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标题: 求助：利用g_mmpbsa计算蛋白质和金属配体结果为正值 [打印本页]

作者
Author: 科大小盒 时间: 2023-9-15 16:16
标题: 求助：利用g_mmpbsa计算蛋白质和金属配体结果为正值
本帖最后由科大小盒于 2023-9-15 16:18 编辑

各位老师们好，我所做的体系是蛋白质和金属配体，我的金属配体是一个金属离子，Mn2+，我对Mn2+和蛋白质进行了对接模拟，然后得到了复合物的pdb文件，进行50ns的模拟（图1为Mn2+和蛋白模拟的rmsd值），之后我利用g_mmpbsa进行了结合能计算（图2为结合能），所得结果为正值。我以为是在模拟的过程中金属离子跑走了，但是我通过VMD看轨迹发现金属原子还是比较稳定的呆在最开始的位点，而且我没有对md模拟加任何的位置限制。想和各位老师请教一下这是什么原因。

作者
Author: TL131242 时间: 2023-12-23 09:43
请问这个问题解决了吗。

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