计算化学公社

标题: 关于计算体系中不同离子的水合作用问题 [打印本页]

作者
Author: LHY1999LHY 时间: 2023-9-19 10:27
标题: 关于计算体系中不同离子的水合作用问题
大家好，最近使用GROMACS进行计算，体系中有水、A离子、B离子，想要比较A、B两离子水合作用的强弱，将三种组分分为三组，然后计算组间相互作用，再将得到的数值除以分子对数之后进行比较，这种方法合理吗？如果不合理，有没有其他更好的方法？谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-20 03:51
这种问题一般是算离子的溶解自由能来体现，粗糙的有GBSA、PBSA，如下文所说，更准确可以跑TI/FEP
谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型
http://sobereva.com/42

作者
Author: LHY1999LHY 时间: 2023-9-20 08:31

sobereva 发表于 2023-9-20 03:51
这种问题一般是算离子的溶解自由能来体现，粗糙的有GBSA、PBSA，如下文所说，更准确可以跑TI/FEP
谈谈分子 ...

好的，谢谢老师

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