计算化学公社

标题: MOPAC的输出文件如何转换成GaussView能打开的格式 [打印本页]

作者
Author: Priscilla 时间: 2023-9-14 11:20
标题: MOPAC的输出文件如何转换成GaussView能打开的格式
第一次用mopac，不知道out文件如何用GaussView打开，另一个arc文件MS也打不开，已经翻了一遍官方的manual，下了Jmol，不知道啥问题Jmol也打不开，找了半天论坛也找不到好法子，只能请教一下各位老师

作者
Author: beefly 时间: 2023-9-14 15:39
本帖最后由 beefly 于 2023-9-14 15:40 编辑

1. 用gabedit打开
2. 转存成gaussview支持的格式

不过gabedit的功能已经很强大了，一般不需要做第二步

作者
Author: snljty2 时间: 2023-9-14 16:01
也可以考虑卢老师的MOPAC2xyz《 mopac2xyz：将MOPAC的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的工具》

作者
Author: Priscilla 时间: 2023-9-14 16:47

beefly 发表于 2023-9-14 15:39
1. 用gabedit打开
2. 转存成gaussview支持的格式

谢谢您，但是我还是打不开这个文件，我不知道是文件的原因还是其他的原因，贴一下文件好了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-14 18:22
MOPAC又不是GaussView和M$开发商开发的，MOPAC的格式又是私有的，凭什么认为这俩程序能打开MOPAC的输出文件？明摆着不可能

前面的人说了，要么用我写的程序把MOPAC输出文件转成xyz，然后用VMD之类的打开，要么用gabedit打开。

作者
Author: Priscilla 时间: 2023-9-14 18:51

sobereva 发表于 2023-9-14 18:22
MOPAC又不是GaussView和M$开发商开发的，MOPAC的格式又是私有的，凭什么认为这俩程序能打开MOPAC的输出文件 ...

老师好，您说的两个方法我都试过了，都打不开，我现在不知道是什么原因，找了好久办法都不成，楼上发了out文件，可以请老师看看吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-14 19:06

Priscilla 发表于 2023-9-14 18:51
老师好，您说的两个方法我都试过了，都打不开，我现在不知道是什么原因，找了好久办法都不成，楼上发了ou ...

MOPAC2xyz处理不了是因为根本没按博文里写的添加关键词

作者
Author: Priscilla 时间: 2023-9-14 19:29

sobereva 发表于 2023-9-14 19:06
MOPAC2xyz处理不了是因为根本没按博文里写的添加关键词

老师好，我的输入文件前三行是这样的，为的是限制性优化H，要求的PRNT=2和All coordinates are Cartesian都写了，EF我加了会出爆内存的报错并且因为我只需要最后一帧所以没写EF，请老师指点一下

PM7 PRNT=2 precise charge=0 MOZYME noopt opt-H
molecule
All coordinates are Cartesian

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-14 19:40

Priscilla 发表于 2023-9-14 19:29
老师好，我的输入文件前三行是这样的，为的是限制性优化H，要求的PRNT=2和All coordinates are Cartesian ...

没写EF不行
可以自己手动把输出文件里的信息整理成xyz文件格式，很简单
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477

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