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标题: 使用pdb2gmx命令后，pdb和gro文件中的原子数不同 [打印本页]

作者
Author: moni0823 时间: 2023-9-25 16:13
标题: 使用pdb2gmx命令后，pdb和gro文件中的原子数不同
各位老师同学好，我构建了一个肽链，然后想对其进行水溶液中的构象模拟，在使用pdb2gxm产生拓扑文件的过程中，我发现pdb文件和gro文件中的原子数不一样，gro中多了一个原子。下面是其结构文件，想问一下是什么导致了这种情况，是一开始构建的肽链就有问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-26 03:11
pdb2gmx会自动根据力场目录下的hdb、n.tdb、c.tdb文件补氢、对末端残基修改质子化状态和补缺的重原子。搞清楚pdb2gmx的处理机制自然就明白了

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

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作者
Author: moni0823 时间: 2023-9-26 09:45

sobereva 发表于 2023-9-26 03:11
pdb2gmx会自动根据力场目录下的hdb、n.tdb、c.tdb文件补氢、对末端残基修改质子化状态和补缺的重原子。搞清 ...

谢谢sob老师的回答。

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