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标题: 已有高斯view输出的cube放在Multiwfn中绘图 [打印本页]

作者
Author: MrD 时间: 2016-8-31 10:47
标题: 已有高斯view输出的cube放在Multiwfn中绘图
请问各位：

已经用高斯view输出了cube文件，比如电子密度静电势等等，想再放到wfn中做等值线，或填色图，但发现好像并不行，只有用wfn载入fchk文件，用wfn自己计算一次电子密度(或其它)才能正常画等值线或填色图。

大家遇到过这种情况么？

请分享经验，多谢。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2016-8-31 10:50
wfn 是指 Multiwfn吗？建议不要随意省略软件名称。另外我觉得做填色图、等值线，甚至是等值面，用Origin或者VMD作图会更加好看一点。

作者
Author: MrD 时间: 2016-8-31 11:06

冰释之川发表于 2016-8-31 10:50
wfn 是指 Multiwfn吗？建议不要随意省略软件名称。另外我觉得做填色图、等值线，甚至是等值面，用Origin或 ...

sorry, 是Multiwfn, 口头说习惯了，一定改正。

我的问题可能没表述明白。

我的意思是，已经用GV产生了cube，将其导入到Multiwfn中，画等值线，是为了进一步导出数据，然后在Origin中做图。但发现GV产生的cube放在Multiwfn中，就不能画等值线了。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-8-31 12:16
不要简写为wfn
Cube文件放到Multiwfn里不可能做很多处理，除了用0看等值面外，可以用功能13做一些操作，例如提取一些数据，进行某方向积分（加和）等等。

个人理解Cube文件存储的是空间中各格点的数值，如果你的要的直线正好沿着格点分布，可以用功能13中的选项输出成数字，提取后作图：

  -5.137685 4.043550 0.081363    0.006359270000000
  -5.137685 4.219942 0.081363    0.006094660000000
  -5.137685 4.396335 0.081363    0.005842210000000
  -5.137685 4.572727 0.081363    0.005601280000000
  -5.137685 4.749119 0.081363    0.005371310000000
  -4.961293  -4.599670 0.081363    0.002590100000000
  -4.961293  -4.423277 0.081363    0.003083300000000
  -4.961293  -4.246885 0.081363    0.003635960000000
  -4.961293  -4.070493 0.081363    0.004252360000000

如果不是，那么直线上的点要重新做格点，然后用fchk对每一点值的相应量重新计算，这些信息在cube文件中不存在。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-31 22:34
手头已经有cube文件的话，如果想基于cube文件绘图，也可以靠Multiwfn实现。具体做法是把settings.ini里的iuserfunc设为-1，此时user defined function就对应于通过cube文件插值得到的函数。之后你用主功能4绘制各种平面图的时候，被绘制的函数选择100 user defined function，得到的就是cube文件里记录的函数对应的平面图了。

用如上方法基于cube文件绘制平面图，效果远远比Multiwfn基于波函数文件绘制得差得多得多！因为后者是Multiwfn直接精确计算出来被绘制的平面上各个点的数值，而前者则是基于立方格点数据插值近似估计出来的。而且，先产生cube文件再画平面图，整个过程也比直接基于波函数文件麻烦，而且耗时多得多，因为计算cube文件得算几十万或者几百万个点，而基于波函数文件绘制平面图一般也就计算分布于平面的200*200个点就够了。

所以，若没有特殊情况，绘制平面图强烈不建议用cube文件。

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