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标题: 进行能量最小化时遇到的问题，求解答 [打印本页]

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-9-18 14:47
标题: 进行能量最小化时遇到的问题，求解答
学生在进行能量最小化时，使用的指令是gmx grompp -f min.mdp -c mixbox-newbox.gro -p mixbox.top -o em.tpr -maxwarn 1
然后出现这个报错信息 (, 下载次数 Times of downloads: 6)
学生检查了第五行没发现什么问题 (, 下载次数 Times of downloads: 6)
完整的itp文件在附件 (, 下载次数 Times of downloads: 4)
请老师指点一下，谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-18 19:31
[ defaults ]字段不能出现两次
top里所有被include文件都展开，弄清楚各个字段都出现在哪里、几次，自然就明白了

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-9-18 21:44

sobereva 发表于 2023-9-18 19:31
[ defaults ]字段不能出现两次
top里所有被include文件都展开，弄清楚各个字段都出现在哪里、几次，自然就 ...

老师，我上传的那个itp文件里没有重复出现的defaults字段，top文件里所有被include文件都展开了，他们都是用sobtop产生的itp文件，格式什么的都是一样的，报错的信息说itp文件哪个部分有问题，请老师再指教下

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-18 23:52

ngaoo 发表于 2023-9-18 21:44
老师，我上传的那个itp文件里没有重复出现的defaults字段，top文件里所有被include文件都展开了，他们都 ...

显然include不可能仅仅是sobtop给的itp文件，还包含forcefield.itp等文件，所有的全都得展开

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