计算化学公社

标题: 求助,mxene膜体系能量不收敛,后续nvt出错怎么解决? [打印本页]

作者
Author:
zyp1999    时间: 2023-9-19 17:06
标题: 求助,mxene膜体系能量不收敛,后续nvt出错怎么解决?
本帖最后由 zyp1999 于 2023-9-19 17:06 编辑

我做水溶液中离子穿过mxene膜的分子动力学模拟,先建了一块简单的模型试跑(mxene膜的上下铺了聚合物链),但是em能量收敛不到想要的值,然后就这这个em之后的结构跑nvt就出现了这个错:
Fatal error:
1 of the 18993 bonded interactions could not be calculated because some atoms
involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (0.623 nm)
or the two-body cut-off distance (1.246 nm), see option -rdd, for pairs and
tabulated bonds also see option -ddcheck


这是哪里参数的问题还是结构的问题,求大佬指点 (图片是em之前的gro文件和em.log,mdp和top文件附在后面)


作者
Author:
sobereva    时间: 2023-9-20 03:18
按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的排查思路,先跑单一部分,能成功再合在一起跑,反复检查总能搞明白导致报错的内在原因




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3