计算化学公社

标题: 构建一个全原子的脂质双层膜，要求脂膜的X与Y尺寸不能相等，有什么方法？ [打印本页]

作者
Author: Yaozhi_Yang 时间: 2023-9-21 20:57
标题: 构建一个全原子的脂质双层膜，要求脂膜的X与Y尺寸不能相等，有什么方法？
大家好，
我想构建一个全原子的脂质双层膜，要求脂膜的X与Y尺寸不能相等，请问有什么方法可以构建？
谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-21 22:11
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “磷脂双层膜构建” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

当前问题没体现出与GROMACS有任何直接联系，不要选GROMACS分类。这次给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-21 22:14
用诸如下文的方法照常构建X和Y相同的，然后用VMD的选择语句恰当切割、相应地修改盒子XY尺寸就完了
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

要么在GROMACS里用mdp里的deform强制要求盒子Y方向尺寸逐渐变形到期望的长度，而在X方向考虑控压允许长度自发调节

作者
Author: Yaozhi_Yang 时间: 2023-9-22 22:36

sobereva 发表于 2023-9-21 22:11
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，明白了！

作者
Author: Yaozhi_Yang 时间: 2023-9-22 22:39

sobereva 发表于 2023-9-21 22:14
用诸如下文的方法照常构建X和Y相同的，然后用VMD的选择语句恰当切割、相应地修改盒子XY尺寸就完了
生成混 ...

请问在GROMACS里强制Y方向盒子尺寸逐渐变形该怎么设置呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-23 05:39

Yaozhi_Yang 发表于 2023-9-22 22:39
请问在GROMACS里强制Y方向盒子尺寸逐渐变形该怎么设置呢？

用deform，设置by为你期望的Y方向变形速度即可

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作者
Author: Yaozhi_Yang 时间: 2023-9-24 22:10

sobereva 发表于 2023-9-23 05:39
用deform，设置by为你期望的Y方向变形速度即可

谢谢！

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