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标题: 氯仿盒子跑平衡时出现“没有原子154角度参数”的问题 [打印本页]

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Author: zhaoxin 时间: 2016-9-2 08:37
标题: 氯仿盒子跑平衡时出现“没有原子154角度参数”的问题
本帖最后由 zhaoxin 于 2016-9-5 18:52 编辑

在对建立的三氯甲烷盒子跑平衡时，出现了“没有原子1 5 4角度参数”的问题，但是在topper文件里面是有这个的，而且psf文件里也有的，请问大神这是因为什么，怎么修改继续跑平衡呢？

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Author: fhh2626 时间: 2016-9-4 11:28
top和psf文件都不是参数文件，文件名为prm的才是，这个错误说明prm里面没有这一项

另外charmm官方力场没有氯仿参数，你自己找参数的话要确认其正确性

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Author: zhaoxin 时间: 2016-9-5 09:03

fhh2626 发表于 2016-9-4 11:28
top和psf文件都不是参数文件，文件名为prm的才是，这个错误说明prm里面没有这一项

另外charmm官方力场没 ...

可是我的文件里确实有参数啊，这个toppar文件是我下载的，里面是有各种参数的吧，我可以传上来你帮我看看吗，谢谢

作者
Author: fhh2626 时间: 2016-9-5 10:44

zhaoxin 发表于 2016-9-5 09:03
可是我的文件里确实有参数啊，这个toppar文件是我下载的，里面是有各种参数的吧，我可以传上来你帮我看看 ...

你把所有文件都传上来我看一眼吧

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Author: zhaoxin 时间: 2016-9-5 18:37

fhh2626 发表于 2016-9-5 10:44
你把所有文件都传上来我看一眼吧

好的，麻烦你了

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Author: zhaoxin 时间: 2016-9-5 18:39
我已经把所有文件都上传了，麻烦你帮我看看，万分感谢

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Author: fhh2626 时间: 2016-9-6 01:07

zhaoxin 发表于 2016-9-5 18:39
我已经把所有文件都上传了，麻烦你帮我看看，万分感谢

把pdb_to_psf.tcl里面的regenerate angles dihedrals去掉应该就可以了

这句话用猜想的角度覆盖了top文件里面的角度，经常会出现错误（尤其是在这种有刚性虚拟键的情况下）

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Author: zhaoxin 时间: 2016-9-6 08:29
好的，我试试看，谢谢您啦

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