计算化学公社

标题: 结合自由能dG绝对值过大？ [打印本页]

作者
Author: azzz 时间: 2023-9-18 13:58
标题: 结合自由能dG绝对值过大？
各位前辈好，我用gromacs分别跑了10个蛋白-蛋白复合物结构的分子动力学模拟，并使用gmx_mmpbsa.bsh计算结合自由能。
得到的dG看起来有点离谱：最大值-158kj/mol，最小值-1047kj/mol。我看别人的教程貌似△G都是负几十的水平，请问我的数值正常吗？
另外，查看了RMSD发现2号结构在将近2ns时RMSD异常高，不知道是什么原因？VMD跟踪了一下2号结构的轨迹文件，有些帧结构里出现一根长长的线

作者
Author: jackshoulder 时间: 2023-10-1 15:44
你的轨迹文件应该是没有做修正，所以出现了那种很长的线的情况；建议消除平动与转动；进行周期性矫正

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