计算化学公社

标题: 求助：使用sob老师的脚本把环境分子分成多份但都变成了平面结构该如何解决 [打印本页]

作者
Author: Priscilla 时间: 2023-9-18 16:10
标题: 求助：使用sob老师的脚本把环境分子分成多份但都变成了平面结构该如何解决

如题，我采用http://sobereva.com/579里的方法试图计算背景电荷，将文件用splitwhole脚本分成了五份，结果每份都变成了二维的单层结构，请教各位老师应该如何解决？环境分子的gjf文件已发。

作者
Author: Priscilla 时间: 2023-9-18 16:10
图如下

作者
Author: Priscilla 时间: 2023-9-18 17:01
还有一个问题就是我的分子是一个配合物，从VMD抠出来以后有的片段就不完整了，这个该怎么解决呀，感觉这个才是问题的关键

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-18 19:33
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

把坐标部分第二列去掉

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-19 01:03

Priscilla 发表于 2023-9-18 17:01
还有一个问题就是我的分子是一个配合物，从VMD抠出来以后有的片段就不完整了，这个该怎么解决呀，感觉这个 ...

前面加上诸如same resid as，可以实现根据残基号保留完整
参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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Author: Priscilla 时间: 2023-9-19 15:49

sobereva 发表于 2023-9-19 01:03
前面加上诸如same resid as，可以实现根据残基号保留完整
参考
VMD里原子选择语句的语法和例子

谢谢老师，还有一个问题想请教您，就是如果分片段无法像您的例子一样一个个分出完整的片段，这会对计算有影响吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-20 00:18

Priscilla 发表于 2023-9-19 15:49
谢谢老师，还有一个问题想请教您，就是如果分片段无法像您的例子一样一个个分出完整的片段，这会对计算有 ...

不知道你说的分片段指什么

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Author: Priscilla 时间: 2023-9-20 00:46

sobereva 发表于 2023-9-20 00:18
不知道你说的分片段指什么

就是用splitwhole脚本把environ.gjf里的多个片段分开，脚本无法让各个原子按各自所属的片段分开，常常是多个归属于不同片段的原子在一个gjf文件里

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Author: sobereva 时间: 2023-9-20 02:57

Priscilla 发表于 2023-9-20 00:46
就是用splitwhole脚本把environ.gjf里的多个片段分开，脚本无法让各个原子按各自所属的片段分开，常常是 ...

必须确保原子序号在各个片段里连续

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