计算化学公社

标题: 7B13安装VASP6.4.1体验 [打印本页]

作者
Author: fantexi113 时间: 2023-9-13 09:41
标题: 7B13安装VASP6.4.1体验
本帖最后由 fantexi113 于 2023-9-13 09:41 编辑

最近组装了一台3代EPYC，主要用于VASP计算。配置如下：

CPU：7B13
主板：技嘉MZ32-AR0
内存：32*8 2666v （超频到3200使用）
硬盘：PM9a3 1.92t

使用了三种方法安装VASP6.4.1：

1. AOOC 3.2.0 + AOCL（基于AOOC3.2.0） + OpenMPI 4.1.4，系统Rocky Linux 9.2，参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/557466113；http://bbs.keinsci.com/thread-37137-1-1.html。

最终编译成功了，但是运行效率奇慢，可能编译过程哪个地方有错误，找不到原因，遂放弃。

2. Intel OneAPI 2023.1，系统Rocky Linux 9.2，参考：https://www.jianshu.com/p/54c7d105ce20。

编译比较顺利，vtst也编译成功。但是不支持export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5命令加速。

3. Intel_Parallel_Studio_XE_2018_update0，系统CentOS 7-2009，参考：http://.cn/schemedetails-288.html，http://.cn/schemedetails-302.html，https://www.jianshu.com/p/54c7d105ce20，https://www.jianshu.com/p/4a75e0efe8c4。

编译比较顺利，vtst也编译成功。支持export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5命令加速。
但是系统换成Rocky Linux 9.2，编译老是报错，估计是gcc版本太新的原因，参考https://www.jianshu.com/p/4a75e0efe8c4，应该也可以安装，后面没有尝试。

第1种论坛有人已经测试过没问题，但是我安装后就运行效率非常慢，也没找到原因。
Intel_Parallel_Studio_XE和OneAPI，这个大神已经测试对比过（https://www.jianshu.com/p/4a75e0efe8c4），Intel_Parallel_Studio_XE_2018和2016比OneAPI效率高，我测试的也是如此，只是我测试2018和2016版本差异不大。Intel_Parallel_Studio_XE_2016在CentOS下安装不上vtst，所以目前使用Intel_Parallel_Studio_XE_2018。

目前3代EPYC，建议Intel_Parallel_Studio_XE_2018或2016安装VASP，系统建议CentOS 7-2009。CentOS 7记得开启睿频，默认不开启。Rocky Linux 9.2默认是开启睿频的。

测试结果：xe2018_vasp641vtst_36_vtst：25845s（Total CPU time used）- 24984s （User time）
oneapi2023_vasp641vtst_36_vtst：32417s - 26686s，主要是系统时间很长。

测试不太严谨，有时间再补一下CentOS + oneapi2023的测试。

有个疑问，CPU是7B13，64核128线程，试过32核、36核和48核运行，36核速度最快。这个vasp并行效率有点摸不到头脑，初学，还请不吝赐教。

作者
Author: Weldingspock 时间: 2023-9-13 10:11
请问一下export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5这个加速的来源是哪里呢？是不是只支持oneapi

作者
Author: fantexi113 时间: 2023-9-13 10:47

Weldingspock 发表于 2023-9-13 10:11
请问一下export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5这个加速的来源是哪里呢？是不是只支持oneapi

http://.cn/schemedetails-288.html，http://.cn/schemedetails-302.html，http://bbs.keinsci.com/thread-36834-1-1.html。
这三个帖子，对OneAPI没效果，对XE2016-2018有效果

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-9-13 12:32
您好，可以了请您帮忙去那个36834帖子里面测试一下你这边编译的最快的方式，在50个Hg原子和我那个NiO的速度，方便各位兄弟进一步优化计算速度。

作者
Author: 1030266769 时间: 2023-10-11 21:36
大佬可以求一下Intel_Parallel_Studio_XE_2018_update0这个编译器嘛，目前试过aocc和aocl安装、spack安装都失败了

也不知道为什么，想求一下Intel_Parallel_Studio_XE_2018_update0这个编译器

作者
Author: 1030266769 时间: 2023-10-11 21:37

wypkdhd 发表于 2023-9-13 12:32
您好，可以了请您帮忙去那个36834帖子里面测试一下你这边编译的最快的方式，在50个Hg原子和我那个NiO的速度 ...

大佬有amd安装vasp的经验嘛，目前试过aocc和aocl安装、spack安装都失败了

也不知道为什么，
可以提供测试我的服务器是7B13

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-10-11 23:01

1030266769 发表于 2023-10-11 21:37
大佬有amd安装vasp的经验嘛，目前试过aocc和aocl安装、spack安装都失败了也不知道为什么，
可以提 ...

7B13我帖子里有，就按intel的编译方式搞就完事了。

作者
Author: hersvim 时间: 2023-10-22 23:10
米兰不建议用CentOS 7这么老的系统和内核了

作者
Author: fantexi113 时间: 2023-10-25 11:47

wypkdhd 发表于 2023-9-13 12:32
您好，可以了请您帮忙去那个36834帖子里面测试一下你这边编译的最快的方式，在50个Hg原子和我那个NiO的速度 ...

用的站长50Hg原子测试的，用的incar-long，超线程没关，一直困惑，32以上还变慢了。

4核
(, 下载次数 Times of downloads: 29)

8核
(, 下载次数 Times of downloads: 32)

16核
(, 下载次数 Times of downloads: 32)

32核
(, 下载次数 Times of downloads: 32)

48核
(, 下载次数 Times of downloads: 31)

64核
(, 下载次数 Times of downloads: 38)

作者
Author: fantexi113 时间: 2023-10-25 11:48

1030266769 发表于 2023-10-11 21:36
大佬可以求一下Intel_Parallel_Studio_XE_2018_update0这个编译器嘛，目前试过aocc和aocl安装、spack安装 ...

链接: https://pan.baidu.com/s/1V2jKlogWfVLgHjeqxc0Qiw 提取码: 97x9 复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦

作者
Author: fantexi113 时间: 2023-10-25 11:51

hersvim 发表于 2023-10-22 23:10
米兰不建议用CentOS 7这么老的系统和内核了

用新的系统装Intel_Parallel_Studio_XE_2018_update0老是出问题，所以用CentOS 7了，内核升级到了6.5.2-1.el7.elrepo.x86_64，目前用着还行

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-10-25 21:30

fantexi113 发表于 2023-10-25 11:47
用的站长50Hg原子测试的，用的incar-long，超线程没关，一直困惑，32以上还变慢了。

4核

收到，万分感谢。

作者
Author: comchem 时间: 2023-10-25 22:24
谢谢分享。

作者
Author: Janus 时间: 2023-11-2 08:44

fantexi113 发表于 2023-10-25 11:47
用的站长50Hg原子测试的，用的incar-long，超线程没关，一直困惑，32以上还变慢了。

4核

LOOP时间太短。建议最低的搞20-30s/LOOP step的任务。太短的时间，计算速度的瓶颈不在CPU那儿

作者
Author: 这是神马事 时间: 2023-11-4 09:41
给大家提供一个AOCC+AOCL编译的参考：同样的7b13，用aocc+aocl编译vasp5.4.4，50原子Hg测试，性能比楼主的intel慢20%左右，供大家参考

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-11-7 17:59

这是神马事发表于 2023-11-4 09:41
给大家提供一个AOCC+AOCL编译的参考：同样的7b13，用aocc+aocl编译vasp5.4.4，50原子Hg测试，性能比楼主的i ...

我用intel 2019 vasp5.4.4 amd 7543 8核速度和楼主4核速度一样。

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-11-7 18:00
请教楼主，“系统建议CentOS 7-2009。CentOS 7记得开启睿频，默认不开启。”这句话实际如何操作？

作者
Author: fantexi113 时间: 2023-11-8 10:22
本帖最后由 fantexi113 于 2023-11-8 10:24 编辑

wypkdhd 发表于 2023-11-7 18:00
请教楼主，“系统建议CentOS 7-2009。CentOS 7记得开启睿频，默认不开启。”这句话实际如何操作？

参考这个帖子：http://.cn/schemedetails-288.html

S1:  升级linux内核使其更好地支持7742

uname -r #查看内核版本，若内核版本低于4.0则需要进行内核升级

rpm --import https://www.elrepo.org/RPM-GPG-KEY-elrepo.org #导入ELRepo源公共密钥

rpm -Uvh http://www.elrepo.org/elrepo-release-7.0-3.el7.elrepo.noarch.rpm #安装ELRepo源

yum --enablerepo=elrepo-kernel install kernel-ml #安装最新linux内核

grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg #重建内核启动配置文件

grub2-set-default 0 #设置新安装的内核默认启动（新安装的内核在内核顺序中一般为0）

reboot #重启后用uname -r验证内核是否升级成功

S2:  开启7742睿频

cat /proc/cpuinfo | grep MHz #查看cpu的主频（睿频未开启前，或者内核未升级前，主频处于1500-2500MHz之间）

yum install cpupowerutils #安装cpupower

cpupower  frequency-set -g performance #设置cpu模式为性能模式

作者
Author: fantexi113 时间: 2023-11-8 10:25
本帖最后由 fantexi113 于 2023-11-8 10:27 编辑

fantexi113 发表于 2023-11-8 10:22
参考这个帖子：http://.cn/schemedetails-288.html

S1: 升级linux内核使其更好地支持7742

cn前还有一个词，自动屏蔽了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)