计算化学公社

标题: amber力场描述electrwd.groups什么意思 [打印本页]

作者
Author: alystone 时间: 2016-9-3 20:32
标题: amber力场描述electrwd.groups什么意思
HC 1.008       0.135             H aliph. bond. to C without electrwd.group
H1 1.008       0.135             H aliph. bond. to C with 1 electrwd. group
H2 1.008       0.135             H aliph. bond. to C with 2 electrwd.groups
H3 1.008       0.135             H aliph. bond. to C with 3 eletrwd.groups
HA 1.008       0.167             H arom. bond. to C without elctrwd. groups
H4 1.008       0.167             H arom. bond. to C with 1 electrwd. group
H5 1.008       0.167             H arom.at C with 2 elctrwd. gr,+HCOO group
请问在amber力场描述中的electrwd.groups什么意思  我是吡啶上的H  我该选择哪一个

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-3 23:44
就是electron-withdraw group，拉电子基团
对于N的邻位H，由于N是拉电子的，所以H4。其它都是HA。
如果不会判断，在gview里画好结构，然后进入原子列表编辑器查看自动判断的Amber力场原子类型

作者
Author: alystone 时间: 2016-9-4 10:02

sobereva 发表于 2016-9-3 23:44
就是electron-withdraw group，拉电子基团
对于N的邻位H，由于N是拉电子的，所以H4。其它都是HA。
如果不 ...

谢谢sob老师的回答，很顺利的解决了我的问题。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)