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标题: 求助：100 ns的磷脂层比1 ns的磷脂层更不合理稳定 [打印本页]

作者
Author: Riggs-蹊 时间: 2023-9-18 09:23
标题: 求助：100 ns的磷脂层比1 ns的磷脂层更不合理稳定
各位老师好，我用同样初始的磷脂双层结构的水盒子分别做了1 ns的NPT和1 ns的MD模拟（如图1），30 ns的NPT和100 ns的MD模拟（如图2）（步长均为1 fs，除了步数不同，其它参数全部相同），发现100 ns的跑完之后整体呈现一致的倾斜状态，相互之间没有形成均匀穿插，看起来的效果还不如1 ns的好，请问这是正常的吗？可能是什么原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-18 10:35
根本没图
仔细看置顶的社员必读贴弄清楚怎么贴图

作者
Author: Riggs-蹊 时间: 2023-9-18 10:48

sobereva 发表于 2023-9-18 10:35
根本没图
仔细看置顶的社员必读贴弄清楚怎么贴图

不好意思，非常抱歉，下次一定注意，我把附图放在下面了，麻烦老师帮助解答一下

100 ns

1 ns

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-18 11:02
不要用“1 ns的NPT和1 ns的MD模拟”这种奇怪的描述
NPT本来就是MD模拟用的系综
当前的写法逻辑上明显就是错误的

作者
Author: Riggs-蹊 时间: 2023-9-18 11:13

sobereva 发表于 2023-9-18 11:02
不要用“1 ns的NPT和1 ns的MD模拟”这种奇怪的描述
NPT本来就是MD模拟用的系综
当前的写法逻辑上明显就是 ...

好的，谢谢老师，以后改正。如果单从这两张图来看，这两个结果的差异是正常的吗？还是说有什么问题呢？刚刚入门，不太了解如何判断，麻烦老师了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-18 11:26
如果嫌有序过头了，大概率模拟参数/条件、力场有问题，都结晶了
上传图片别就传那么一丁点大的

作者
Author: Riggs-蹊 时间: 2023-9-18 11:50

sobereva 发表于 2023-9-18 11:26
如果嫌有序过头了，大概率模拟参数/条件、力场有问题，都结晶了
上传图片别就传那么一丁点大的

好的，谢谢老师回答，下次注意

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