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标题: 求助：MD模拟中周期性边界条件相关问题 [打印本页]

作者
Author: 藤井树 时间: 2023-9-13 20:29
标题: 求助：MD模拟中周期性边界条件相关问题
本帖最后由藤井树于 2023-9-13 20:43 编辑

各位老师好，我在MD模拟主客体体系完成后，由于盒子体系很小，我的客体分子（仅1个）势必会偏离盒子中心，靠近边界。但后续需要用到洋葱模型，在选定一对给受体之后，外围就不能保证其他主体分子对dimer的作用。

因此想请问，是否有利用周期性边界条件处理的方法，如在盒子另一边添加镜像盒子使用的例子文献？或是针对这一问题有什么更可靠的解决方法？还是只有扩大体系这一个解决方法呢？

考虑到实际情况可能是无定形薄膜，在此只是提出一个想法，希望各位老师批评指正！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-13 22:57
这不需要什么文献
直接用gmx genconf在分子露出的那一侧扩胞一倍就完了

作者
Author: 藤井树 时间: 2023-9-14 08:33
本帖最后由藤井树于 2023-9-14 08:41 编辑

sobereva 发表于 2023-9-13 22:57
这不需要什么文献
直接用gmx genconf在分子露出的那一侧扩胞一倍就完了

谢谢sob老师的解答！
按我的理解，我认为直接扩胞就行，但是不知道这样做后续遭人质疑该怎么科学的解释，因此想找一些参考文献来佐证一下。
ps:比如提问，无定形薄膜也可以直接扩胞用吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-14 18:58

藤井树发表于 2023-9-14 08:33
谢谢sob老师的解答！
按我的理解，我认为直接扩胞就行，但是不知道这样做后续遭人质疑该怎么科学的解释 ...

扩胞本身没任何问题，只是建模层面的事而已
只不过如果你模拟无定型体系用的晶胞太小的话，这将会是槽点，因为这相当于人为强加了过于显著的短程周期性

作者
Author: 藤井树 时间: 2023-9-15 08:09

sobereva 发表于 2023-9-14 18:58
扩胞本身没任何问题，只是建模层面的事而已
只不过如果你模拟无定型体系用的晶胞太小的话，这将会是槽点 ...

明白了，谢谢sob老师点拨

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