计算化学公社

标题: 有关利用Sobtop生成过渡金属蛋白拓扑的问题 [打印本页]

作者
Author: pupukoNANA 时间: 2023-9-19 15:26
标题: 有关利用Sobtop生成过渡金属蛋白拓扑的问题
本帖最后由 pupukoNANA 于 2023-9-20 12:20 编辑

前贴见：如何进行金属酶与底物和金属离子（过渡金属）的模拟？
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=39051&fromuid=51838

方法参考：http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ7

当前已经完成：利用sobtop对锰离子及配位残基拓扑文件的生成
(, 下载次数 Times of downloads: 33) (, 下载次数 Times of downloads: 25)
（对于Gaussian我完全是小白，若有不当请指出，感谢）
恕学生愚昧，对于生成拓扑之后的工作反复看了试了几天还是没搞成，主要有以下几个问题

1、“然后，用Sobtop对铁硫簇部分产生参数为空的itp文件。”
在我的体系里面，是指单独对锰离子生成拓扑吗？

2、“之后，用pdb2gmx对纯蛋白质部分产生[ moleculetype ]，将之和铁硫簇部分的[ moleculetype ]都引入主top里”
其中：“纯蛋白部分”指的是否是簇模型中的蛋白部分？ “主top”是否是全金属蛋白的纯蛋白部分经过pdb2gmx得到的拓扑？

3、“然后在top里加入[ intermolecular_interactions ]字段、、、、、、、”
该步前提是否是：在全纯蛋白生成拓扑之后，对其gro文件手动添加金属离子

GROMACS reminds you: "Focus on science, sublimate youself." (Rick Sanchez)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-20 03:29
没有叫soptop的东西
关键词只能写opt freq，不能写opt-freq
去掉所有(PDBName...)部分

你的当前情况远比FAQ7说的铁硫簇的情况简单，直接通过[ intermolecular_interactions ]字段给蛋白质和Mn离子这两个[moleculetype]之间加上成键相关的项就完了，其中参数来自于你当前的簇模型用sobtop基于Hessian计算出来的

作者
Author: pupukoNANA 时间: 2023-9-20 12:24
本帖最后由 pupukoNANA 于 2023-9-20 23:27 编辑

sobereva 发表于 2023-9-20 03:29
没有叫soptop的东西
关键词只能写opt freq，不能写opt-freq
去掉所有(PDBName...)部分

感谢sob老师的回答。
已经改正帖子中错误的拼写。

作者
Author: pupukoNANA 时间: 2023-9-20 23:48

sobereva 发表于 2023-9-20 03:29
没有叫soptop的东西
关键词只能写opt freq，不能写opt-freq
去掉所有(PDBName...)部分

抱歉再次打扰老师

[ intermolecular_interactions ]字段参数已经修改完。 (, 下载次数 Times of downloads: 50)
我经过多次尝试，拓扑文件的设置总是不对，报错：Invalid order for directive intermolecular_interactions. 请问这个错误的原因和有效的解决方案。
此外，学生不清楚“将之和铁硫簇部分的[ moleculetype ]都引入主top”里，“引入”的具体做法为何。请问是直接在主拓扑里写[ moleculetype ]，又或还需要其它文件？
希望老师不吝赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-21 01:35

pupukoNANA 发表于 2023-9-20 23:48
抱歉再次打扰老师

.txt里的内容没插入到top里合适的地方。没完整文件没法说

把itp include进去，或者直接把内容拷到top文件里，二者等价

作者
Author: pupukoNANA 时间: 2023-9-21 08:45
本帖最后由 pupukoNANA 于 2023-9-21 20:04 编辑

sobereva 发表于 2023-9-21 01:35
.txt里的内容没插入到top里合适的地方。没完整文件没法说

把itp include进去，或者直接把内容拷到top ...

感谢老师百忙之中抽空回复学生的问题

已经从gmx官网手册了解到，[size=15.008px][ intermolecular_interactions ]字段需放在拓扑文件最后

作者
Author: 1009836241 时间: 2023-12-26 22:10

pupukoNANA 发表于 2023-9-21 08:45
感谢老师百忙之中抽空回复学生的问题

已经从gmx官网手册了解到，[ intermolecular_interactions ]字段 ...

你好可以看一下你的top文件怎么设置的吗？

作者
Author: znjnancy 时间: 2023-12-28 06:52

pupukoNANA 发表于 2023-9-21 08:45
感谢老师百忙之中抽空回复学生的问题

已经从gmx官网手册了解到，[ intermolecular_interactions ]字段 ...

能把你成功的top文件和itp文件发上来参考一下吗？需要为gro文件添加金属离子吗

作者
Author: wang011127 时间: 2025-8-30 02:41

sobereva 发表于 2023-9-20 03:29
没有叫soptop的东西
关键词只能写opt freq，不能写opt-freq
去掉所有(PDBName...)部分

老师，我有一个小问题，我用簇模型用高斯去计算酶中心（又一个锌离子和三个与之配位的氨基酸），我的初始结构使用的af3预测的蛋白和锌离子的复合物结构，截取锌离子周围5A的几个残基进行了opt freq计算，计算后的结构和初始结构发生了一定的变化，那么请问老师我是应该将这些计算后的氨基酸的构象替换初始预测的结构的构象吗？如果不是这么做的话又如何通过[ intermolecular_interactions ]字段给蛋白质和锌离子这两个[moleculetype]之间加上成键相关的项呢？感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-30 05:20

wang011127 发表于 2025-8-30 02:41
老师，我有一个小问题，我用簇模型用高斯去计算酶中心（又一个锌离子和三个与之配位的氨基酸），我的初始 ...

AF3直接给你预测的当然没有优化之后的准确，自然不应该用“初始预测的结构的构象”

作者
Author: wang011127 时间: 2025-8-30 22:46

sobereva 发表于 2025-8-30 05:20
AF3直接给你预测的当然没有优化之后的准确，自然不应该用“初始预测的结构的构象”

明白了，感谢！那么请问如何将优化后的簇和原来的蛋白“拼”在一起呢？需要用sobtop对簇生成拓扑然后替换到原蛋白中的残基的拓扑吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-31 07:49

wang011127 发表于 2025-8-30 22:46
明白了，感谢！那么请问如何将优化后的簇和原来的蛋白“拼”在一起呢？需要用sobtop对簇生成拓扑然后替换 ...

根本就不需要拼结构
本来动力学跑起来之后结构该怎么变就怎么变，初始结构并不重要
配体部分的拓扑信息用sobtop产生的

作者
Author: wang011127 时间: 2025-8-31 12:38

sobereva 发表于 2025-8-31 07:49
根本就不需要拼结构
本来动力学跑起来之后结构该怎么变就怎么变，初始结构并不重要
配体部分的拓扑信息 ...

感谢回复！我再理解了一下，相当于是我对于和锌离子成键的几个氨基酸在原蛋白里加一些 intermolecular_interactions，参数利用sobtop获得，这个参数包括键长（是否包括键角和二面角以及我是否应该添加键角和二面角的信息？），从而用于限制残基和锌离子的配位形态和距离。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-1 07:05

wang011127 发表于 2025-8-31 12:38
感谢回复！我再理解了一下，相当于是我对于和锌离子成键的几个氨基酸在原蛋白里加一些 intermolecular_in ...

此字段里加入[bonds]、[angles]项，平衡键长、键角用优化完的结构的，力常数随便猜一个足够大的就完了

作者
Author: 小老弟 时间: 2025-12-12 12:35

wang011127 发表于 2025-8-30 02:41
老师，我有一个小问题，我用簇模型用高斯去计算酶中心（又一个锌离子和三个与之配位的氨基酸），我的初始 ...

大佬，您好，我是一个刚刚接触这方面的小白，也在做锌指蛋白，请问能否求下您做分析时的gif文件、top和itp文件呢？

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