计算化学公社

标题: 使用newton-x结合gaussian09做动力学模拟出错 [打印本页]

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Author: 旺旺雪饼 时间: 2016-9-4 17:29
标题: 使用newton-x结合gaussian09做动力学模拟出错
各位坛友，使用newton-x结合gaussian09做激发态动力学模拟，生成trajectories后，在TRAJ1中运行$NX/moldyn.pl > moldyn.log & 这个命令，计算了一段时间后出错，错误信息见下图，麻烦有经验的社友指点一下该如何解决？？？（分子构型，方法和基组都是和教程里一样的）Etot_drift是什么意思？？怎么增加Etot_drift？？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-6 00:44
我没亲自用过这程序，Etot_drift应当是模拟过程中总能量变化，太大的话说明模拟过程中体系能量保守性差，可能有问题。

手册里应该有讲怎么改这参数。

提示里也给出了解决方法，要么增大这个值，要么减小模拟步长（这可以让能量保守型更好）。也可能计算级别选得不合理所致。

作者
Author: 旺旺雪饼 时间: 2016-9-6 21:59

sobereva 发表于 2016-9-6 00:44
我没亲自用过这程序，Etot_drift应当是模拟过程中总能量变化，太大的话说明模拟过程中体系能量保守性差，可 ...

减小模拟步长我已经试过了，还是一样的错误。

计算级别已经足够了，跟手册要求的一样，结构是噻吩环，用的wb97xd/6-31g*

Etot_drift这个东西手册里也没有说怎么改，设置里也没提到，所以才不知道怎么整。

老师您认识用过这个软件的大神不？？我想请教一下

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-7 05:40

旺旺雪饼发表于 2016-9-6 21:59
减小模拟步长我已经试过了，还是一样的错误。

计算级别已经足够了，跟手册要求的一样，结构是噻吩环， ...

这属于小众向程序，小众向程序建议直接问作者

作者
Author: 旺旺雪饼 时间: 2016-9-7 09:27

sobereva 发表于 2016-9-7 05:40
这属于小众向程序，小众向程序建议直接问作者

给作者发过好多次邮件了，从没收到过回复。。。。。

作者
Author: 遗忘爱神 时间: 2016-10-5 16:50
运行$NX/moldyn.pl > moldyn.log &根本没有反应是什么原因呢？

作者
Author: 旺旺雪饼 时间: 2016-10-8 17:39

遗忘爱神发表于 2016-10-5 16:50
运行$NX/moldyn.pl > moldyn.log &根本没有反应是什么原因呢？

可能trajectories生成有问题，你得到的trajectories文件跟教程里的一样吗？

作者
Author: 遗忘爱神 时间: 2016-10-8 20:15

旺旺雪饼发表于 2016-10-8 17:39
可能trajectories生成有问题，你得到的trajectories文件跟教程里的一样吗？

不一样啊，我只能得到19个文件，根本得不到教程说的190多。

作者
Author: 旺旺雪饼 时间: 2016-10-8 22:11

遗忘爱神发表于 2016-10-8 20:15
不一样啊，我只能得到19个文件，根本得不到教程说的190多。

我也只得到了三十多个，只要文件里面的东西跟教程一样就行

作者
Author: 遗忘爱神 时间: 2016-10-8 23:30

旺旺雪饼发表于 2016-10-8 22:11
我也只得到了三十多个，只要文件里面的东西跟教程一样就行

但是教程中提出来的问题（Etot_drift和步长），你最后是怎么解决的呢？

作者
Author: 旺旺雪饼 时间: 2016-10-9 08:41

遗忘爱神发表于 2016-10-8 23:30
但是教程中提出来的问题（Etot_drift和步长），你最后是怎么解决的呢？

减小dt，增加Etot_drift都试了，没能解决，现在还不知道为什么

作者
Author: Amiswen 时间: 2018-6-21 15:00
最终解决了吗，也遇到了这个问题

作者
Author: 旺旺雪饼 时间: 2018-7-8 14:52

Amiswen 发表于 2018-6-21 15:00
最终解决了吗，也遇到了这个问题

最终应该是解决了，但是时间太久了，记不清怎么解决的了。

作者
Author: Amiswen 时间: 2018-7-10 21:26

旺旺雪饼发表于 2018-7-8 14:52
最终应该是解决了，但是时间太久了，记不清怎么解决的了。

我遇到同样的问题，还没解决呢，尝试了1和3，Etot_drift不知道怎么去改

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Author: archer 时间: 2021-1-17 20:15

Amiswen 发表于 2018-7-10 21:26
我遇到同样的问题，还没解决呢，尝试了1和3，Etot_drift不知道怎么去改

在TRAJXX路径下的control.dyn加入Etot_drift参数，默认值为0.5 eV，具体可含义查看官方的document:
ETOT_JUMP
= [0.5]
Kill trajectory if total energy deviate more than ETOT_JUMP eV in one time step.
ETOT_DRIFT
= [0.5]
Kill trajectory if total energy deviate more than ETOT_DRIFT (eV) in comparison to the value in t = 0.

作者
Author: archer 时间: 2021-1-17 20:16

旺旺雪饼发表于 2018-7-8 14:52
最终应该是解决了，但是时间太久了，记不清怎么解决的了。

tutorial里有写，前10条轨迹都会报错
In this case study, all the 10 trajectories finished in error.

作者
Author: yuehua 时间: 2021-11-19 19:56
请问具体的解决方法是什么？我也遇到了同样的问题，改了步长和ETOT，结构也没什么问题就是出现的错误还是一样的

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