计算化学公社

标题: 求助：Slurm任务中的CPU管理 [打印本页]
作者
Author: Weldingspock    时间: 2023-9-14 11:54
标题: 求助：Slurm任务中的CPU管理
请问一下各位老师，我在自己的工作站上安装了slurm队列系统（48核，96线程），但是在运行的时候发现一个问题：假设我提交了10个vasp任务，每个任务的提交脚本如下：
  1. #!/bin/bash

  3. #SBATCH --job-name vasp
  4. #SBATCH -p localhost.localdomain
  5. #SBATCH -o vasp.out
  6. #SBATCH -N 1
  7. #SBATCH --ntasks-per-node=24


  10. source /opt/intel/oneapi/setvars.sh intel64
  11. export PATH=$PATH:/run/media/polyucmp/282ab895-d12b-4248-8357-261397bf73a6/software/vasp.6.4.2/bin/

  13. ulimit -s unlimited
  14. ulimit -c unlimited
  15. export OMP_NUM_THREADS=1

  17. mpirun -np 24 vasp_std


复制代码

1.我之前在slurm.conf设置了SelectType=SELECT/LINEAR，这样的话我的电脑上每次只能运行一个24核的任务
2.之后我改成了SelectType=SELECT/CONS_RES，SelectParameters=CR_Core。这样的话能同时运行4个任务，但是每个任务的时间被大大延长了。猜测是超线程的原因？（96个线程每个任务24线程，互相影响）
想请问一下各位slurm.conf里应该怎么改才能让48核的机器每次最多只能运行两个24核的任务呢，这样也不会有线程之间的互相影响，能大大提升速度。求指点！

作者
Author: abin    时间: 2023-9-14 12:49
本帖最后由 abin 于 2023-9-14 14:30 编辑

先关闭, 关闭超线程……


或者, 合理使用 srun -c -N -n等参数. 涉及openMP+MPI混合并行.
作者
Author: snljty2    时间: 2023-9-14 16:01
一个不太优雅的方法，--ntasks-per-node=48就完了。另外可能还得设置一下线程绑定之类的。
作者
Author: 万里云    时间: 2023-9-14 16:59
在/etc/slurm/slurm.conf中有关于核数的配置，类似这样：
  1. # COMPUTE NODES
  2. NodeName=FakeNode
  3. NodeName=node02 CPUs=32 Boards=1 SocketsPerBoard=2 CoresPerSocket=16 ThreadsPerCore=1 RealMemory=257601
  4. NodeName=node04 CPUs=32 Boards=1 SocketsPerBoard=2 CoresPerSocket=16 ThreadsPerCore=1 RealMemory=257601
复制代码
在这里指定CPUs=48是最好的，既可以利用超线程，又不会超过48个物理核。
作者
Author: Weldingspock    时间: 2023-9-14 17:03
万里云 发表于 2023-9-14 16:59
在/etc/slurm/slurm.conf中有关于核数的配置，类似这样：
在这里指定CPUs=48是最好的，既可以利用超线程， ...

非常感谢您的建议！



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