计算化学公社

标题: 求助cif文件用Multiwfn转换成pdb格式后原子数少了 [打印本页]
作者
Author: hanlu    时间: 2023-9-21 16:04
标题: 求助cif文件用Multiwfn转换成pdb格式后原子数少了
将MS扩胞后的cif文件在Multiwfn转换成pdb格式，发现转换后pdb格式的文件原子少了39个，尝试很多次，还是少39个原子，求助各位大佬的帮助！！cif文件和Pdb文件在文件包里面，还有MS生成的mol2文件。
作者
Author: pal    时间: 2023-9-21 20:14
不都是30688个么
作者
Author: hanlu    时间: 2023-9-21 20:46
pal 发表于 2023-9-21 20:14
不都是30688个么

不是，MS里面保存的原子数是30727，也就是后面的39个金属原子没了
作者
Author: tsgyls    时间: 2023-9-21 21:31
我用openbabel转换的时候也少了最后的金属原子，可能是格式转换的通病？
或者你可以手动添加
作者
Author: hanlu    时间: 2023-9-21 22:00
tsgyls 发表于 2023-9-21 21:31
我用openbabel转换的时候也少了最后的金属原子，可能是格式转换的通病？
或者你可以手动添加

还有这种情况，谢谢，会不会有些金属原子的坐标是重复的，所以原子数目就多了，
作者
Author: sobereva    时间: 2023-9-21 22:25
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “格式文件的转换” 改了，以后务必注意
作者
Author: tsgyls    时间: 2023-9-21 22:27
hanlu 发表于 2023-9-21 22:00
还有这种情况，谢谢，会不会有些金属原子的坐标是重复的，所以原子数目就多了，

这个我不懂了，应该不会是坐标重复的问题
作者
Author: sobereva    时间: 2023-9-21 22:28
hanlu 发表于 2023-9-21 20:46
不是，MS里面保存的原子数是30727，也就是后面的39个金属原子没了

那是M$自己的事，跟Multiwfn没关系。cif文件里自己用文本编辑器打开就知道本来就只有30688个，VESTA载入cif后同样也是30688个
作者
Author: hanlu    时间: 2023-9-22 09:08
好的，谢谢社长
作者
Author: 0325-ddd    时间: 2024-2-3 15:26
hanlu 发表于 2023-9-22 09:08
好的，谢谢社长

您好，想请教一下怎么转化文件呢？
作者
Author: 乐平    时间: 2024-2-3 16:48
0325-ddd 发表于 2024-2-3 15:26
您好，想请教一下怎么转化文件呢？

用 Multiwfn 导入文件后会看到

  1. "q": Exit program gracefully          "r": Load a new file
  2.                     ************ Main function menu ************
  3. 0 Show molecular structure and view orbitals
  4. 1 Output all properties at a point       2 Topology analysis
  5. 3 Output and plot specific property in a line
  6. 4 Output and plot specific property in a plane
  7. 5 Output and plot specific property within a spatial region (calc. grid data)
  8. 6 Check & modify wavefunction
  9. 7 Population analysis and calculation of atomic charges
  10. 8 Orbital composition analysis           9 Bond order analysis
  11. 10 Plot total DOS, partial DOS, OPDOS, local DOS and photoelectron spectrum
  12. 11 Plot IR/Raman/UV-Vis/ECD/VCD/ROA/NMR spectrum
  13. 12 Quantitative analysis of molecular surface
  14. 13 Process grid data (No grid data is presented currently)
  15. 14 Adaptive natural density partitioning (AdNDP) analysis
  16. 15 Fuzzy atomic space analysis
  17. 16 Charge decomposition analysis (CDA) and plot orbital interaction diagram
  18. 17 Basin analysis                       18 Electron excitation analysis
  19. 19 Orbital localization analysis        20 Visual study of weak interaction
  20. 21 Energy decomposition analysis        22 Conceptual DFT (CDFT) analysis
  21. 23 ETS-NOCV analysis                    24 (Hyper)polarizability analysis
  22. 25 Electron delocalization and aromaticity analyses
  23. 100 Other functions (Part 1)            200 Other functions (Part 2)
  24. 300 Other functions (Part 3)
复制代码


输入 100 后会看到
  1.                ============ Other functions (Part 1) ============
  2. 0 Return
  3. 1 Draw scatter graph between two functions and generate their cube files
  4. 2 Export various files (mwfn/pdb/xyz/wfn/wfx/molden/fch/47/mkl...) or generate input file of quantum chemistry programs 3 Calculate molecular van der Waals Volume
  5. 4 Integrate a function in whole space
  6. 5 Show overlap integral between alpha and beta orbitals
  7. 6 Monitor SCF convergence process of Gaussian
  8. 8 Generate Gaussian input file with initial guess from fragment wavefunctions
  9. 9 Evaluate interatomic connectivity and atomic coordination number
  10. 11 Calculate overlap and centroid distance between two orbitals
  11. 12 Biorthogonalization between alpha and beta orbitals
  12. 13 Calculate HOMA and Bird aromaticity index
  13. 14 Calculate LOLIPOP (LOL Integrated Pi Over Plane)
  14. 15 Calculate intermolecular orbital overlap
  15. 17 Generate Fock/KS matrix based on orbital energies and coefficients
  16. 18 Yoshizawa's electron transport route analysis
  17. 19 Generate new wavefunction by combining fragment wavefunctions
  18. 20 Calculate Hellmann-Feynman forces
  19. 21 Calculate properties based on geometry information for specific atoms
  20. 22 Detect pi orbitals, set occupation numbers and calculate pi composition
  21. 23 Fit function distribution to atomic value
  22. 24 Obtain NICS_ZZ value for non-planar or tilted system
复制代码


输入 2 后会看到
  1. 0 Return
  2.                  Export system to various formats of files:
  3. 1 Output current structure to .pdb file
  4. 2 Output current structure to .xyz file
  5. 3 Output current structure and atomic charges to .chg file
  6. 4 Output current wavefunction as .wfx file
  7. 5 Output current wavefunction as .wfn file
  8. 6 Output current wavefunction as Molden input file (.molden)
  9. 7 Output current wavefunction as .fch file
  10. 8 Output current wavefunction as .47 file
  11. 9 Output current wavefunction as old Molekel input file (.mkl)
  12. 31 Output current structure to .cml file
  13. 32 Output current wavefunction as .mwfn file
  14.               Generate input file of quantum chemistry codes:
  15. 10 Gaussian (with/without initial guess of wavefunction)
  16. 11 GAMESS-US (with/without initial guess of wavefunction)
  17. 12 ORCA         13 NWChem       14 MOPAC
  18. 15 PSI4         16 MRCC         17 CFOUR
  19. 18 Molpro       19 Dalton       20 Molcas
  20. 21 Q-Chem
  21. 25 CP2K         26 Quantum ESPRESSO      27 VASP (POSCAR)
复制代码


然后，你想转换（或者产生）什么格式的文件，就输入对应的编号
作者
Author: 0325-ddd    时间: 2024-2-3 18:08
乐平 发表于 2024-2-3 16:48
用 Multiwfn 导入文件后会看到

好的非常感谢，我用gview转化的文件，跑的时候报错，我再试一下您的方法



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