计算化学公社

标题: 求助，实验中的蛋白质浓度在分子动力学计算中该如何设置呢 [打印本页]

作者
Author: qingqingdong 时间: 2023-9-19 16:30
标题: 求助，实验中的蛋白质浓度在分子动力学计算中该如何设置呢
各位老师，我课题组老师希望我将计算与实验相结合，不同浓度蛋白质的实验结果做成一个曲线图，相对应的在计算中也做一个曲线图，看是否能对上
问题是：在实验中的蛋白质溶液都是不同浓度的，而在计算中通常都是单个蛋白质-配体计算，我想问在实验中的不同浓度在计算中是如何体现的呢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-9-19 17:03
首先把蛋白浓度换算成蛋白分子和水分子的摩尔比，假设是1:N。然后根据实验结果、理论推测和文献先例确定这个体系里是否涉及蛋白-蛋白相互作用。
如果不涉及：每个周期性盒子里放一个蛋白和N个水分子，照常做NVT、NPT平衡即可。
如果涉及：每个周期性盒子里放M个蛋白（M是大于1且不太大的整数）和M*N个水分子，做NVT、NPT平衡即可，但因为涉及蛋白-蛋白相互作用，可能需要平衡的时间比较久

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-20 03:22
假设蛋白质相互作用导致的特殊效应在浓度很低的情况下也能在实验上探测到，也可以直接跑两个或多个蛋白构成的水盒子模型，一开始把蛋白质彼此间摆得比较近，从而考察蛋白质偶然接触时出现的情况。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)