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标题: 求助：膜蛋白、小分子和POPC膜的复合物体系应该怎么优化？ [打印本页]

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Author: 灵芝5 时间: 2023-9-17 22:40
标题: 求助：膜蛋白、小分子和POPC膜的复合物体系应该怎么优化？
老师好！

我想用AMBER跑一个膜蛋白、小分子和POPC双层膜复合物体系的模拟，已经用tleap生成了复合物的参数文件inpcrd、prmtop。
但是不知道怎么优化和平衡体系，在网上找的一些帖子，总结了以下优化和平衡步骤：
（1）、能量最小化水和离子；
（2）、能量最小化蛋白、小分子、膜；
（3）、加热体系到310K；
（4）、NVT系综平衡水和离子；
（5）、NPT系综平衡POPC；
（6）、NPT系综平衡蛋白、小分子；
（7）、NPT下跑常规分子动力学模拟。

请问老师这样的优化和平衡过程对膜蛋白、小分子和POPC体系适合吗？如果不适合，有哪些地方需要改进？

另外，请问老师，如果小分子在prmtop中的残基名为SW2，应该怎么在in文件中用restraintmask限制住小分子？

谢谢老师！

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