计算化学公社

标题: 求助：用Multiwfn建立cp2k的结构优化输入文件后模型z方向高度减小了 [打印本页]

作者
Author: 卡卡西永恒 时间: 2023-9-24 20:01
标题: 求助：用Multiwfn建立cp2k的结构优化输入文件后模型z方向高度减小了
各位老师好，我使用Multiwfn建立了cp2k的结构优化输入文件，模型是γAl2O3(110)的slab模型，cif文件中z方向总长度为26.7219，但是inp文件中却成了21.44378789，这是为什么呀

具体设置为设置k点3,3,1，设置任务优化结构(晶胞尺寸不变)，设置XY周期性，设置色散校正DFT-D3(BJ)，固定下面两层原子，其他参数默认。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-25 01:42
Multiwfn创建二维周期性计算输入文件时Z方向尺寸自动设置成合适的值，保证真空区够大又避免浪费

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 27)

作者
Author: 123wo 时间: 2023-10-18 11:36
兄弟你这晶面构建出来的和文献基本上对不上，我怀疑是哪个地方需要调整，Digne模型直接切出来就是这种不合理的结构

作者
Author: 123wo 时间: 2023-10-18 14:28
“The crystallographic information file (CIF) for the unit cell model of Digne et al.65 was sourced from the template by Herráez, modified by Gutow.66 It is worth mentioning that the “[110]” and “[100]” terminations as described by Digne et al. are found at the [100] and [001] surfaces of their unit cell model, respectively. This is because the atomic lattice of the Digne et al. model is rotated by 45°, relative to a conventional face-centered-cubic (FCC) crystallographic unit cell. This rotation becomes apparent from the visual mismatch that occurs when attempting to find the [110] and [100] faces shown in literature diagrams19,21−24 at the corresponding conventional positions on the unit cell model.”Digne的默认模型对应的所谓（110）和(100)晶面实际上是它用（100）和（001）晶面切出来的，因为存在一个原子坐标相比原始的FCC晶胞旋转45度的问题，这个坑已经害了好多人了，从2015年就有人在各种论坛发问，下面的回复都没有解决。

作者
Author: 123wo 时间: 2023-10-18 14:29
所以你构建的模型是错误的

作者
Author: 卡卡西永恒 时间: 2023-10-20 01:07

123wo 发表于 2023-10-18 14:28
“The crystallographic information file (CIF) for the unit cell model of Digne et al.65 was sourced ...

嗯嗯，我也是后来才发现，我用MS切100面，就可以认为是γAl2O3的110面了吧，还有您这段话是出自哪篇文章的呀

作者
Author: 123wo 时间: 2023-10-20 17:16

卡卡西永恒发表于 2023-10-20 01:07
嗯嗯，我也是后来才发现，我用MS切100面，就可以认为是γAl2O3的110面了吧，还有您这段话是出自哪篇文章 ...

不用说您，你等级比我高

，是这篇：Hydration Structures on γ‑Alumina Surfaces With and Without
Electrolytes Probed by Atomistic Molecular Dynamics Simulations。希望对你有帮助

作者
Author: ultramanm87 时间: 2024-2-3 13:33

sobereva 发表于 2023-9-25 01:42
Multiwfn创建二维周期性计算输入文件时Z方向尺寸自动设置成合适的值，保证真空区够大又避免浪费

参考北 ...

请问sob老师，原先晶胞为
   A 14.40500000    0.00000000    0.00000000
   B -7.30603977 12.54799517    0.00000000
   C    -9.430913    1.129366       33.375767
设置XY周期性后变为：
   A 14.40500000    0.00000000    0.00000000
   B -7.30603977 12.54799517    0.00000000
   C    0.00000000    0.00000000 27.60477148
是对夹角也做了变换吗吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-3 15:20

ultramanm87 发表于 2024-2-3 13:33
请问sob老师，原先晶胞为
   A 14.40500000    0.00000000    0.00000000
   B -7. ...

Multiwfn用二维周期性时会直接令c方向平行于z来定义盒子

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