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标题: GB-OBC隐式溶剂下模拟DNA，NAMD输出文件里的能量不正常 [打印本页]

作者
Author: fygfjhj 时间: 2023-9-14 10:34
标题: GB-OBC隐式溶剂下模拟DNA，NAMD输出文件里的能量不正常
请教各位老师同学，我用CHARMM-GUI生成了隐式溶剂下模拟DNA的输入文件，采用的隐式溶剂模型是GB-OBC，在NAMD里模拟完成后发现，输出文件里的能量不正常(如图)，尤其是ELECT能量，从-4000左右变为-99999999999，然后瞬间变为0，这是什么原因呢？
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看了卢老师之前的博文，说“由于GB模型下的模拟并不抗衡离子，所以对于带电体系，不能表达抗衡粒子与它的相互作用，尤其是对于多价离子与带电荷较多的核酸间的作用。” 我的DNA体系带18个负电荷，所以能用GB模型模拟DNA吗？以及有隐式溶剂下模拟DNA的其他建议吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-14 18:05
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “隐式溶剂下模拟DNA” 改了，以后务必注意

作者
Author: fygfjhj 时间: 2023-9-15 08:53

sobereva 发表于 2023-9-14 18:05
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的老师，我下次注意

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