计算化学公社

标题: 如何使冰的棱柱面位于模拟盒的xy平面内？ [打印本页]

作者
Author: moni0823 时间: 2023-9-13 17:16
标题: 如何使冰的棱柱面位于模拟盒的xy平面内？
本帖最后由 moni0823 于 2023-9-13 17:19 编辑

各位老师同学好，我想重现一篇文献的内容，在其模拟方法中有这么一段操作我不知道如何去执行，需要各位可以给予一些帮助，万分感谢。（红字高亮部分）
(, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-9-13 19:43
在VMD里转动一下，然后把盒子尺寸调换好即可，例如：
[atomselect top all] move [transaxis y by 90]

作者
Author: moni0823 时间: 2023-9-13 20:42

Lacrimosa 发表于 2023-9-13 19:43
在VMD里转动一下，然后把盒子尺寸调换好即可，例如：
[atomselect top all] move [transaxis y by 90]

您好，我构建了如下的一个冰水混合体系（两边水中间冰），如下图所示，试图通过模拟使两边结冰。
按照您的方法，我是不是应该将冰选中，然后使用您提供的命令就行了吗？但是我有个疑问，如何确定是棱柱面位于盒子的xy平面内，我不太清楚，上网查了一些资料之后也是模棱两可。

(, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-9-13 22:46

moni0823 发表于 2023-9-13 20:42
您好，我构建了如下的一个冰水混合体系（两边水中间冰），如下图所示，试图通过模拟使两边结冰。
按照您 ...

上面的命令只是举了个旋转体系的例子。建议的方法是先把冰Ih的晶胞进行旋转，让primary prismatic face平行于xy方向（你需要自己判断哪个面是primary prismatic face，然后进行旋转），然后进行扩胞，加水等操作。

作者
Author: moni0823 时间: 2023-9-14 09:31

Lacrimosa 发表于 2023-9-13 22:46
上面的命令只是举了个旋转体系的例子。建议的方法是先把冰Ih的晶胞进行旋转，让primary prismatic face平 ...

好的，十分感谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)