计算化学公社

标题: 求助:gmx_mmpbsa计算结合能报错问题ParameterError('Not all angle parameters found [打印本页]

作者
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ccyyxx    时间: 2023-9-19 00:34
标题: 求助:gmx_mmpbsa计算结合能报错问题ParameterError('Not all angle parameters found
各位老师好:
       初学分子动力学模拟,利用 gmx
_mmpbsa程序计算蛋白配体复合物的结合能时,
       在将mmpbsa.in
,amber14sb力场文件包(该模拟所选力场),md模拟产生文件(包括topol.top及其中涉及.itp文件)均拷贝至工作目录,进行周期性校正,轨迹采样后,运行:mpirun -np 4 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct trj_5-10ns.xtc -cp topol.top -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv       结果出现了以下报错信息:
      ParameterError: Not all angle parameters found
      Error occurred on rank 0.
      Exiting. All files have been retained.
      Abort(1) on node 0 (rank 0 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0


      而另一个与此相似的体系,模拟过程大致相似,但一开始误选了gromacs自带的AMBER03力场,结果gmx_mmpbsa却可正常运行。
      请教各位老师,此则报错的原因,是否我的操作存在不当?

作者
Author:
CCCCCC921    时间: 2023-9-21 20:42
您好,请问这个问题您解决了吗,能否分享一下解决办法
作者
Author:
ccyyxx    时间: 2023-9-26 02:14
CCCCCC921 发表于 2023-9-21 20:42
您好,请问这个问题您解决了吗,能否分享一下解决办法

您好,我还没能解决




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