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标题: 求助：给体系升温后，为什么盒子角处的水没有了？ [打印本页]

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Author: 灵芝5 时间: 2023-9-21 12:25
标题: 求助：给体系升温后，为什么盒子角处的水没有了？
老师好，

我搭建了一个膜蛋白、小分子和POPC膜的复合物体系。之后对体系进行能量优化、升温和平衡。

但是升温之后，用ambpdb -p glp1r_pf_popc.prmtop < 02_heat.rst > 02_heat-2.pdb指令，生成Pdb文件。我发现体系盒子角周围的水分子都没有了，请问这个现象正常吗？如果不正常，请问是哪里导致的这个现象？

升温用的in文件和升温之后，用.rst生成的pdb文件在附件。

谢谢老师

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