计算化学公社

标题: 使用GROMACS将膜插入蛋白质时，输入控制文件membed.dat时失败 [打印本页]

作者
Author: Ashoreeeeee 时间: 2023-9-13 16:12
标题: 使用GROMACS将膜插入蛋白质时，输入控制文件membed.dat时失败
本帖最后由 Ashoreeeeee 于 2023-9-13 16:17 编辑

使用GROMACS54a7力场进行膜蛋白的模拟，参考sob老师的GROMACS培训班的补充视频。
在使用sob老师补充视频使用的蛋白质和DPPC膜时，可以还原sob老师的操作，及学习过sob老师的操作流程。目前在做自己的蛋白质和生物膜（POPC膜）的模拟。

解释一下目前为止的操作流程和上传的文件。

操作流程：蛋白质文件利用GROMACS54a7力场生成top并进行了修改（这里我的蛋白质是膜表面蛋白质，膜时POPC膜，和sob老师在补充视频里讲的例子并不一样）。但修改的结果是可以进行到下一步且繁复确认没有出错。将蛋白质置于膜上，构建一个可以包含膜和蛋白质的盒子，并向盒子中注水，去掉膜疏水层的水分子，修改top文件，生成pdb文件（即下面文件中的complex-water.pdb）。insert.mdp和membed.dat是sob老师的原件（不过我的gromacs是2022版的，insert.mdp中也有一些命令是gromacs2018年后的版本就没有了，如果有大佬能顺便解答一下这个问题就太好了）。于是又下载了2018版的gromacs进行插入蛋白质操作，在运行命令 gmx grompp -v -deffnm insert -membed membed.dat -mp topol.top 时出现了如下错误（参考最下方图片）。

上传文件：
complex-water.7z：是蛋白质+POPC膜+水（去掉了疏水层的水分子）+Cl-（添加了8个氯离子替换掉SOL）的pdb文件。

topol.top：是正确的（操作步骤中没出现问题），跟随操作步骤修改后的文件。

topol_Protein_chain_X_when_insert.itp：是蛋白质一条链（这个蛋白质是个对称的二聚体）的top文件，里面包含了posre_Protein_chain_X.itp。

topol_Protein_chain_X2_when_insert.itp：是蛋白质的另一条链（这个蛋白质是个对称的二聚体）的top文件，里面包含了posre_Protein_chain_X2.itp。

这里之所以有这么多itp文件，是因为蛋白质里有HIE，用GROMACS54a7力场时必须使用HISB，在更改为gromacs力场可识别的残基名生成top文件时自动生成的。
但目前的topol.top文件是我在操作流程中没有出错的，到目前为止分子数等也都吻合，所以暂时排除了是top文件的问题。

insert.mdp：是sob老师的原件。

memdat.dat：是sob老师的原件（这里的rad值无论是大于0.2还是小于0.2都无法正确运行）。

popc.itp：是Poger作者的论文的补充文件里的POPC膜的itp文件。

lipids_vdw.itp：同上。

init.zip：是init.gro，蛋白质插入膜初始的动力学文件。

请问：我这个蛋白质和膜是不是不能使用membed.dat呢？因为它不是一个膜贯通蛋白质，而是一个膜表面蛋白质，和sob老师作为例子讲解的PDB：1a11完全不一样。
如果可以使用，请教应该怎么编写membed.dat呢？

麻烦大家了。

作者
Author: juqing 时间: 2024-4-15 03:25
您好，我也遇到了和您基本相同的情况，请问您解决了吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)