

大家好，最近使用GROMACS gmx rdf命令与-cn，得到体系中bmim+上N原子（有两个N,选取其中一个N）与其周围水分子上O原子的RDF与累计数曲线，如图片所示
我的疑惑是，二者交点在第二个峰，得到的3.244是否代表着O在N周围第二溶剂壳层的配位数，还是有其他意义？谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-12 17:37
两条曲线的物理意义完全不一样，交点没有任何意义

作者
Author: LHY1999LHY 时间: 2023-9-12 18:42

sobereva 发表于 2023-9-12 17:37
两条曲线的物理意义完全不一样，交点没有任何意义

好的，谢谢老师

作者
Author: Starrymoon 时间: 2025-6-20 11:14

sobereva 发表于 2023-9-12 17:37
两条曲线的物理意义完全不一样，交点没有任何意义

老师您好，请问贴主这张图中，rdf第一个峰谷作垂线与配位数曲线交点的y坐标值即为第一层配位数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-21 04:21

Starrymoon 发表于 2025-6-20 11:14
老师您好，请问贴主这张图中，rdf第一个峰谷作垂线与配位数曲线交点的y坐标值即为第一层配位数吗？

是

作者
Author: Starrymoon 时间: 2025-6-22 14:49

sobereva 发表于 2025-6-21 04:21
是

好的，非常感谢老师

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