公社群聊Q&A整理：2016.08.24 00 ~ 2016.08.27 08 Concate - 计算化学公社

2016.08.23 23:10:15
Q:
[图片]B3LYP-D3的校正因子，还是可以直接用B3LYP的，对吗
A:
对
----------------------------------------------------
2016.08.24 00:05:47
Q:
[图片]
老师，您是说在opt前面写个p吗
A:
#P B3LYP/6-31G* opt freq
不要乱加弥散
----------------------------------------------------
2016.08.24 00:09:12
Q:
请问老师，做优化跑了一百多步仍没有一个yes，是不是没有希望收敛了？
[图片]
A:
没戏
Q:
好的，再重新优化了。老师，为什么很多次都是上面的曲线不震荡，下面的震荡呢？
A:
上面也震荡了，只不过你没放大视图
Q:
是的，把博文上的后面推荐的几种方法都试了，都是这样的
A:
不能瞎试，要结合具体情况随机应变
Q:
请问老师，在opt=loose下优化收敛，去掉loose再优化的话再优化，能不能再从小基组开始？
A:
用小基组干嘛
小基组收敛了也不意味着大基组能收敛
目的是在最终要用的基组下能收敛。事先用小基组预优化并没用处
不要乱想
----------------------------------------------------
2016.08.24 00:26:44
Q:
[图片]
sob老师，请问这个后面系数的符号是表示什么呢，TDDFT的计算结果。
A:
slater行列式掺入的相位
Q:
那么数值的大小又是指什么呢？
跃迁的概率吗？
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Q:
是，/抱拳
A:
先换算成百分比。然后指的就是这个电子态跃迁中有百分之多少能用这种轨道跃迁来描述
Q:
谢谢老师
A:
各种单激发slater行列式就相当于是将激发态波函数来线性展开的多电子基函数，最后一列那就是组合系数
和LCAO有一点类似之处
----------------------------------------------------
2016.08.24 00:41:30
Q:
请问一下各位老师，在计算NBO时如果出现死在L607的情况该怎么办？？
A:
看报错提示
----------------------------------------------------
2016.08.24 00:44:29
Q:
优化至过渡态时，加freq关键词会不会大大减慢运行速度？
A:
完全没关系。freq是优化之后才做的
Q:
那，优化至过渡态时不加freq也行？
A:
当然可以。就看你是否做振动分析验证虚频了
----------------------------------------------------
2016.08.24 01:33:59
Q:
请问群主激发态优化之后频繁分析是不是也要没有虚频才可以呢
A:
原则上应如此
Q:
可是有些激发态有虚频这样的需要消吗
A:
看具体情况，虚频牵扯的原子是否跟你感兴趣的问题/区域直接相关
----------------------------------------------------
2016.08.24 02:10:46
Q:
VMD不熟悉，请教一下用VMD能不能统计键长信息在MD轨迹文件里？
A:
能
Q:
社长可有参考资料..
A:
具体想怎么统计？
Q:
就是统计某两个键长的变化..
VMD看的话方便..
弄脚本还的手动作图..
A:
载入轨迹，点数字键2，然后点两个原子来标记距离。之后graphics-labels，切换到Bonds页，选Graph标签页，用里面的选项可以直接看键长vs帧数的曲线，也可以导出数据
----------------------------------------------------
2016.08.24 03:01:01
Q:
[图片]左边的温度图真模糊。另求B3LYP/TZVP的[图片]，谢谢
A:
没那么正巧的。凑合用6-311G**的就完了
Q:
那焓和熵的也凑活着用吗，还是直接用1
A:
y
用1也可以
Q:
其实，表里也没有6-311g**的，只有6-31g**的，需要再次进击凑活/呲牙
A:
找别的来源啊
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3805
这里都集齐了
----------------------------------------------------
2016.08.24 03:19:53
Q:
[图片]社长大人，我点击了Graph之后无反应..莫非是我的VMD版本有问题，我用win10系统，VMD1.9.2
A:
怎么没反应？
要选show preview，随便点点就出来了
[图片]
Q:
都试过了..Graph就是没有反应，[图片]
[图片]
A:
[图片]
选show preview完了点一下列表里的内容
再点graph可以出大图
----------------------------------------------------
2016.08.24 03:24:58
Q:
这个是输出文件麻烦你帮我看一下 /快哭了已经算了10天了还没有结束
[图片]
你这个优化都震荡了
http://sobereva.com/164@王露
想问一下对于不收敛的问题有没有一些常规的处理方式就是比较容易出错的地方我可以先试着改一下
帖子说的很详细了
A:
明显是博文看都没看过一遍
末尾总结得不能更简单扼要了
----------------------------------------------------
2016.08.24 04:21:46
Q:
好吧！
。。。。。
还加感叹号的加强版。。。
你好敏感！
A:
看群共享群规了解本群发言禁忌
----------------------------------------------------
2016.08.24 05:33:03
Q:
老师，优化带正电荷的体系还用加弥散函数么
A:
连阴离子体系优化都不是非常需要弥散，更谈何阳离子
----------------------------------------------------
2016.08.24 05:39:37
Q:
老师，温度越高体系中处于激发态的分子数量就越多，这种说法对吗？温度的高低和分子是否处于激发态有必然的联系吗？
A:
对
但是对于电子激发来说，由于通常激发能较大，极难靠温度来激发上去。振动激发态倒是很容易靠温度激发上去
----------------------------------------------------
2016.08.24 05:54:36
Q:
请问如何在优化的过程中保持分子的对称性不变？
A:
看此文http://sobereva.com/297
----------------------------------------------------
2016.08.24 11:01:07
Q:
请教一下大家，高斯里的月份基组，例如may-cc-pVTZ，我在EMSL网站上搜，只有may-cc-pV(T+d)Z。这两个是一个东西吗？
找到了。谢谢。但是这个只是解释了may-cc-pv(T+d)Z是怎么构造的啊，不是我要问的。
这个文章就是original definition吧
我因为高斯版本比较旧，没有自带的月份基组，所以没法验证。但是希望能在EMSL上得到高斯里的月份基组，这样才能和合作者的计算一致。
谢谢。仔细看了一下，这两应该是不一样的。
我的问题和may什么的没关系啊，问题是cc-pVnZ和cc-pV(n+d)Z有没有区别。may是分别给这两个加弥散，不是吗？
但是我的系统有Si，所以不一样？
好吧，我自己在试试吧，麻烦各位了
好吧，谢谢指点
A:
+d是为了让dunning基组更适合外推，增加了额外d基函数。仅对于Al~Ar才有这个处理
may-cc-pV(T+d)Z显然是基于cc-pV(T+d)Z而不是基于cc-pVTZ的。你要想还原成没+d的，自己砍了+d对应的d函数，要么自己在cc-pVTZ上加may对应的弥散。
differs from Truhlar and coworkers’ original definitions.那是指把弥散砍到连p弥散都保不住的月份才和truhlar的不同，诸如may-cc-pVDZ。truhlar文章里也根本没明说这种情况，原文里砍到只剩sp弥散就已经是下限了。
在群里发言不得用“好吧”作为句子开头，看群共享里群规。
扣分已记录。
难道非得把输入文件都写好提供给对方，对方才不“好吧”
Q:
谢谢。我没想到高斯里的月份基组emsl上居然没有现成的，是不是用这个基组的人不多，用的都知道怎么调整。
A:
有现成的啊
区别都已经说了
用的人很多
不知道怎么调整说明没有把基组的基础知识了解清楚
起码总得知道GTF的指数的意义
Q:
要自己砍加了的d函数，这不能算完全现成嘛。
A:
砍呗，这有什么难的
Q:
好比6-31G*也能从6-31G**
A:
总不能完全不会变通吧
大不了你直接在高斯里用自带的月份基组，直接gfprint一下输出定义就完了
Q:
我明白。但是如果用的人多，没理由不弄个现成的放着呀。
我就是高斯版本低，里头没有月份基组，才去找
A:
不就+d，怎么了？
+d也是为了改进结果
Q:
我知道。我的意思是，我要和其他合作者合作，必须保证我们用的是一致的基组。不是+d有没有好处的问题啦
A:
EMSL上6-311+G(2df,2p)没有，难道就不能用了？
怎么就不一致了？稍微有点基组常识就知道怎么处理，怎么弄得一致
Q:
我明白你的意思，我只是奇怪为什么常用不弄个现成的。否则同理放个6-311+G**之后，6-311G**之类的就可以不用放了，大家自己处理就好了
A:
如果各种基组组合非得全都有，稍微变动一点都得记录在案，备齐了，EMSL数据库的容量非得比现在大N倍不可。造成过度冗余。
哪怕光说pople基组
重原子d,df,2d,2df,3d,3df,3d2f 7
氢原子p,pd,2p,2pd,3p,3pd,3p2d 7
弥散+,++ 2
底子6-31G,6-311G 2
光把这些组合都考虑全，就得2*2*7*7=196种
再算上不加弥散/极化的情况，应该是384种
Q:
好多基组
A:
还有各种千变万化，比如aug/月份基组的弥散加到def2上，加到dunning各种变体上（-DK/-PP/C和wC/-J版本等等），考虑全的话基组库就爆了
Q:
emsl上有只显示弥散的选项么？打算什么时候把这些弥散单独弄出来，方便以后排列组合
/流汗/流汗/流汗/流汗/流汗
A:
你一对比带和不带弥散的基组定义差异一看就知道了
Q:
Sob已经解释的清楚的不能再清楚了
很多东西自己稍微花一点功夫转个弯就可以解决的问题为何却要纠缠于末节
emsl基组库是一个非商业化的东西，开发维护者(现在总共不到10个人)不可能面面俱到把很多他们认为基本的计算化学者很容易就做到的事情那么细节化
A:
+1
想当年没EMSL的时候研究者还得对着文献辛辛苦苦敲基组定义呢。
Q:
我都是从gaussian里面弄出来，然后内置到程序里面。
A:
PS：pople基组原文里的有效位数比高斯程序里的低好多，EMSL的也比高斯内置的有效位数低。
所以直接从高斯抽出来的定义更准确
ORP等某些特殊目的基组，一些相对论专用基组EMSL也没有，都得自己折腾
Q:
感觉现在大家都比较懒，什么都要现成的 ps:我自己有时候也是/呲牙
我反正懒到家。。
要是有一键发文章的东西就好了，哈哈
A:
懒人不会自己整从头算程序的，连学着用简单的程序都懒得学
懒人真是连手册都不带瞧一眼的
Q:
很多问题手册里就有答案的/呲牙
A:
计算化学懒人特征：
1 不看手册
2 不google
3 不看英文
4 不肯尝试
5 不懂就问
----------------------------------------------------
2016.08.24 17:31:00
Q:
对于一个不含未配对电子的体系，自旋密度分布是否存在呢，谢谢@Sobereva
A:
life 不存在
----------------------------------------------------
2016.08.24 17:49:02
Q:
sob老师您好，对我的这个体系[图片]怎么进行AdNDP分析更合理呢，我选出来孤对电子轨道作为AdNDP以后，下面的两中心两电子都是氧和氧之间的没有B-O之间的。这是我参考的一篇文献[图片]
A:
你要是想套文献里的pattern就不取孤对电子而把电子留着用在成键adndp上
怎么取没有必然法则，需结合化学直觉反复试
----------------------------------------------------
2016.08.24 19:41:47
Q:
话说第三版的Exploring Chemistry with Electronic Structure Method 有电子版了吗
A:
无
----------------------------------------------------
2016.08.24 19:45:25
Q:
老师，要看基态跃迁到激发态的难易程度，是要看HOMO和LUMO的gap，还是看基态与激发态的能量差？？
A:
光从能量角度来说显然是后者。前者什么都不是
Q:
不过好多文章都拿HOMO-LUMO的gap说事。。/呲牙从稳定性开始扯
难易程度也是gap直接套……
A:
同类物质姑且有点相关性。非同类物质，说那个纯粹就是多凑出点数据给文章添点料而已
----------------------------------------------------
2016.08.24 19:50:22
Q:
[图片] 老师，不同分子构象的电子部分能量用M06-2X算精度可以否？
A:
很可以
Q:
[表情]
M06-2X即使不做D3校正，描述弱作用的精度应该也很高吧？就是不好收敛……
A:
恩
Q:
[图片]
A:
不过M06-2X对某些问题不算很理想，比如苯-苯的pi-pi堆积
Q:
哦，这个好像MP2的结果也很不好
A:
对
变体SCSN-MP2算这个倒是不错
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.24 19:59:10
Q:
请问关键词geom=connectivity有什么作用？
A:
定义原子连接关系
对量化计算没用
----------------------------------------------------
2016.08.24 20:56:06
Q:
sob老师，比如两个分子构象，想知道他们最优的结合方式，除了你博文提到molclus外，假如用高斯做的话势能面扫描，是否要列出每种排布方式，然后去做扫描？
A:
意义不明。什么叫两个分子构象的结合方式
Q:
就是比如两个水分子会以怎么样的方式吸附
[图片]，比如这两个分子，想知道哪种构象吸附是最可能的
A:
用molclus的genmer产生初始构象是最好的选择。
靠柔性扫描不好扫，即便能扫代价也太大
----------------------------------------------------
2016.08.24 21:16:26
Q:
求文献http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0021951782903037，谢谢
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
----------------------------------------------------
2016.08.24 22:57:27
Q:
请问下，我在文献中看到有人计算了反应入口处的逐点扫描图(图在最后），我想了想，他是不是这样做的，在做C-N为0.4 长度分子构象下扫描 0.6的分子构象时候，使用这样的
输入文件：
# opt=modredundant rb3lyp/6-311g(d,p)
.....
B1 C -N 0.4
.........
B1 0.6 F
然后再使用相同的方法利用得到的0.6 A 的分子构象扫描0.8 A的分子分子构象
[图片]
A:
直接末尾空一行写诸如1 6 S 20 0.3设定被扫描的原子间距离就完了
Q:
我用这个方法扫描的结果经常有问题有的分子会出现一些其他键的断键和成键，如果固定C=C-N 又会导致扫描的能垒过大
[表情]
请问可以使用这样的输入文件一步一步的扫描吗？
# opt=modredundant rb3lyp/6-311g(d,p)
.....
B1 C -N 0.4
.........
B1 0.6 F
A:
这是什么意思？C-N距离固定在0.6埃做限制性优化？
Q:
非限制性的优化
A:
都用F冻了怎么还非限制性？
Q:
哦哦，犯二了，那要怎么才能实现一步步的扫描？
A:
就是我之前说的用S
相当于你写一堆文件，其中每个文件键长不同，并且F冻住键长
----------------------------------------------------
2016.08.24 23:12:05
Q:
各位老师分子力学方法能不能很好的描述长程弱相互作用，如色散作用
A:
能
参数拟合合理即可
Q:
既然BLYP-D3能描述弱相互作用，我为啥要用分子力学？
A:
BLYP-D3起码在描述静电作用上比分子力场肯定要准确
长程区域的话，只要参数拟合合适，靠D3和LJ势描述色散效果是基本一样的
当体系不大，BLYP-D3能算得动，当然首选用这个
----------------------------------------------------
2016.08.25 00:03:42
Q:
Structural and Chemical Analysis of Well-Crystallized Hydroxyfluorapatites Luis M. Rodríguez-Lorenzo , Judy N. Hart , and Kārlis A. Gross *
School of Physics and Materials Engineering, Building 69, Monash University, VIC 3800, Australia
J. Phys. Chem. B, 2003, 107 (33), pp 8316–8320
DOI: 10.1021/jp027556o
Publication Date (Web): July 15, 2003
求助上篇文献，谢谢大家了
辛苦各位，谢谢
A:
[图片]
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
Q:
sci-hub 下载不了
我刚才试过了
A:
胡说八道！
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.25 00:27:06
Q:
请问vibrational effects on the transitions(TDDFT计算的)怎么考虑呢？
A:
振动分辨的电子光谱的计算
http://sobereva.com/223
----------------------------------------------------
2016.08.25 00:28:51
Q:
老师好，请问在pi-pi stacking 里面，两个pi平面之间的间距是如何计算得到的啊？
这个面面距离是怎么算得的啊？
A:
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178
----------------------------------------------------
2016.08.25 00:31:58
Q:
弱弱的问一下，类似的体系，用BSSE算出来的相互作用能越低说明体系越稳定，对吗？。
A:
BSSE是一种效应，不是计算弱相互作用的方法
相互作用能越大体系越稳定
Q:
用的是Counterpoise
A:
Counterpoise只是解决BSSE的做法，而不是计算弱相互作用能的方法
基本关系要搞清楚
BSSE效应导致用整体减片段方式计算弱相互作用能时会高估作用能，counterpoise是修正BSSE问题的方法之一
Q:
我计算了AB两个分子之间相互作用，counterpoise=2设定，然后EAB-EA-EB，可以看做是AB之间的相互作用吧。
A:
高斯里写counterpoise=2的时候末尾直接就输出了counterpoise方式校正BSSE问题后的相互作用能了，不用自己减
Q:
这个我到没用过，检查好基函数，找能量，减，笨方法。
[图片]
看到了，学了一招，感谢。
这个貌似是总能量
A:
[图片]
较新的g09版本都会有这些输出
Q:
上次有事没去参加培训，巨亏啊
我这个版本没有这个哦。
Gaussian 09, Revision B.01
A:
太老
Q:
什么时候还有培训啊，好期待啊
A:
明年了
----------------------------------------------------
2016.08.25 00:36:07
Q:
化合物中原子mulliken charges电荷的正负，能代表什么意思？
有没有大神帮我解释下
跪求
A:
看群共享里《原子电荷计算方法的对比》了解基本概念
----------------------------------------------------
2016.08.25 00:51:03
Q:
请问一下，高斯报错：内部文件被删除[图片]我是windows系统，用服务器算的，这是我的输入文件命令行[图片]我的体系CuSi2C3O6H8
A:
重算一遍
----------------------------------------------------
2016.08.25 00:52:32
Q:
高斯下一个版本会是16吗？
A:
应该会
Q:
嗯嗯，到现在了还不出
A:
好事多磨
Q:
不知道会有什么新功能以及改进的地方
A:
GAMESS-US、ORCA也都挺长时间没更新了
Q:
嗯嗯
A:
TDDFT解析Hessian是必须有的
Q:
高斯算CCSD(T)好像比molpro慢，是不是算了mp4的原因。还是molpro做的就是快
A:
高斯这部分已经挺快了
Q:
几乎挑不出啥毛病。
听说高斯在做GPU，不知道是不是
A:
是
Q:
16有没有希望有
A:
有
Q:
(⊙o⊙)哇
A:
这是板上钉钉的
不过我对实际效果不抱什么期待
Q:
为啥这么说
A:
量化算法复杂度高，GPU能派上用场的地方不多
不像MD那样简单粗暴的算法居多
Q:
嗯嗯
A:
基于GPU的terachem支持个d角动量基函数就已经把开发者搞得吐血了
Q:
我师兄在做GPU
只做了p，
依然赶不上gaussian
d轨道比p复杂好多好多
----------------------------------------------------
2016.08.25 00:52:32
Q:
把积分精度调到和gaussian一样。比它慢了25倍。高斯的结果是：-1264.0111488，我的是-1264.0104138。
用的pbe
我算的这个结果能用不？
是啊
A:
差得太多了
Q:
我也不知道为啥差了这么多
A:
BLYP呢？
Q:
高斯是-1264.4064253，我的是-1264.4043496
还是差很多
A:
你这体系不算很小。如果很小体系结果对得不错（差异在小数点后第五位），大体系差这么些，但随着积分格点质量增加还能趋于一致倒还行
HF能量一致不？
还是先拿个水测试下为好
Q:
HF完全一致
xalpha差距就小了
-1260.8568102(高斯)和-1260.8567966
A:
光从关键词上体现不出来
Q:
用xalpha算的水，-75.1469999(高斯)和-75.1670005
这个结果呢？
A:
差得更多...
Q:
[表情]
0.0000006
这个差距
A:
高斯是-75.1469999
你的是-75.1670005？
Q:
看错了
用xalpha算的水，-75.1469999(高斯)和-75.1470005
[表情][表情][表情]这次对了
/呲牙/呲牙/呲牙这次对了
A:
BLYP呢？
Q:
DFTxclib这个库的闭壳层的泛函值不对
只能比较开壳层
A:
no,no,no，你是没用对它的闭壳层
Q:
那怎么用
A:
[图片]
我这就是用它的rks的BLYP算的
Q:
老师你的结果这么好
那应该是我弄错了
你这一部分怎么写的？
A:
就是按我博文里的做法写的
唯一需要注意的就是rks的形式最后别忘了除以因子
[图片]
Q:
sob老师你也写了从头算程序？
A:
y
Q:
现在支持哪些方法
Sob老师准备啥时候发布？
A:
不值得一提
过一阵子有空写个博文介绍一下
Q:
看看有没有值得学习的地方
我记得sob老师在multiwfn的一篇博文中提到过一个从头算程序
是不是它
A:
也许吧，记不清了
Q:
嗯嗯
双电子积分是用的libint吗
A:
不是，从GAMESS-US调的。目前正试图把integw整合进程序里。
libint那东西主要面向C的，而且基于linux，本能上不喜欢。
Q:
blyp算出来的直接是错的
-70和-75(高斯)
[图片]
[图片]
开壳层就没问题
A:
实在搞不定就用U来算R的体系吧[图片]
Q:
有些问题很神奇，当时搞不定，过了一段时间冷不丁的改了个地方。然后冷不丁的就好了
[图片]
sob，我改对了[表情][表情][表情]
A:
nice
Q:
是输入的rho和sigmmaa的问题
一个乘以2，一个乘以4
这样结果就一样了
所有的泛函都一样了
分析出原因来了：对于闭壳层，这个库用的密度矩阵是乘以2的，我在SCF过程中的没有乘以2。
开壳层就没有这个问题了
果然是个很难察觉的错误
A:
闭壳层子程序用总密度矩阵，这是常识啊
----------------------------------------------------
2016.08.25 01:07:00
Q:
请问一下sob老师，激发态动力学考虑溶剂效应的话，用线性响应可以接受吗？
A:
可以。也只能这样，要用特定态模型就要吐血了
----------------------------------------------------
2016.08.25 01:20:53
Q:
我的老板真逗，算价层激发非要加弥散，而且说这是多年的经验，我把大社长的文章给他看，估计他也没看，死认自己的关电视对的，真是不知道该如何说服他，而且双能级公式和大社长确认了之后和他说了，估计也是不能承认，碰到一个顽固的人，真是什么招都不好使
小老板，属于那种……你懂得的类型的
霍金可是绝对的大老板了吧？打赌输了还承认了呢
有没有也得认！难道错了就不认？
测试的结果已经表明他错了，但是他就是说，这可能是基组效应，我不知道什么是基组效应，谁给我解释解释
你老板咋不说加了弥散，基组完备性高
直接用CBS，包治百病
有些事不是讲理的问题.. 比如你敢和你女朋友讲理..
A:
还好没逼你用6-311++G
Q:
跟女朋友讲理，打不了分手，跟老板讲理，没理可以讲
跟女朋友讲理，打不了分手，跟老板讲理，没理可以讲
那样我就自杀
A:
感觉可以把梁非凡那段对白改编套用过来
Q:
/偷笑大社长什么都可以鬼畜
A:
老板:学校都有规定，下属五可以博老板嘴
娃娃:报告老板，我而家吾系博你嘴，我系同你讲道理
老板:娃娃!我系你老板，我话你讲噶吾系道理就唔系道理，我话你播嘴就博嘴!阳阳，叫晒所有落操场，你要当住所有学生面前大声讲，对唔住，老板，我听唔到你再讲，再听唔到继续讲，讲到我听到为止!
娃娃:报告老板，唔洗落操场啦！我起呢度讲都得，都系六个字，吔*啦，小老板!
老板:你....
娃娃:你听五到我再讲，再听五到继续讲，讲到你听到为止!吔*啦，小老板!
老板:我要炒你啊!
娃娃:我唔洗你炒我而系我炒你!我而家踢炮唔捞了，就算你跪起度诶我翻来我都唔翻来啊!
Q:
…
/偷笑
[表情]
sob老师[emoji][emoji][emoji][emoji]
[原创表情]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.25 01:28:52
Q:
老师请问在哪里可以下载到gaussian 09 b02 linux的安装包，谢谢
A:
根本就没出过B02。只出过这些
A.01
A.02
B.01
C.01
D.01
E.01
----------------------------------------------------
2016.08.25 02:27:16
Q:
multiwfn 有办法分析gaussian计算的epr数据么
A:
不能
Q:
老师有什么其他软件可以做？easyspin 需要matlab配合。够麻烦的
A:
不知道
高斯能干的就是算个原子核自旋密度，然后自行可以转化成Fermi contact项
----------------------------------------------------
2016.08.25 04:15:18
Q:
请教大家一个问题：我用B3LYP泛函算了一个带负电荷的小分子得到的LUMO能级是正值这合理吗？
A:
合理
Q:
谢谢我不是很懂这一块如果LUMO能级为正值是不是说不能再得到电子了？或者LUMO能级为正值说明什么呢？
A:
难以再得电子
----------------------------------------------------
2016.08.25 04:59:29
Q:
小白求个知识
高斯能把gif文件转换为MS可读的cif文件吗
gjf.0..
A:
没法转
除非结构搞到MS里之后再自己建晶胞之后导出cif
Q:
gjf的文件ms打不开呀。
vesta也打不开
A:
凭什么能打开，明明是私有格式
Q:
为什么wps能打开doc
A:
因为doc已经成了交换文档的标准格式，不支持它只有死路一条
vesta本来就是晶体口的，高斯算晶体就是个渣，干嘛支持高斯
Q:
那么gjf的文件我就没办法整成cif或者vesta可以打开的文件格式了呀
[图片] 这个结构怎么搞到MS里呢谢谢
A:
保存成MS能认的格式，诸如pdb
----------------------------------------------------
2016.08.25 05:04:52
Q:
请问在计算采用td优化激发态，报错如下：
You need to solve for more vectors in order to follow this state
请问是什么问题？
A:
增大nstates，还不行就减小步长上限
Q:
NStates=15，够不够？
A:
try
----------------------------------------------------
2016.08.25 06:10:19
Q:
各位大神有做反应机理计算的吗？
如果两个分子都是阳离子，在计算过渡态的时候能量非常高，怎么解决这个问题？
加入溶剂化后的确大幅度降低了能垒，但是仍然很高
A:
静电互斥那么大，能量当然高。
实际中发生接触的可能性都未必存在
----------------------------------------------------
2016.08.25 17:32:10
Q:
请教各位，我现在做一个complex的CT激发，请问怎么计算激发离域程度（extent of excition delocalization）?
A:
先把你要算的那个玩意做一个明确的定义
考察CT程度Mulitiwfn里有一大票方法，看手册4.18节的一堆例子
----------------------------------------------------
2016.08.25 17:57:46
Q:
各位老师、前辈电子密度与做出的静电势图有什么对应关系吗？
A:
最关键差别：静电势是电子和原子核电荷共同贡献的
----------------------------------------------------
2016.08.25 20:12:38
Q:
Sob老师，请问下在做柔性扫描的时候，如果扫描结果中出现了不想要的其他键生成，这时候要怎么解决？
A:
只能用额外的约束
----------------------------------------------------
2016.08.25 20:28:19
Q:
[图片]
请问在SMD模型下，不能优化水和氢离子么；
我的关键词如下
#p opt(maxcyc=100) b3lyp/6-31g(d) scrf=smd
优化结果却惨不忍睹
A:
当然能优化
确保初始结构对称性合理
Q:
[图片]
初始结构应该没有太大问题
A:
确保弄成了C3v
Q:
没有利用对称性
我再试试
A:
对高对称性的结构，程序如果认不出对称性是很难收敛的！
Q:
原来如此，我再做尝试
[图片]
社长，#p opt=(maxcyc=100) b3lyp/6-31g(d) scrf=smd symm=loose
依然惨不忍睹
A:
写symm=loose干嘛
直接在gview里对称化好了就完了
Q:
尝试了，还是不行
gview其实是可以直接判断出来的
A:
甭用SMD用默认的IEFPCM ver.2很容易就收敛了
Q:
直接写scrf就可以了么
另外我算了一下气相下的水和氢离子，依然不能收敛
A:
对
怎么不能
看我传的输出文件，秒收敛
Q:
我又算了一下，也收敛了……
scrf和scrf=SMD计算出来的能量，原则上相等么
A:
当然不
Q:
那整个计算过程，溶剂模型不一致，这个数据没有用呀
直接用质子的溶剂化能=-265.9 kcal/mol，就不用通过H3O+减去H2O的了，用质子化能应该还准确些
这句话靠谱吧
A:
你算溶解自由能时候用SMD就完了
几何优化IEFPCM和SMD几乎没有任何差别
Q:
对哦，用SMD算单点能就好了
A:
H3O+减去H2O算出来的H+的溶解自由能结果和实际偏差颇大，因为这个东西电荷/体积比太高
准确理论计算H+的溶解自由能必须考虑各种溶剂层排布，麻烦得很，看J. Phys. Chem. A, 105, 11534 (2001)
Q:
质子的溶剂化能=-265.9 kcal/mol
A:
[图片]
用这些级别算出来的质子的溶解自由能是-258.89 kcal/mol
----------------------------------------------------
2016.08.25 20:28:19
Q:
sob老师您好，最近开始算结合能，有两个问题一直没搞明白，第一个是用不同方法算的结合能有正有负，看文献上也是这个情况，现在只是想定性的看一下他们在热力学上能否自发的结合，该怎么选择计算的方法和基组？第二是用Counterpoise计算出的相互作用能量和自己把整个结构分成两部分的原子设置成鬼原子然后计算出的能量出入很大，可能是什么造成的原因呢？已经做了BSSE
sob老师您好，最近开始算结合能，有两个问题一直没搞明白，第一个是用不同方法算的结合能有正有负，看文献上也是这个情况，现在只是想定性的看一下他们在热力学上能否自发的结合，该怎么选择计算的方法和基组？第二是用Counterpoise计算出的相互作用能量和自己把整个结构分成两部分的原子设置成鬼原子然后计算出的能量出入很大，可能是什么造成的原因呢？已经做了BSSE矫正了。谢谢sob老师
A:
结合能算出来正的绝对算得不对，或者没有在靠谱的级别下事先优化复合物
或者你算的是结合自由能，而不是用电子能量求的差。如果焓变为负，自由能变为正，这时候说明熵效应导致二者在实际中不易结合
你自己用鬼原子算出来的BSSE校正能和直接用counterpoise给出的BSSE校正能不符，一定是操作过程有误
Q:
好的，我再检查一下输入文件。谢谢sob老师/调皮
A:
如果操作、概念掌握得不透彻，直接取counterpoise任务最后输出的诸如complexation energy = -3.78 kcal/mole (corrected)作为BSSE校正后的相互作用能就完了，其它甭管
Q:
直接计算出来的这个相互作用能是正的，所以很愁人，自己感觉可能是方法和基组选的不好导致的
Q:
我现在用的是M06-2X/6-311+G** 加了empiricaldispersion=gd3，结果是63.84kcal/mol
A:
明显是计算流程不对
计算级别没太大问题
Q:
我只算了电子能量[emoji]
我的体系是金属离子和有机溶剂分子的溶剂化，也就是溶剂分子在金属离子周围包裹，几何优化是b3lyp/6-311G** opt=calcall，频率计算出的是没有虚频，然后就用计算出的结构做了CP，就是这个结果
A:
两个过程用不同的泛函明显莫名其妙。
而且在谈什么counterpoise之前，先直接算个整体减片段的能量，起码把相互作用能符号弄对再说。
定性结果还不对，谈counterpoise、BSSE问题都是多余的
counterpoise只能起到定量上对结果小幅修正的效果
现在很多新人算弱相互作用，言必称counterpoise、BSSE。这实际上都是后话。
Q:
原来没计算过结合能，最近看的文献感觉文献上很乱，自己也糊涂了，看起来还是自己的计算流程设计有问题
A:
还有种可能就是整体减片段的时候，金属离子、溶剂分子的带电设定不对
算这种含离子体系的相互作用能，参考状态的不同选取对相互作用能有决定性影响
计算方法选择看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
Q:
[图片]这篇文献上的结合能的计算结果都是正的……当时就蒙了
A:
诸如算NaCl俩原子的结合能，用中性的Na和CL，以及用Na+和Cl-当参考状态，差得甚远
什么刊物上的？
Q:
Journal of Power Sources
韩国人11年发的一篇文章
[图片]
A:
这都不是计算化学专业刊物，审稿人都未必懂计算
而且还是棒子发的
Q:
[表情]明白
社长写篇paper吧，以正视听
A:
我就是懒得跟乱七八糟的审稿人较劲
Q:
还有一个问题想请教一下sob老师，b3lyp和M06-2X的HF成分差别有点儿大，前边是20%，后边是54%，这个看您发的文章里写过HF成分越低自相互作用误差越大，描述静态相关能力越强，就是现在没搞清楚哪些体系需要着重考虑静态相关，还有这个差别会不会导致现在我计算的结合能出现定性的错误。麻烦sob老师解释一下，自己在网上找了找相关的东西，但是还是迷迷糊糊的
A:
你这种体系不用管静态相关
[图片]
Q:
成键方式怪异……是指的除了共价、离子还有以外的成键方式吗？弱相互作用包括在里边吗？
A:
普通弱相互作用当然不包括，除非相互作用的玩意本身都是静态相关很强的
诸如过渡金属团簇就是成键怪异的，成键方式没法靠简单lewis式表示
Q:
也就是我一般研究的有机配合物或者无机分子都不用考虑静态相关对吗？
A:
若牵扯到过渡金属会有一定静态相关
Q:
也就是说如果有过渡金属离子参与的体系能量计算里，B3LYP比M06-2X更可靠，可以这样理解吗？
A:
只能说这个可能性>50%，没那么绝对。
还和具体成键方式有关。
----------------------------------------------------
2016.08.25 21:44:07
Q:
请问Sobereva，ORCA中有什么办法检查波函数是否稳定，类似Gaussian中stable的功能？我现在算的体系有过渡金属，做结构优化时键长明显不对，怀疑是不是初始波函数不对，收敛到别的电子态了，所以想检查一下波函数。谢谢了！
A:
可以尝试做一下电子激发计算，如果有负激发能也说明没收敛到基态波函数
----------------------------------------------------
2016.08.25 21:54:21
Q:
sob老师您是不是在什么地方提到过一个可以基于gaussian计算得出分子电流的软件啊，记得当时有个网址加入收藏夹了可现在死活找不到了 /大哭
sob老师您是不是在什么地方提到过一个可以基于gaussian计算得出分子电流的软件啊，记得当时有个网址加入收藏夹了可现在死活找不到了 [表情]
A:
使用AICD 2.0绘制磁感应电流图
http://sobereva.com/294
Utilizing AICD and GIMIC programs to study magnetically induced current density (幻灯片)
http://sobereva.com/148
使用AICD程序研究电子离域性和磁感应电流密度
http://sobereva.com/147
Q:
不是这种电流是计算分子电导率的类似atk 忘了在哪看到的了
A:
SIESTA：其中的tranSIESTA专门做电子输运。免费。
ALACANT：免费，基于Gaussian程序来做。
Nanodcal：NanoAcademic的产品。
----------------------------------------------------
2016.08.25 22:14:15
Q:
Sob 老师请教下这个输入文件什么地方有问题
%chk=F:\TST\C2H3NO2.chk
# opt=calcfc freq QCISD(T)/CBS//B3LYP/6-311++g(d,p) geom=connectivity
A:
至少去掉氢的弥散
CBS哪能直接写
老老实实分开做，opt freq单独写个输入文件
----------------------------------------------------
2016.08.25 23:15:44
Q:
老师，我用ccsd(t)/6-311++g**算频率，出现No analytic 2nd derivatives for this method. Error termination via Lnk1e in /opt/soft/g09/l1.exe错误提示，请问是什么原因啊？谢谢老师
A:
拿这算频率是开玩笑
老老实实用DFT
甭乱加弥散
Q:
审稿人说用CCSD(T)算相互作用能，应该怎么办呢
A:
CCSD(T)算复合物和片段的单点，求差就完了
什么基组合适看此文的方法推荐
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
----------------------------------------------------
2016.08.25 23:19:36
Q:
有没有能衡量平面分子结构刚性的理论，实验上还是比较容易的
A:
做AIMD计算，统计轨迹中分子结构偏离平面的程度
或者做振动分析，看破坏平面扭曲的振动模式的力常数
----------------------------------------------------
2016.08.25 23:20:26
Q:
sob老师，问您两个问题，1：Multiwfn中计算ADCH的时候，第一步是将Mulliken Charges转成Hirshfeld Charges吧？这个转化是怎么样计算呢？2：您开发Multiwfn用的是什么fortran的IDE么编译调试的？您有推荐的么？
A:
1 否。第一步算的是Hirshfeld电荷
之后的ADC校正过程看ADCH原文（传群共享了）
2 VS2008+IVF
----------------------------------------------------
2016.08.25 23:24:19
Q:
谢谢sob老师，VS2008安装IVF后，直接新建项目把src里面的代码加载，然后正常编译即可吧，中间有没有需要注意的地方？
A:
如果是指编译Multiwfn，怎么弄在源代码包里写明了
----------------------------------------------------
2016.08.25 23:24:22
Q:
老师们，hf/6-31g*和 b3lyp/6-31g*计算质子亲和势结果差距大吗？
A:
当然大
Q:
那用hf 6-31g*算的数据能用吗？
A:
不能
自己考察个定性结果也罢，发文章一定被打
Q:
看到几篇文章就是这么干的
A:
傻文
Q:
[图片]
[图片]
A:
一看用的程序就知道不是什么上档次的理论计算
择其善者而从之，其不善者而改之
Q:
IF4.6的杂志
感觉很省时间
A:
这算什么，ACS Nano都有不靠谱的数据
省什么时间，你比比B3LYP和HF的耗时
Q:
B3LYP 要1天，HF只做了17min
A:
不可能
一定是你计算有问题
Q:
结构能量都优化到最小了
频率都是正的
A:
[图片]
Q:
B3LYP有这么快嘛
A:
当然！
所以说你算得有问题！
Q:
我是把结构在gview中画好了，AM1优化一下，然后用B3LYP算的
把拉曼，溶剂都去掉了
A:
不要稀里糊涂，仔细看输出
Q:
[图片]
B3LYP和 HF都是一样来的
A:
起码得看优化了多少步
Q:
2步
A:
说不清楚就把两个输出文件都压缩后传上来
普通优化哪可能两步就收敛
Q:
HF的
A:
几步收敛的？
[图片]
Q:
17
[表情]
B3LYP的是一样的但是很久很久
A:
输出文件呢？
17步都能说成2步，证言完全不可信
Q:
我的优化方法没做错吧？
直接选的Opt+freq
A:
# B3LYP/6-31g(d) opt freq
----------------------------------------------------
2016.08.26 00:02:27
Q:
sob老师，orca中的blyp-D3是不是就是blyp-d(bj)
A:
blyp-d3(bj)
Q:
哦写错了，写blyp-D3和blyp-d3(bj)是一样的吗
A:
ORCA里直接写D3就是D3(BJ)
----------------------------------------------------
2016.08.26 00:28:13
Q:
wiley数据库中期刊现在发表好像都要出钱？是吗？例如：JCC[图片]
A:
不打算让文章开放获取就不要钱
而OpenChemistry之类期刊则只允许开放获取，作者只能交钱
----------------------------------------------------
2016.08.26 00:42:55
Q:
带Er元素用什么泛函优化结构比较好，
A:
B3LYP、M06、BP86
----------------------------------------------------
2016.08.26 00:51:38
Q:
请问，做MMPBSA时，分解到每个残基上的极性溶剂化能表示什么物理意义？哪位晓得呀。。
A:
就是体现各个残基对溶解自由能极性部分的贡献
Q:
跟亲水疏水作用有关系吗以/
跟亲水疏水作用有关系吗？
A:
数值越大的越亲水
疏水是靠非极性部分体现的
----------------------------------------------------
2016.08.26 01:06:19
Q:
老师，没正常结束（）不收敛）的文件但是太大了不打算继续算了，看着应该是正确结构，可以进行RDG分析么
A:
收敛到loose标准就可以
----------------------------------------------------
2016.08.26 01:24:08
Q:
sob老师NCI分析出了能判断分子间力类型，能不能判断那种力起主要作用
A:
知道了类型自然就知道哪种起主要作用
若要定量精确讨论就做能量分解
----------------------------------------------------
2016.08.26 02:13:30
Q:
我用b3lyp/def2TZVP做80多原子体系（含有1个Ni）的优化加频率，8核并行，卡在这一天了
[图片]
[图片]
请问这正常吗？
A:
几何优化和频率计算滥用大基组的后果
Q:
我发现这个大基组和单晶结构能对上，比b2plyp lanl2dz 6-31G*都好
A:
跟这么小的基组比有何意义？扯到双杂化干嘛？
Q:
几何优化已经做完了，大概花了1天，但频率计算1天了还没出来
A:
B3LYP/6-311G*结合SDD足矣
b2plyp用lanl2dz 6-31G*是搞笑
Q:
好的，我再试试B3LYP/6-311G*结合SDD。不过以老师的经验，目前我这个频率计算大概还需要多久才能出来呢
A:
看你机子。反正比你用def2TZVP耗时低一个数量级
----------------------------------------------------
2016.08.26 02:13:30
Q:
老师，我有个疑问，咱们在计算的时候使用的基组，如对Cl离子使用6-31G*，也就考虑了Cl的1s2s2p3s3p轨道，并没有表示诸如4p，3d的空轨道，为什么计算出来还有空轨道呢？multiwfn还可以给出空轨道的组成，以及某一壳层的贡献，请问意义何在？
A:
对闭壳层体系，基函数比电子数/2多的情况，多出来的那些必然导致了空轨道
更何况当前还有d极化，你也没考虑进去
基组价层双分裂，即便不提d的话也自然会有空轨道
Q:
那对于闭壳层的分子，使用6-31G*，multiwfn对于一条空S原子轨道组成分析如下：
[图片]
我可以理解为，第一个是2p贡献，第二第三个加和是3p的贡献吧？
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.08.26 02:18:41
Q:
老师，用bp86 def2tzvp算100个原子单点，其中有五个Ni，其余的就是C H N，这样合理吗
A:
合理
----------------------------------------------------
2016.08.26 07:18:12
Q:
刚才CPU热的电脑又重启了
要换硅脂了
给CPU买杯冰激凌
最近可有日子没听见人吹GPU了。去年一片Martinez组的文章，GPU算CAS，还用的是6-31G没有d···
A:
GPU化不可强求
Q:
为什么分子模拟那块GPU加速那么明显
A:
算法简单呗
Q:
程序简单暴力呗
解牛顿方程囖？
A:
小学生都能写得出来
Q:
我总有点怀疑代码这么复杂是不是走错方向了
A:
也是迫不得已
但有些量化方法确实走错方向了，复杂度极高还没什么实在意义
Q:
搞完这些代码[图片]
A:
诸如什么四分量多参考显式相关耦合簇巴拉巴拉...
Q:
还不如蒙特卡洛搞起
QMC
这种方法类的文章一般发哪里的？
QMC的文章很少
A:
JCP、JCTC
Q:
感觉标新立异却不实用，等于望梅止渴啊
A:
Grimme搞理论大多都是走实用性的，应该倡导这样
Q:
实用的早拿出去闷声大发财了
所谓实用，其实主要是看能不能发布一个black box程序。就算耦合簇那么恶心的东西，一个程序出来，人们都可以随便用，不用管它里面怎么弄的
四分量什么的程序还是有用的，Dolg组的赝势都是做了大量四分量全电子计算才拟合出来的。不过他们自己都说DIRAC难用，除了拟合赝势再也不想碰～
至于什么MR-CC-F12，MR-CI-F12啥的，其实Molpro倒是做的还挺黑箱的，但是还是相对小众
现在当务之急，是缺一个能算金属和无机分子能达到B3LYP，M06对有机分子的准确度的那么一个泛函
MPx，更精确的CC的，对大体系计算量是无论如何也降不下来，还得看DFT
A:
四分量是有用，但过度把一些很小众向的理论与之揉到一起就无聊了。我说的那一串不是每一项分立的，而是组合在一起成为极度复杂的情况。组合得越多，可能用到的人越少。
DIRAC我倒觉得还不错，比用之前想象得容易用，并不很麻烦，速度也挺快。
Q:
QMC为何文章少?
不是可以提供很精确的波函数么？
请教一下大家，我记得以前学mp方法的时候，说mpn并不收敛，mp3很多时候会比mp2误差更大。为什么感觉现在好像mp3什么的又比以前流行了一些？有什么新说法吗
不会吧……我们老师说mp2n+1最好不要用呢……
A:
没有更流行
除了MP2.5、MP2.X用到MP3
Q:
可能只是我看到很多量化程序里有了mp3啥的选项。只是编程计算能力加强了？
A:
有不代表有用
像高斯里CISD谁拿它算基态
摆设而已
高斯里MP5也基本是个白设
Q:
这些MPn是不是只是高级CC的副产物？
A:
也不算副产物，因为MP2、MP4有独立使用意义，只不过做高阶CC可以比较便宜地顺便用中间的量给出来而已
----------------------------------------------------
2016.08.26 17:08:30
Q:
我看有文章分析分子前轨道来解释二聚体的稳定性，这个靠谱吗
我做点有机大分子的自聚，研究了下杂原子的影响，结果有人问我为啥两个分子前线轨道能级不同，给我介绍下，组成都不同了还问这个
A:
分子轨道解释这个纯属胡来
Q:
老师我算东西芳香性大分子，
想用分子轨道做下预测其易于形成π堆积不能这么做吗，如果想预测其二聚体自聚构型该考察那些性质
A:
根本不能
pi-pi堆积可以用Multiwfn支持的LOLIPOP指数考察，看手册4.100.14节的例子
分子轨道讨论弱相互作用毛用也没有
预测二聚体构型按此文来搞
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
----------------------------------------------------
2016.08.26 17:57:18
Q:
[图片][图片] 老师，看了您的博文关于VMD显示原子序号定义这个命令时出现这个提示错误，不明白什么意思？谢谢老师。
A:
注意空格。lab命令还没定义好呢
----------------------------------------------------
2016.08.26 18:15:18
Q:
大家好，我想问两个基础性的问题：
1.相同分子量，不同化学组成的结构，比较它们的单点能确定优势结构，是否有意义？
2.一个中性分子，如果给它一个电子，体系能量增加还是减小，是否有一个确定的趋势，对于电负性较强的分子，会不会反而降低体系能量
大家好，我想问两个基础性的问题：
1.相同分子量，不同化学组成的结构，比较它们的单点能确定优势结构，是否有意义？
2.一个中性分子，如果给它一个电子，体系能量增加还是减小，是否有一个确定的趋势，对于电负性较强的分子，会不会反而降低体系能量
你把我的问题都掩埋了，就不能一次性说完你的问题吗@第三人称
A:
life 1 必须相同化学组成的比较能量才有意义
2 都有可能
----------------------------------------------------
2016.08.26 18:35:59
Q:
请问Sob老师及各位达人，在Gaussian09 中能用MP2方法做Opt吗？还是MP2只能做单点？
尝试了几个优化过的结构再用MP2，结果都是几分钟就报错
请教各位，还是刚才用MP2做优化，读入了之前优化好的结构，报错显示如下[图片]
下面我该尝试增添那些方法呢？
是指 MP2/genecp opt=Full 吗？
A:
MP2(full)/genecp opt
----------------------------------------------------
2016.08.26 21:14:08
Q:
[图片]
这是一种说法，赖文书里的
[图片]@Davy
ab-initio不包含DFT，first-principle主要是基于DFT的（有一种说法是first-principle主要是固体领域的人用）
A:
DFT算不算ab-initio看泛函，以及看研究者的喜好
Q:
[图片]
不同作者的书里说法都不太一样
A:
那截图有极大的误导性，真是害了初学者
Q:
oo～在书里看到的
不过不是专门的量化书，是燃烧化学动力学的[表情]
A:
量子力学计算分子问题：从头算。不包括半经验。DFT可算可不算，争这个没意思。
量子力学计算固体、周期性问题：第一性原理。DFT算
就这么简单
----------------------------------------------------
2016.08.26 22:19:15
Q:
请问在做完静电势能面以后，怎么得到某个点具体的静电势能值？势能面图上只有颜色表示并没有数值大小
A:
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
Q:
谢谢sobereva老师！我看了您写的这篇文章，不是说得到的是极值点的静电势大小吗？
可以得到任意一个位置的值吗？
A:
载入vtx.pdb，按数字键1，点图中一个点，在命令行窗口就会显示这个点的index
[图片]
把vtx.pdb的开头行删了之后，诸如图中这个点，你就找2772+1行，看B因子那一列就是其ESP数值了
----------------------------------------------------
2016.08.26 22:49:41
Q:
老师，CCSD(T)/CBS和CCSD(T)-F12/aug-cc-pvtz比，是不是前者更精确呢？
A:
看前者是在什么级别下外推到的CBS
如果诸如DZ->TZ外推，还不如后者呢
----------------------------------------------------
2016.08.26 23:26:12
Q:
Sob 老师我用您 “谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态”帖子中的方法，生成片段组合波函数成功以后修改route section 计算一直报错请问是什么原因？错误信息如下
SCF N**3 symmetry information disabled.
Basis set data is not on the checkpoint file.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l401.exe
A:
贴关键词
Q:
# opt ub3lyp/6-311++g(d,p) guess(read) scf=nosymm
A:
%chk指定了没？
之前已经用guess(fragment=x)把片段组合波函数存到chk了没？
----------------------------------------------------
2016.08.26 23:41:24
Q:
[图片]
老师，我想问这个图是什么意思？
A:
轨道能量
----------------------------------------------------
2016.08.27 00:27:12
Q:
请问大家，我在做CP时，为什么输出文件只输出Counterpoise: corrected energy ； Counterpoise: BSSE energy这两个值没有五个结果？
A:
版本太老
----------------------------------------------------
2016.08.27 00:33:10
Q:
老师，请问做过渡态优化，不等到优化正常结束，就取优化曲线上的一个结构做频率分析，频率分析表明只有一个虚频，且对应着预想中的振动模式。这样也算找到了过渡态，是吗？
A:
只能说离想要的过渡态不远了
----------------------------------------------------
2016.08.27 00:54:24
Q:
问一下firefly是gamess的Windows版吗？我看文献上引用的是firefly的这个网页，感觉有点奇怪，在firefly网页看到是免费软件，下了之后看说明是必须要邮件发给开发者获取license？
A:
firefly早就和gamess-US分家了
[图片]
----------------------------------------------------
2016.08.27 01:05:30
Q:
，你去参加TACC2016会议吗？陈老师去做报告
A:
跟我有啥关系
----------------------------------------------------
2016.08.27 01:07:16
Q:
老师，优化好的分子怎么看分子的尺寸啊？
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
----------------------------------------------------
2016.08.27 01:20:23
Q:
Sob老师，如果我的体系是三重泰，而且价电子数很多，我做AdNDP分析，怎么能快速找到多中心单电子的轨道呢
A:
没那么简单的事
多中心轨道的搜素得反复尝试才能找到最好的
Q:
sob老师，那如果我搜索完孤对电子轨道，我还可以继续在前面的基础上单中心单电子轨道吗
GaussView显示result中，show dipole derivative unit vector这个的物理含义是啥，偶极衍生单元向量？什么物理意义呢，谢谢
A:
偶极矩导数的单位矢量
你是alpha和beta分着搜的？
Q:
不是的，我是总体搜的
A:
那怎么搜单电子的
Q:
[图片]
4选项改成小于1的
A:
改这干嘛
这样会搜出一大堆来
Q:
那我应该怎么搜呢，因为我觉得我的体系的氧原子既有孤对电子，还有一个单电子
偶极矩对向量的导数?用这个参数能说明什么
我应该分着搜吗
A:
基态是闭壳层的情况不要写3要写1
是对振动矢量的导数不是对“向量”
对你来说没用
Q:
我的三重态的理论红外光谱和实验的对的上
所以我只需要分析三重态的
A:
还有，不要写U，否则写triplet是白搭
Q:
哦，我以为是我的问题[表情]
A:
那你就先把双中心的扣完了，再降低阈值到1.0以内找单中心的，并且结合轨道图形考察是否是想要的
Q:
嗯嗯，我修改完阈值以后，程序继续默认从单中心搜索是吧，sob老师
我尝试一下，谢谢sob老师
A:
你可以直接引导程序只搜索哪个中心的，省得一下子输出一大片数据
Q:
嗯嗯我再试试，好多选项没用过呢，谢谢老师
[图片] sob老师您好，我现在搜索完两中心两电子的，如果继续搜索三中心两电子的，出来的数据是不合理的，因为我有单中心单电子的贡献。我这个问题怎么解决呢
A:
搜索单中心的时候不就已经把那个单电子扣了么
Q:
sob老师，结合分子轨道，我是认为氧原子（单中心的）既有孤对电子轨道，还有一个单中心单电子轨道。有这样的分析吗
A:
有
Q:
sob老师您好，那我选择的时候怎么选择合理呢？我的体系一共有22个AdNDP轨道，二个单中心单电子的，还有六个孤对电子轨道，剩下的都是多中心二电子的。我用Multiwfn应该怎么选择合适呢？我如果先选择单中心单电子的，这样的轨道因为占据数小于1，它默认会排在后面，我选择不出来。如果先分析多中心两点子的，这样氧原子（即单中心）单电子轨道上的电子会对二中心二电子及更多中心的二电子分析产生贡献。以至于不能分析得到合理的结果？sob老师，我要怎么办呢？@Sobereva
A:
搜索单中心的时候让程序只在你认为有单电子的那一个原子上搜，搜出来的数目肯定也不会特别多，挨个看看候选轨道图形，找出来占据数接近1.0且和你看到的单占据MO类似的就完了
----------------------------------------------------
2016.08.27 01:42:35
Q:
Sob社长，ORCA的DLPNO-CCSD(t) 大致能算多大的体系..Au20或者Au38整的动不？
A:
看基组吧
一般赝势基组，20个有戏，38够呛，除非以牺牲精度为代价调参数，但这时还不如用双杂化
Q:
Au38的话估计4000个基函数不到吧..
Aug-cc-pvtz的话
A:
没戏
Q:
用denning基组的话还不如用def2-QZVP之类的喽？
A:
cc-pVQZ和def2-QZVP在同一档
cc-pVTZ和def2-TZVPP在同一档
后HF还是更建议用dunning
Q:
改天我试试看，超算资源好，不用浪费了..
ADF的TZP基组我以前试过，Au38有3300个基函数左右.. 算不收敛..
再请教社长一个问题，高斯16核以上并行效率就比较低了.. 我一个节点32核，独占的，直接制定32核计算，并行效率会变负嘛？，就是时间反而延长了,, 计算的体系相对较大
A:
跟任务类型有关。SCF的话一般会比16核快
----------------------------------------------------
2016.08.27 01:55:57
Q:
大社长，Multiwfn啥时候能支持预共振拉曼数据的读取呢？很期待啊
A:
嘛，自己改下代码就好
----------------------------------------------------
2016.08.27 02:44:40
Q:
,sobereva老师，我用fchk计算势能面，输入12，再输入0后每次一计算就秒退是什么原因？
按照这个帖子的步骤做的http://sobereva.com/196
A:
那叫静电势，不叫势能面
输入文件大抵有问题，先把例子重复一遍
----------------------------------------------------
2016.08.27 03:47:58
Q:
sobereva老师，“对于完全不能描述色散作用的泛函，比如B3LYP，使用零阻尼的情况下，DFT-D校正能可以近似当做是体系的色散作用能。”在结构优化的时候加了DFT-D3校正得到的能量和结构优化没有加D3校正的能量差可以近似当做是体系的色散作用能吗？@Sobereva
A:
如果你想对特定结构讨论色散的贡献，用的结构应当都是D3校正后优化的。如果不是针对特定结构而是特定体系的话，可以按你那样
Q:
特定结构什么意思@Sobereva
A:
不同结构下相互作用能不同，相互作用能成分也不同
Q:
对于我的体系我用的是B3LYP泛函，在优化结构的时候我加了D3校正，我直接用加D3校正优化得到的能量减去没加D3校正优化得到的能量，把它视为色散作用部分，但是被质疑，觉得我这样做是不对的，应该在不加D3校正优化得到的结构基础上，使用那个DFT-D程序对色散部分校正，这个时候得到的能量才是色散作用，不知道哪种是对的，求老师指教@Sobereva
A:
结构是结构，该怎么算能量还怎么算，不要把能量计算和几何优化搞起来
如果目的是考察实际稳定结构下的色散作用对结合能的贡献，必须加D3校正后优化。
不加D3校正甚至合理的结构都优化不出来，诸如苯的面对面堆积，不加D3直接飞了，还谈何计算真正极小点结构下的色散作用能
Q:
哦，那也就是说优化结构后用multiwfn做能量分解，如果想考虑色散作用再结合DFT-D程序计算色散部分，这样可以吗
A:
可
Q:
我试一下，谢谢老师
老师，您的意思是D3优化后的结构在用DFT-D程序计算色散部分是可以的，是吧@Sobereva
A:
y
----------------------------------------------------
2016.08.27 04:05:03
Q:
NBO bond order[图片]，从H2O的计算结果，怎么来看是O和H形成的是单键
A:
0.8146接近单重键形式键级1.0
----------------------------------------------------
2016.08.27 04:10:54
Q:
请问下delta HF值是取这个值吗？[图片]
[图片]，还有个问题是，对于总的相互作用的比较，是直接比较Esapt0的值吗
A:
delta HF是必须要加进总能量的
----------------------------------------------------
2016.08.27 05:23:09
Q:
E01出错 g09: lib64 libc.so.6：version `GLIBC_2.7′ not found 该如何解决？
A:
系统大抵太老
----------------------------------------------------
2016.08.27 05:46:10
Q:
社长大人，在计算溶液中溶质自由能这块，之前文献中一直提及采用热力循环的方法计算，但是最近看到耶鲁大学的Junming Ho 一直在推广采用M062X/SMD直接计算的方法。即[图片]，Gnes是SMD的非电作用部分。而且他指出溶剂对构型影响比较大的情况下，直接计算方法比传统热力循环方法更加准确。您怎么看？
A:
我不鼓励这样
比如优化时候用M062X/def2TZVP，相当于溶解自由能也是M062X/def2TZVP级别下算的，这样显然不是最佳的参数化级别，是不可取的。而直接用最佳的参数化级别6-31G*来优化，对于要求高的情况基组又太小了。
对于溶剂对结构影响明显的时候，优化的时候考虑溶剂模型就完了。
----------------------------------------------------
2016.08.27 06:12:07
Q:
请问，我按照[图片]这里面的方法用vmd做RDG图[图片]为什么等值面这样的？怎么改应该
A:
延展距离设太小了，盒子把等值面截断了
----------------------------------------------------
2016.08.27 06:33:07
Q:
各位老师通过分析静电势能怎么来看他对分子间弱相互的作用
A:
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
静电效应主导了氢气、氮气二聚体的构型
http://sobereva.com/209
Q:
老师，http://sobereva.com/196上的范德华表面穿透程度是怎么做出来的呢？
两个水分子都分开的
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3942
Q:
“优化完二聚体，从中提取两个单体的坐标，然后分别计算、分别做分子表面静电势分析、分别载入到VMD。算两个单体的时候用nosymm关键词，保证高斯不自动改位置。”，文中分别计算是怎么算呢？我这两天刚开始使用multiwfn，还不太熟悉，谢谢老师！
A:
你先把绘制一个的弄会了再说
Q:
一个的已经会了
A:
弄两个很简单啊，都写得很清楚了
会载入一个就不会载入两个？
Q:
分开的话两个单体的静电势能面和在一起的是一样的吗？
A:
没有“静电势能面”这个词
分开的就是两个的叠加显示，和二聚体是完全不同的
Q:
也就是最终两个做出来的静电势照着二聚体的空间位置叠加以后得到的整体和二聚体的会有不同？
A:
显然不同。直接对二聚体做分析得到的分子表面是环绕整个二聚体的
Q:
好的，谢谢老师，我大概明白怎么做的
，老师，我把两个碎片峰分别作了单点能然后把chk文件转为fchk文件来算静电势能面可以吗？一定要做freq吗？
A:
[图片]
Q:
应该怎么说呀？
A:
你看我哪个帖子用过这个词？
搞清楚：
静电势
势能面
分子表面
静电势填色的分子表面
Q:
您都说的静电势
懂了，应该说静电势填色的分子表面
sob老师，静电势能面能用来分子色散主导的ππ堆积吗
A:
刚在二群说完，又见静电势能面
Q:
静电势表面
A:
这也不清楚
如果是指等值面要叫静电势等值面
Q:
能否说成投影了静电势的范德华表面
A:
可以
Q:
静电势等值面和投影静电势的范德华表面不一样的吧
A:
完全不一样
范德华表面是电子密度的等值面
Q:
一般范德华表面都指电子密度0.001 a.u.的表面吧?
A:
y
Q:
好像一直沿用Bader的设定
静电势好像一般都是投影到范德华表面的，静电势等值面一般研究什么问题的呢？
A:
[图片][图片][图片]
静电势等值面有时候也比较便于分析
Q:
@Sobereva请问：同一分子的静电势极大值的比较可以判断形成氢键最可能的位置；那通过两个分子的静电势极大值的比较，来判断哪个分子更容易形成氢键，这个原理上是否正确？似乎感觉不太对。谢谢！
A:
也对。但得差得比较大的时候结论才可靠
Q:
这次争取把问题问正确，sob老师能用静电势等值面分析ππ堆积吗，
A:
看具体怎么分析
静电势能解释pi-pi堆积的一些取向性问题，但完全解释不了其本质（色散作用）
Q:
分析派派堆积 sob老师好像让你看multiwfn的手册
lol 什么的指数？
A:
LOLIPOP
Q:
英雄联盟指数。。。
A:
[图片]
Q:
看了多边了，发了篇小文章为凑数据把前线轨道和静电势给放上去，审稿叫用它们来解释ππ堆积，LOLIPOP
写了也讨论了，这不是解释不了，来求助来了
A:
这两天刚有篇相关文章出来
[图片]
我不予评论
Q:
我第一样看成Beijing Kein了
还是pccp
A:
之前他们往sci rep上也发过观点类似的文章
Q:
这文章有啥新意不？
sob老师不予评论，说明这个是有问题的
A:
没去看
之前看过这篇后也不打算花时间看类似的了
[图片]
Q:
看着题目，感觉就是陈芝麻烂谷子来回说
早上老师说用分子轨道讨论弱作用毛用都没有
A:
对弱相互作用体系，轨道相互作用终究只是色散/静电作用导致体系拉进后出现的附属品而已
Q:
本质还是色散/静电
A:
而且程度也很微弱
没什么值得说的
即便能找到不少相位相同重叠产生的单体间成键轨道，但反键轨道也同时出现，直接就把其效果抵消得差不多了
Q:
[图片]
还有讨论电子转移来说ππ强度的，
A:
弱相互作用的讨论有静电、极化（电荷转移也体现其中）、色散、交换互斥足矣，不需要再有其它乱七八糟的讨论
虽然轨道也会被扰动，但其实就是体现在极化项而已
----------------------------------------------------
2016.08.27 07:15:34
Q:
我刚算了两个碎片的单点能，转化的fchk文件似乎不能使用
A:
怎么不能
[图片]
Q:
就是一导入multiwfn就秒退
A:
文件有毛病
Q:
[图片]
是不是我转fchk的时候出错？
A:
显然是
Q:
我用的fchk **.chk
formchk
我重新转化了一遍，这次出现的是
[图片]
但是文件似乎可以用了，不知道后面几句是什么意思
A:
不用管
----------------------------------------------------
2016.08.27 07:37:23
Q:
sob老师，有iop(5/13=1)无意义的例子吗，我想了想，也试了几个几何优化计算，没找到。反而最后都优化成功了
A:
凡是SCF不收敛的例子都相当于加IOp(5/13=1)等于作死的例子
Q:
求具体例子，我算了，没找到
A:
跟闯红灯完全一样
你没碰见过SCF不收敛的情况？
闯红灯未必会死
但因闯红灯而死的例子要多少有多少
Q:
单点碰到过
但是几何优化时，如果使用了，最后可以成功
而我相信没人会单点用这个iop的
A:
最后成功又能说明什么？
说明用5/13=1就万事大吉了？
到最后宣告收敛成功但SCF依然没收敛，导致能量和结构都不准的情况考虑了么？
Q:
不是，我想说明这iop不对，但是没有例子，
很难说服别人
做了freq，没有虚频，没有no
A:
顽固不化的人爱咋地咋地
Q:
需要个鲜活的例子
求一个
A:
自己随便搭个过渡金属组成的稀奇古怪的团簇的优化就够打他们脸的
谁没事会存这种无聊例子
Q:
sob老师，你就算一个吧，补充到博文里
我算了，确实没找到例子
A:
[图片] 【传说】Sobereva 分享文件 23:34:32
"老老实实搞收敛才是真.gjf" 下载
[图片] 【传说】Sobereva 分享文件 23:34:32
"IOp(5_13)是邪教.gjf" 下载
[图片] 【传说】Sobereva 分享文件 23:34:32
"老老实实搞收敛才是真.out" 下载
你要的例子刚搞好，传群共享了
Q:
谢谢sob老师，我也胡乱搭建了个过渡金属球，正算着呢/呲牙
A:
用5/13=1不光可能最后结构下SCF其实不收敛，还很容易导致中途过程受力计算明显不准，导致跑到奇怪的方向，或者出现震荡难以几何优化收敛（此例就是）
Q:
sob老师，你昨晚给出的iop(5/13)的例子，我对比着又计算了几次，发现基组打架。现在反而不知道应该以哪个结构为标准了。结果以上传群文件 [图片]
sob老师还在睡懒叫嘛，我猜的[emoji]
A:
例子本什么什么物理意义，基组才6-31G那么烂，只是为了节约计算例子的时间才这么做。目的仅在于证明5/13=1的愚蠢性
Q:
谢谢sob老师，我也胡乱搭建了个过渡金属球，正算着呢[表情]
[图片] sob老师，我又算了几次，差别不明显，寻找例子的事情算是算是失败了，这iop谁爱用谁用吧，我反正不用。但是却发现极化的作用确实很重要/呲牙
A:
太较真了
----------------------------------------------------

复制代码