计算化学公社

标题: 求助：sobtop生成的gro文件有问题 [打印本页]

作者
Author: liu19950830 时间: 2023-9-19 11:29
标题: 求助：sobtop生成的gro文件有问题
本帖最后由 liu19950830 于 2023-9-20 13:56 编辑

我先是通过vmd把晶体结构中的配体保存为fpp_5iko.pdb,然后通过GaussView打开自动加氢，保存为gjf文件进行优化。拿优化后得到的fchk文件通过multiwfn拟合了RESP电荷,
步骤：
7 //布局分析与原子点和计算
18 //RESP模块
1 //计算标准RESP电荷

我按下图1的步骤生成配体的拓扑，通过可视化软件观察到生成gro文件时有问题，即gaussian_fpp_5iko_h.gro文件打开不在蛋白口袋内，mol2也是用GaussView保存配体gaussian_fpp_5iko_h.mol2文件,看了一下mol2文件是在蛋白口袋内的。 (, 下载次数 Times of downloads: 0) Gaussian_fpp_5iko.pdb文件作为输入得到的gro文件在蛋白口袋内，但是原子类型对应不上得到的拓扑文件。想问下通过mol2得到的gro文件不在蛋白口袋内，问题出在什么地方。
(, 下载次数 Times of downloads: 29)
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下面是pdb结构得到的gro文件 (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-20 09:05
那叫GaussView

"保存为fpp_5iko.mol2文件通过multiwfn拟合电荷"莫名其妙。说清楚什么电荷。如果是拟合RESP电荷，输入文件显然不能用mol2，根本没有波函数信息

别让别人猜sobtop出现的问题是什么。仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: liu19950830 时间: 2023-9-20 11:51

sobereva 发表于 2023-9-20 09:05
那叫GaussView

"保存为fpp_5iko.mol2文件通过multiwfn拟合电荷"莫名其妙。说清楚什么电荷。如果是拟合RE ...

不好意思sob老师，我可能措辞有问题，已经修改了描述

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-21 06:52

liu19950830 发表于 2023-9-20 11:51
不好意思sob老师，我可能措辞有问题，已经修改了描述

你具体用的哪个文件作为sobtop的输入文件？
如果这个文件是经历过Gaussian计算的，由于Gaussian计算过程中会自动把体系摆到标准朝向下，因此坐标会发生明显变化。除非加了nosymm以避免这种处理。见下文
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html）

Multiwfn和sobtop本身不会对载入的文件里的结构做任何变化。搞清楚机制自然能弄清楚怎么回事。

作者
Author: liu19950830 时间: 2023-9-21 09:18
本帖最后由 liu19950830 于 2023-9-21 09:31 编辑

sobereva 发表于 2023-9-21 06:52
你具体用的哪个文件作为sobtop的输入文件？
如果这个文件是经历过Gaussian计算的，由于Gaussian计算过程 ...

我用的是晶体结构pdb文件保存的mol2文件作为Sobtop的输入文件。我用了多个可视化软件（DiscoveryStudio, pymol, gaussian)从pdb文件中保存配体mol2多个文件作为Sobtop的输入尝试，观察了mol2文件都是在蛋白口袋内。发现如果操作：
启动Sobtop，输入ligand.mol2文件；
2 //产生GEOMACS的.gro文件。得到的gro文件就会在蛋白口袋内。

但是如果我操作：
启动Sobtop，然后依次输入ligand.mol2
7  //指定原子电荷
10  //从Multiwfn的chg文件中读取原子电荷
ligand.chg
0  //返回
2  //产生GROMACS的.gro文件。得到的gro文件就不会在蛋白活性口袋内，而是跑到蛋白外面。

想请教一下出现这种情况的原因。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-22 02:46

liu19950830 发表于 2023-9-21 09:18
我用的是晶体结构pdb文件保存的mol2文件作为Sobtop的输入文件。我用了多个可视化软件（DiscoveryStudio, ...

把mol2里的坐标替换到chg里

chg的坐标来自于Gaussian计算得到的fch文件，没写nosymm自然里面的坐标是被平移旋转后的

作者
Author: liu19950830 时间: 2023-9-22 13:46

sobereva 发表于 2023-9-22 02:46
把mol2里的坐标替换到chg里

chg的坐标来自于Gaussian计算得到的fch文件，没写nosymm自然里面的坐标是 ...

非常感谢,明白怎么回事了。

作者
Author: liu19950830 时间: 2023-10-13 15:08
本帖最后由 liu19950830 于 2023-10-13 15:10 编辑

sobereva 发表于 2023-9-22 02:46
把mol2里的坐标替换到chg里

chg的坐标来自于Gaussian计算得到的fch文件，没写nosymm自然里面的坐标是 ...

sobl老师，我添加了关键词nosymm后再进行了优化。将来自于Gaussian计算得到的fchk文件通过gaussain view保存为mol2文件，但是和初始的gjf文件三位坐标有微小差别，请问您可以用fchk文件保存的mol2文件作为sobtop的输入文件生成拓扑吗？因为底物的构象我是通过对接保存的，我不知道优化后的构象因为变了会不会引起模拟的不准确性。是否我还是需要拿未有优化的初始结构生成拓扑呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-13 16:07

liu19950830 发表于 2023-10-13 15:08
sobl老师，我添加了关键词nosymm后再进行了优化。将来自于Gaussian计算得到的fchk文件通过gaussain view ...

那叫GaussView

你做了优化当然和初始坐标会有差异，fchk文件里存的是优化完的坐标的

如果没有特殊情况，用fchk里的坐标就完了

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-9-26 17:15

sobereva 发表于 2023-10-13 16:07
那叫GaussView

你做了优化当然和初始坐标会有差异，fchk文件里存的是优化完的坐标的

sob老师，fchk文件里存的是优化完的坐标，请问我是否可以用gaussview将fchk转化为pdb文件，用该pdb文件去进行packmol建模用于后续模拟？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-26 23:08

xishaofan 发表于 2024-9-26 17:15
sob老师，fchk文件里存的是优化完的坐标，请问我是否可以用gaussview将fchk转化为pdb文件，用该pdb文件去 ...

可以

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-9-27 15:39

sobereva 发表于 2024-9-26 23:08
可以

谢谢sob老师回复

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