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标题: 求助关于周期性边界处理，想让分子放在盒子中间 [打印本页]

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-9-15 15:16
标题: 求助关于周期性边界处理，想让分子放在盒子中间
老师，您好，分子动力学模拟完之后进行周期性边界的处理，想让分子放在盒子中间步骤如下

1. -pbc nojump 产生 nojump.xtc
2. 然后使用nojump.xtc -pbc mol 产生 mol.xtc
3.最后使用-center 使分子位于盒子中央

但是结果没有像预想的一样，结果如下图。请问是什么原因？有什么解决办法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-16 01:34
先说清楚你模拟的溶质是什么东西，只有一条链，还是一团分子。当前一张图没法看清楚

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-9-18 09:06

sobereva 发表于 2023-9-16 01:34
先说清楚你模拟的溶质是什么东西，只有一条链，还是一团分子。当前一张图没法看清楚

老师，我这个溶质是个团簇分子

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-18 10:13

yangjunfang 发表于 2023-9-18 09:06
老师，我这个溶质是个团簇分子

必须先用-pbc cluster结合索引文件处理一次，使得整个簇保持完整，然后再用-center处理一遍让整个簇对应的组居中

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-9-18 15:14

sobereva 发表于 2023-9-18 10:13
必须先用-pbc cluster结合索引文件处理一次，使得整个簇保持完整，然后再用-center处理一遍让整个簇对应 ...

好的，谢谢老师

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