标题: 求助NVT平衡时报错：Non-default thread affinity set probably by the OpenMP lib... [打印本页] 作者Author: I150 时间: 2023-9-12 20:37 标题: 求助NVT平衡时报错：Non-default thread affinity set probably by the OpenMP lib... 本帖最后由 I150 于 2023-9-12 20:37 编辑
NVT平衡操作：
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p ww.top -o nvt.tpr
gmx mdrun -deffnm nvt
这里先是报错：
step 0: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
starting mdrun 'ww in water'
50000 steps, 20000.0 ps.
然后根据其他帖子老师的解答，
我修改dt=0.002就不报这个错了，但是又报错：Non-default thread affinity set probably by the OpenMP library,disabling internal thread affinity
starting mdrun 'ww in water'
50000 steps, 50.0 ps.
详情如下及附件：
我检查了初始结构的mol2文件，在GAUSSIAN VIEW里看不出明显错误（我看的是：原子数目对不对、元素对不对、符不符合分子式、符不符合分子结构式），详情见附件，yy指的是紫杉醇分子
另外能量最小化过程没有这一类的报错，我看其他求助帖子同样的问题都是出在能量最小化这一步。我还试了试调整constraints = h-bonds /all-bonds，没有变化。
另外我这个分子模拟是两个分子间自组装，用的水模型是tip4p（该模型是直接按照一篇帖子“[GROMACS] 求助如何将两种小分子的itp文件include 到一个top文件里面，并进行能量最小化 ”来的）。
请老师帮助。
作者Author: sobereva 时间: 2023-9-12 21:30
Non-default thread affinity set probably by the OpenMP library,disabling internal thread affinity根本不是报错
那叫GaussView