计算化学公社

标题: 计算异质结太耗时间了，有没有什么技巧 [打印本页]

作者
Author: wmg166 时间: 2023-9-21 10:13
标题: 计算异质结太耗时间了，有没有什么技巧
请教高手，用vasp计算异质结太耗时间了，尤其是100多个原子的体系， INPUT中添加 NPAR 或者 KPAR 也收效甚微。有没有什么技巧？

作者
Author: 乐平 时间: 2023-9-21 10:35
你目前的耗时大概是多少？什么信息都没有怎么讨论呢……
查看 VASP 计算的耗时命令如下：
grep LOOP OUTCAR

另外，KPAR，NPAR， NCORE 这些关键词不是随便加的，要根据你的体系来测试。如果随便设置不会起到任何效果。

先 grep NKP OUTCAR
看看你体系里的 k 点总数是多少，比如是 N 。然后设置 KPAR = a，这里一定要让 N / a 等于整数。也就是要让你体系里的 k 点总数能被 KPAR 设置的参数整除。否则不会加快计算速度。

然后，你需要知道你的计算节点有多少 CPU 物理核心，假设为 C.
那么你需要设置 NCORE = b，这里一定要保证 b * a = C。也就是说，你前面设置的 KPAR 的数值乘以 NCORE 设置的数值一定要等于 CPU 物理核心数。

当然，b * a 可能并不一定正好等于你的 CPU 物理核心数，这时候 b * a 的值小于 C 也是可以接受的。不过你需要在提交脚本里把 CPU 使用数修改为 b * a 的值。

至于 a, b 的数值具体是多少，或者它们之间的比例具体如何分配，需要你跑几步测试之后来比较耗时情况。

作者
Author: wmg166 时间: 2023-9-21 11:48

乐平发表于 2023-9-21 10:35
你目前的耗时大概是多少？什么信息都没有怎么讨论呢……
查看 VASP 计算的耗时命令如下：
grep LOOP OUT ...

谢谢大神指点。我的的是这样的：
$ grep NKP OUTCAR
k-points NKPTS = 96 k-points in BZ NKDIM = 96 number of bands NBANDS= 504

运行命令：mpirun -np 16 /opt/vasp/5.4.4/vasp_std > log

共 32核 CPU

INCAR 这样设的： NPAR = 4
KPAR = 2

作者
Author: 乐平 时间: 2023-9-22 09:47
本帖最后由乐平于 2023-9-22 09:48 编辑

wmg166 发表于 2023-9-21 11:48
谢谢大神指点。我的的是这样的：
$ grep NKP OUTCAR
k-points NKPTS = 96 k-point ...

32核为什么你只用 mpirun -np 16 ……

有 32 核就用 32 核呀，剩下 16 核浪费吗……

KPAR = 2 （意思是将你目前的 96 个 k 点，分成 2 组）
NCORE = 16 (相当于 16 x 2 = 32)

或者
KPAR = 4 （意思是将你目前的 96 个 k 点，分成 4 组）
NCORE = 8 (相当于 8 x 4 = 32)

以此类推，用这些组合跑几个离子步看看它们分别的耗时，用耗时最短的组合。

作者
Author: 汪杰 时间: 2024-10-21 19:19

乐平发表于 2023-9-22 09:47
32核为什么你只用 mpirun -np 16 ……

有 32 核就用 32 核呀，剩下 16 核浪费吗……

老师您好，我使用了您的建议，设置了KPAR=8,NCORE=12,一个用了96核心，为什么他回报错：
the old and the new charge density differ

作者
Author: 乐平 时间: 2024-10-23 11:53

汪杰发表于 2024-10-21 19:19
老师您好，我使用了您的建议，设置了KPAR=8,NCORE=12,一个用了96核心，为什么他回报错：
the old and th ...

the old and the new charge density differ

是电荷密度不一致，你应该不是只修改了并行条件，INCAR 里还修改了什么？

作者
Author: 汪杰 时间: 2024-10-23 12:24

乐平发表于 2024-10-23 11:53
是电荷密度不一致，你应该不是只修改了并行条件，INCAR 里还修改了什么？

就是正常的一些参数，只是增加了这两个参数，后来我把这两个的乘积改小了，就没有报错了

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