计算化学公社

标题: orca的批处理 [打印本页]

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Author: 红叶红叶 时间: 2016-9-1 20:23
标题: orca的批处理
我是ORCA的初学者，现在刚刚学会在Linux电脑上提任务，但只能计算一个输入文件,无法实现批量处理，网上搜索了没有查到，请各位老师帮帮我，非常感谢！

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Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-1 20:31
你怎么提交一个文件，如

/path_to_orca/orca input_file > output_file

复制代码

就一行一行的把它写到一个文件里
然后sh运行它就行了

作者
Author: 红叶红叶 时间: 2016-9-1 21:14

liyuanhe211 发表于 2016-9-1 20:31
你怎么提交一个文件，如

就一行一行的把它写到一个文件里

谢谢你的回答，我按你说的做了，可以成功，但是数量很大的情况下可能不太现实，有没有像gaussian那样可以批量处理的脚本呢？谢谢

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-1 21:20

红叶红叶发表于 2016-9-1 21:14
谢谢你的回答，我按你说的做了，可以成功，但是数量很大的情况下可能不太现实，有没有像gaussian那样可以 ...

没明白，Gaussian批处理的原理也是一样的。顶多写个简单的bash或者python的for循环处理当前目录下的所有文档而已，后者与是Gaussian还是Orca无关。

作者
Author: 红叶红叶 时间: 2016-9-1 22:07

liyuanhe211 发表于 2016-9-1 21:20
没明白，Gaussian批处理的原理也是一样的。顶多写个简单的bash或者python的for循环处理当前目录下的所有 ...

按照你说的我已经修改了bash，如下：
#!/bin/bash
for inf in *.inp
do
outf=`echo ${inf}|tr "inp" "out"`
/path_to_orca/orca_3_0_3_linux_x86-64/orca < ${inf} > ${outf}
done
但是运行结果显示为This program requires the name of a parameterfile as argument
For example ORCA TEST.INP
我不知道该怎么修改，你能帮我看一下吗？非常感谢

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-9-1 22:21

红叶红叶发表于 2016-9-1 22:07
按照你说的我已经修改了bash，如下：
#!/bin/bash
for inf in *.inp

"/path_to_orca"没真写“/path_to_orca”吧
把脚本的“< ”去掉

作者
Author: 红叶红叶 时间: 2016-9-3 14:42

liyuanhe211 发表于 2016-9-1 22:21
"/path_to_orca"没真写“/path_to_orca”吧
把脚本的“< ”去掉

这两天有点事，没来得及看帖子，太感谢你啦，问题解决了。非常感谢！

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