计算化学公社

标题: Gaussview怎么画正离子、负离子和自由基 [打印本页]

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阿花    时间: 2016-8-31 17:05
标题: Gaussview怎么画正离子、负离子和自由基
如题,谢谢大家!
在网上查了说直接在输入文件里面改,但是也只能改自旋多重度,不知道怎么改电子数,而且也不知道怎么表达这个正电荷或者负电荷或者自由基是加在哪个原子上的吖....
试着用chemdraw画了再转成高斯,打开都是乱码诶....

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liyuanhe211    时间: 2016-8-31 17:21
想“表达这个正电荷或者负电荷或者自由基是加在哪个原子上”说明对量子一窍不通。
画出各原子所在(大致)位置,控制体系(分子)总的电荷和多重度
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冰释之川    时间: 2016-8-31 17:29
本帖最后由 冰释之川 于 2016-8-31 17:30 编辑

总的电荷怎么不能改了? 就是你修改总的自旋多重度前面一个数值。至于那个自由基的,你把前面一个分子对应位置的-H原子扣掉就行了,最后注意以下自旋多重度
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阿花    时间: 2016-8-31 17:52
@-@突然就没反应过来欸....
谢谢!
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阿花    时间: 2016-8-31 17:53
liyuanhe211 发表于 2016-8-31 17:21
想“表达这个正电荷或者负电荷或者自由基是加在哪个原子上”说明对量子一窍不通。
画出各原子所在(大致) ...

是吖,不然我就不会一直在这提问了
有时候不是做这个方向的,但是老板一直要求你做,也是很无奈的
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liyuanhe211    时间: 2016-8-31 18:40
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-8-31 22:06 编辑
阿花 发表于 2016-8-31 17:53
是吖,不然我就不会一直在这提问了
有时候不是做这个方向的,但是老板一直要求你做,也是很无奈的

不懂最基本的原理就开始在软件里瞎点,且尝试用其说明甚至预测科研问题,是很危险的,很容易掉坑。然后往往就回头开始说量子化学算不准了
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阿花    时间: 2016-8-31 22:06
liyuanhe211 发表于 2016-8-31 18:40
不懂最基本的原理就开始在软件里瞎点且尝试用其说明甚至预测科研问题,是很危险的,很容易掉坑。然后往往 ...

但这种东西总是一边弄一边学的,不可能都博士二三年级了,还花半年专门学这个,对我而言,这是工具,我只要能会用知道来龙去脉就足够了,我根本不求自己会解薛定谔方程会开发程序,术业有专攻,对吧。为了避免你说的黑箱操作,所以我有什么问题都会到论坛上求助,有不理解的地方就只能看书找资料提问题,这也是我目前能做的所有东西了。
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liyuanhe211    时间: 2016-8-31 23:01
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-9-1 12:38 编辑
阿花 发表于 2016-8-31 22:06
但这种东西总是一边弄一边学的,不可能都博士二三年级了,还花半年专门学这个,对我而言,这是工具,我只 ...

我是搞有机合成的,我也不是搞量化写从头算的,我也没完全搞懂那些数学,坑我也都掉过,也曾经拿着6-31G算出来的结果跟别人说、结果被骂了半天。但这不像打核磁,参数不对仪器就停了,根本打不出谱来;计算不论你设置的多离谱,只要跑完,计算机总会给你吐出个数来,这个数还带着十几位有效数字。

希望使用者懂最基本的原理不是某种乌托邦理想,而是不懂原理根本就不知道算什么体系该选什么水平;选了某种方法之后误差、耗时在什么水平;哪些东西的耗时即使不能接受也不能再降,哪些东西造成的耗时完全是浪费,哪些几乎不需要时间的校正可以大幅提高准确度;从网上照抄自认为“类似”的体系的关键词;出了报错只知道说l502,不知道SCF不收敛为何物,网上有人说5/13=1能“解决”不收敛,啥都不管就开开心心的拿去用,结果发现真的显示“Normal termination”就真以为是“normal”的结果,拿着十位有效数字的结果就发文章去了、还在SI里骄傲的说“All calculation was performed with the IOp(5/13=1) option in Gaussian 09”。
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阿花    时间: 2016-8-31 23:51
liyuanhe211 发表于 2016-8-31 23:01
我是搞有机合成的,我也不是搞量化写从头算的,我也没完全搞懂那些数学,坑我也都掉过,也曾经拿着6-31G ...

诶...亲爱的同学....我是搞环境的诶……虽然这不能成为理由,但从大二开始我们就再没有学过化学...你既然也经历过刚开始的阶段,就应该理解我现在是处于很多问题需要指点的状态,我对化学问题的sense,没有你们敏感,这也是很正常的.....我感谢你给我解答这些疑问,但是,你说什么在软件里面瞎点,这就有些偏激了,请不要因为你现在会了一些,就站在一个至高点去评价别人,至少我有问题会问清楚了再做下一步,认真做科研的人都很在乎reputation,谁会搞不清楚瞎算一下就去发文章呢……至少我不会....大多数的新手,来论坛都是希望得到解答能慢慢进步的,你如果没有耐心回答这种非常非常初级的问题,大可以不必理会....多谢~~
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liyuanhe211    时间: 2016-9-1 00:06
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-9-1 00:18 编辑
阿花 发表于 2016-8-31 23:51
诶...亲爱的同学....我是搞环境的诶……虽然这不能成为理由,但从大二开始我们就再没有学过化学...你 ...

我真要站制高点也不会在量化方面跟你站
除非你所有输入文件都放上来问一遍找别人写,否则不学习基础理论怕是想“问清楚了再做下一步”都不知道都该问什么地方。或许说话习惯有问题,但只是提醒你这样几乎一定会掉坑,愿意掉也不拦着。
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3703

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sobereva    时间: 2016-9-1 00:11
专门新增两张幻灯片。网上老有人问类似问题,以后直接贴图就完了
(, 下载次数 Times of downloads: 178)
(, 下载次数 Times of downloads: 138)

可见那帮乱画Lewis结构式的人有多误人子弟
搞量化的人难道还去照着这些瞎YY的Lewis结构式指定电荷?

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阿花    时间: 2016-9-1 00:27
liyuanhe211 发表于 2016-9-1 00:06
我真要站制高点也不会在量化方面跟你站
除非你所有输入文件都放上来问一遍找别人写,否则不学习基础 ...

我会句句反驳你,是因为除了回答我的问题外,你无端揣测了我的做事方式,没弄清楚我的处境,就质疑我不求甚解囫囵吞枣....如果你真心想帮助我,完全可以更详细的跟我说,也可以回复我在QQ上请教你的问题....既然你给了我这么有用的提醒,那我也提醒你一下,有些说话方式,大多数人都不会接受哦~~
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liyuanhe211    时间: 2016-9-1 00:37
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-9-1 00:39 编辑
阿花 发表于 2016-9-1 00:27
我会句句反驳你,是因为除了回答我的问题外,你无端揣测了我的做事方式,没弄清楚我的处境,就质疑我不求 ...

╮(╯▽╰)╭ 你要有时间就来反驳吧,我没大有。
P.S. 除非你线下认识我,我不知道你是如何私聊我的:

(, 下载次数 Times of downloads: 82)









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阿花    时间: 2016-9-1 00:42
liyuanhe211 发表于 2016-9-1 00:06
我真要站制高点也不会在量化方面跟你站
除非你所有输入文件都放上来问一遍找别人写,否则不学习基础 ...

怪我咯~~反正我这显示消息发出去了
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liyuanhe211    时间: 2016-9-1 00:47
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-9-1 00:50 编辑
阿花 发表于 2016-9-1 00:42
怪我咯~~反正我这显示消息发出去了

哦,怪我咯~~向您鞠躬
P.S. 骂完了别忘了去学习一下Sob提供的两页课件哦。


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阿花    时间: 2016-9-1 00:55
liyuanhe211 发表于 2016-9-1 00:47
哦,怪我咯~~向您鞠躬
P.S. 骂完了别忘了去学习一下Sob提供的两页课件哦。

o(`ω′ )o 向您抱拳....
那我的p.s. 有时间多学学说话的艺术吧
作者
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liyuanhe211    时间: 2016-9-1 01:11
阿花 发表于 2016-9-1 00:55
o(`ω′ )o 向您抱拳....
那我的p.s. 有时间多学学说话的艺术吧

相比鸡汤,讨到碗药更难得,非要把中药调成鸡汤味才喝,然则桓侯不悦,就只能是以无请了。帮忙是情分应当感激,不帮忙是本分谁都没错。人家Sob也没说你,其自己撰写的东西也明晰全面都提供了,不过来来回回得这么些也确实抽不出功夫适当反馈。

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sobereva    时间: 2016-9-1 01:16
阿花 发表于 2016-9-1 00:42
怪我咯~~反正我这显示消息发出去了


就按我说的那几条就够了。
其它情况不加不加不加不加不加不加,干嘛老想着加弥散?白费时间自取其辱。
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阿花    时间: 2016-9-1 01:21
sobereva 发表于 2016-9-1 01:16
就按我说的那几条就够了。
其它情况不加不加不加不加不加不加,干嘛老想着加弥散?白费时间自取其辱。

这是上次的问题诶……我已经弄明白了吖.....@-@
作者
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阿花    时间: 2016-9-1 01:22
liyuanhe211 发表于 2016-9-1 01:11
相比鸡汤,讨到碗药更难得,非要把中药调成鸡汤味才喝,然则桓侯不悦,就只能是以无请了。帮忙是情分应当 ...

sob老师没说我诶.....倒是同学你一直在说吖....
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阿花    时间: 2016-9-1 01:24
sobereva 发表于 2016-9-1 01:16
就按我说的那几条就够了。
其它情况不加不加不加不加不加不加,干嘛老想着加弥散?白费时间自取其辱。

只是跟李同学说,我确实在Q上请教过他而已吖……弥散函数我已经弄明白了诶……
作者
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阿花    时间: 2016-9-1 01:33
liyuanhe211 发表于 2016-9-1 01:11
相比鸡汤,讨到碗药更难得,非要把中药调成鸡汤味才喝,然则桓侯不悦,就只能是以无请了。帮忙是情分应当 ...

对了....你的药我还真不愿意喝,好走不送~~
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冰释之川    时间: 2016-9-1 07:14
从li同学的对话中似乎听到了我们搞量化计算的,对于不太懂量化基本操作而瞎折腾的无奈与批驳 不过虽然li同学说话直白了一点,但是却是暴露出当今不搞量化,却又要根据实验数据,加上点计算、要急于求成的研究者一些诟病。量化是个大坑,其中最基本的操作意识也是不可能一两天全讲清的,的确需要时间慢慢积累。不过对于搞计算的老鸟(或者学过一段时间量化后的同学)来说,楼主的这些问题确实有点“可爱”。这里要指出的是,楼主的出发点确实是好的,有不懂的问题不会“人云亦云”而是在专业论坛上发帖请教指正,从而避免误入歧途。但是我确实不太苟同楼主所说的“因为自己是做实验起家的,所以似乎理所当然(注意,是似乎)对计算方面(基本建模)可以推脱责任(找推辞)”。既然老板要求你做一点计算(哪怕是基本性质计算),我想脚踏实地的同学(楼主)应当也会全力以赴:高斯计算过程的代码算法、优化算法你可以把它当作黑箱(事实上大多数搞计算的都会把它当作黑箱),但是,基本建模还有GV操作可不是黑箱!需要花一点点时间去学习一下(另外,普通体系的建模怎么可能要花半年时间学习?3天足矣)
另外,建完模以后,在优化过程中可能也会碰到形形色色的问题:例如SCF不收敛、几何优化不收敛,etc.  届时可以看一下Sob老师的一些相关博文:http://sobereva.com/

最后,欢迎楼主来我们CCC论坛讨论学习,我坚信:只要抱着真正求真的心态,再加上自己的上进心(而不是躺着让别人抬),那么,新手很快会入门量化这扇新世界的大门!

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阿花    时间: 2016-9-1 09:30
冰释之川 发表于 2016-9-1 07:14
从li同学的对话中似乎听到了我们搞量化计算的,对于不太懂量化基本操作而瞎折腾的无奈与批驳 不过虽然 ...

我只是很无奈,李同学的意思是好的,但是这种表达难免让人觉得自负而难以接受........ 说我是做实验的,并不是在找托辞,只是想说,我对很多化学问题的理解,跟你们完全不一样,可能我很久没接触了,没有这种sense,所以有时候很无奈要问一些很low的问题,只希望你们能不要嫌弃帮我解答.... 如果真如李同学所说是急于求成而不求甚解,那我就直接follow文献而不会在论坛提问了,问这么初级的问题,我也需要很大勇气诶~~~囧
作者
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冰释之川    时间: 2016-9-1 10:00
阿花 发表于 2016-9-1 09:30
我只是很无奈,李同学的意思是好的,但是这种表达难免让人觉得自负而难以接受........ 说我是做实验 ...

实验党初入计算坑,很多问题可以理解!
作者
Author:
阿花    时间: 2016-9-1 10:11
冰释之川 发表于 2016-9-1 10:00
实验党初入计算坑,很多问题可以理解!

谢谢T-T
呃....其实....我还有一个问题,发了帖子了....能麻烦帮我看看吗....
怎样才算是正常结束任务
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 74&fromuid=3695


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heroooo    时间: 2016-9-3 07:03
也遇到同样的疑惑,看了这个帖子明白了一些
不过多重度真不好弄
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Author:
乐平    时间: 2016-9-12 04:08
liyuanhe211 发表于 2016-8-31 18:37
╮(╯▽╰)╭ 你要有时间就来反驳吧,我没大有。
P.S. 除非你线下认识我,我不知道你是如何私聊我的:
...

原来是不接收临时会话…… 难怪我之前在 QQ 上问你,你没回复……
作者
Author:
晚生不才    时间: 2018-11-28 09:25
向liyuanhe211高手致敬
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Author:
FuHao    时间: 2024-2-17 10:11
阿花 发表于 2016-9-1 00:27
我会句句反驳你,是因为除了回答我的问题外,你无端揣测了我的做事方式,没弄清楚我的处境,就质疑我不求 ...

你这个人真是的,回复你问题的人很热心的,你太敏感了,求人办事,你这态度不对啊,再说人家也没有恶意,确实你问的问题太那个,你可能没认真自学过量化。




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