计算化学公社

标题: 求助gmx_MMPBSA适用的力场 [打印本页]

作者
Author: CCCCCC921 时间: 2023-9-24 23:53
标题: 求助gmx_MMPBSA适用的力场
求问gmx_MMPBSA是否适用于Charmm+GAFF蛋白+配体的动力学模拟结果计算，配体使用Multiwfn+ORCA+sobtop计算，蛋白力场为charmm36_ljpme-jul2021.ff

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2023-9-25 01:03
一般Charmm要和CGenff一起用。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-25 01:37
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “mx_MMPBSA适用力场” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-25 01:38
“Charmm+GAFF蛋白+配体” 语义不明
GAFF又不是用于描述蛋白的

如果你指CHARMM用于蛋白、GAFF用于配体，完全不兼容，没有任何理由配体用GAFF时蛋白不用AMBER

作者
Author: CCCCCC921 时间: 2023-9-25 10:21

DwyaneWan 发表于 2023-9-25 01:03
一般Charmm要和CGenff一起用。

好的，感谢指点

作者
Author: CCCCCC921 时间: 2023-9-25 10:24
本帖最后由 CCCCCC921 于 2023-9-25 15:25 编辑

sobereva 发表于 2023-9-25 01:38
“Charmm+GAFF蛋白+配体” 语义不明
GAFF又不是用于描述蛋白的

谢谢老师，我的受体是蛋白，请问有推荐的Amber力场版本吗，以便于后续可以成功进行gmx_MMPBSA分析，我看有很多种，不是很D:\postgraduate\云端文件下载过渡文件夹\微信图片_20230925093559.png确定

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-25 11:19

CCCCCC921 发表于 2023-9-25 10:24
谢谢老师，我的受体是蛋白，请问有推荐的Amber力场版本吗，以便于后续可以成功进行gmx_MMPBSA分析，我看 ...

上传图片方式不对，仔细看置顶的社员必读贴

对于GROMACS用户，建议AMBER14SB

作者
Author: CCCCCC921 时间: 2023-9-25 15:26

sobereva 发表于 2023-9-25 11:19
上传图片方式不对，仔细看置顶的社员必读贴

对于GROMACS用户，建议AMBER14SB

好的，谢谢老师

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