计算化学公社

标题: Snapshots of BOMD simulation绘图求助 [打印本页]

作者
Author: liuhe 时间: 2023-9-23 20:32
标题: Snapshots of BOMD simulation绘图求助
各位高手，我遇到文献中的这种图(图中好像是动图，在特定时间截图)，也很想绘制出来，请问可以用什么软件绘制出来？谢谢大家
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-24 04:21
VMD是观看轨迹最常用的程序，诸如下文就用VMD看了ORCA跑BOMD的轨迹
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

如果你用Gaussian跑的BOMD，可以直接用GaussView看轨迹，也可以用下文的方法转成xyz轨迹然后用VMD看
GauMD2xyz：将Gaussian的从头算动力学轨迹转换为xyz轨迹的程序
http://sobereva.com/126

作者
Author: liuhe 时间: 2023-9-24 12:25

sobereva 发表于 2023-9-24 04:21
VMD是观看轨迹最常用的程序，诸如下文就用VMD看了ORCA跑BOMD的轨迹
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例 ...

可以的，多谢老师。还有一个问题，要用cp2k跑BOMD，也是可以转成xyz轨迹然后用VMD看吗吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-24 12:39

liuhe 发表于 2023-9-24 12:25
可以的，多谢老师。还有一个问题，要用cp2k跑BOMD，也是可以转成xyz轨迹然后用VMD看吗吗

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 10)

作者
Author: liuhe 时间: 2023-9-24 20:53

sobereva 发表于 2023-9-24 12:39
参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt：

...

谢谢社长，试出来了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)