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标题: 使用CP2K产生的.cube文件绘制电子密度差图时出现问题 [打印本页]

作者
Author: lisasever 时间: 2023-9-13 21:55
标题: 使用CP2K产生的.cube文件绘制电子密度差图时出现问题
本人在练习完使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)该贴后，尝试采用Sob老师在CP2K培训班中的算例“Pd(1 0 0)晶面对苯分子的吸附”，使用上述帖子中方法作电子密度差图，但是发现在Pd_benzene.cube-Pd.cube-benzene.cube之后却未能得到理想的结果，在Pd基体部分依旧存在电子密度差。鉴于之前已经有人问过类似问题，Sob老师回答可能是输入文件的坐标不对应，本人仔细检查过三个cube文件，发现坐标确实已经对应了，以下是本人最终得到的电子密度差图以及相应的inp文件。望老师指点

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Author: sobereva 时间: 2023-9-13 22:52
这跟坐标不对应没关系

此密度差直接体现由于成键导致slab电子结构发生极化。Pd slab的电子离域性强，这个效应没有理由一定只定域在表面成键区域。

作者
Author: lisasever 时间: 2023-9-14 08:56

sobereva 发表于 2023-9-13 22:52
这跟坐标不对应没关系

此密度差直接体现由于成键导致slab电子结构发生极化。Pd slab的电子离域性强，这 ...

谢谢Sob老师的解答，这是否就意味着这类纯金属吸附有机分子的体系不适合做电子密度差图？因为本人也尝试着做Cu（1 1 1）晶面吸附有机分子，发现同样会在基体部分存在电子密度差。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-14 18:55

lisasever 发表于 2023-9-14 08:56
谢谢Sob老师的解答，这是否就意味着这类纯金属吸附有机分子的体系不适合做电子密度差图？因为本人也尝试 ...

不能说不适合。密度差图是普适的，只不过是怎么解释的问题
你也可以用更厚，比如8-10层的slab看看情况，比4层的明显更真实，有限尺寸效应更弱

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