计算化学公社

标题: VMD如何获得每一帧的盒子大小 [打印本页]
作者
Author: danyj    时间: 2023-9-22 14:39
标题: VMD如何获得每一帧的盒子大小
如题，计算需要涉及到获得每一帧的盒子尺寸，发现不能像原子选择一样直接"pbc get frame $i"，应该如何实现呢
作者
Author: lucky1999    时间: 2023-9-22 16:25
可以通过molinfo top get { a b c }得到某一帧盒子的大小信息。通过molinfo top set frame [帧数]切换不同的帧。
作者
Author: 对抗路达摩    时间: 2023-9-22 17:43
我不会用VMD读取，但如果你愿意用python的MDAnalysis的话，只需要直接读取u.dimensions就行。u是你的universe。
作者
Author: 对抗路达摩    时间: 2023-9-22 17:47
  1. import MDAnalysis as mda
  2. u = mda.Universe('md.tpr','md.xtc')
  3. for ts in u.trajectory:
  4.     box = u.dimensions
  5.     print(box)
复制代码


作者
Author: sobereva    时间: 2023-9-22 22:53
北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里正好有个我写的现成的VMD脚本可以干这个

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