标题: 求助:gmx_mmpbsa计算结合能报错问题ParameterError('Not all angle parameters found [打印本页] 作者Author: ccyyxx 时间: 2023-9-19 00:34 标题: 求助:gmx_mmpbsa计算结合能报错问题ParameterError('Not all angle parameters found 各位老师好:
初学分子动力学模拟,利用 gmx_mmpbsa程序计算蛋白配体复合物的结合能时,
在将mmpbsa.in,amber14sb力场文件包(该模拟所选力场),md模拟产生文件(包括topol.top及其中涉及.itp文件)均拷贝至工作目录,进行周期性校正,轨迹采样后,运行:mpirun -np 4 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct trj_5-10ns.xtc -cp topol.top -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv 结果出现了以下报错信息:
ParameterError: Not all angle parameters found
Error occurred on rank 0.
Exiting. All files have been retained.
Abort(1) on node 0 (rank 0 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0