计算化学公社

标题: Martni力场官网文件没有要使用的离子或物质参数 [打印本页]

作者
Author: LNN 时间: 2023-9-27 23:25
标题: Martni力场官网文件没有要使用的离子或物质参数
老师好，最近刚开始接触分子动力学模拟，有问题请教。最近使用martini力场做磷脂膜的模拟，需要向其中加入比如MgCl2、蔗糖等，但是martini官网离子力场文件中没有镁离子，也没有martini力场下的蔗糖文件，这种情况是需要自己构建吗，还是有什么其他方法，谢谢老师及各位！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-9-28 01:53
Martni3力场的原文Nat. Methods 2021, 18, 382里明明写了Mg离子用2个正电荷的TD珠子
(, 下载次数 Times of downloads: 45)

J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3195里面也明明白白告诉你了蔗糖的各个组分珠子怎么选
(, 下载次数 Times of downloads: 38)
以及怎么处理以及连接方式
(, 下载次数 Times of downloads: 37)
以及所有的成键参数
(, 下载次数 Times of downloads: 39)

真就不回去看一眼文献是吧

作者
Author: LNN 时间: 2023-9-28 10:30
谢谢老师，我也是刚刚进入这个方向，想请教一下这个文献是在哪里，后续也是依靠这个来创建力场文件的吗？
谢谢指教！

作者
Author: LNN 时间: 2023-9-28 10:34

喵星大佬发表于 2023-9-28 01:53
Martni3力场的原文Nat. Methods 2021, 18, 382里明明写了Mg离子用2个正电荷的TD珠子

谢谢老师，我找到了

作者
Author: LNN 时间: 2023-12-2 15:50

喵星大佬发表于 2023-9-28 01:53
Martni3力场的原文Nat. Methods 2021, 18, 382里明明写了Mg离子用2个正电荷的TD珠子

不好意思再次打扰您，我需要martini力场下的蔗糖gro或者pdb文件，我查看了这篇文献：Martini Coarse-Grained Force Field: Extension to Carbohydrates，想问这样的话蔗糖的gro或者pdb文件要自己写吗，但是文献没有坐标信息呀，或者我怎么获得蔗糖的gro或者pdb文件呢，请指教，非常感谢！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-12-2 16:49

LNN 发表于 2023-12-2 15:50
不好意思再次打扰您，我需要martini力场下的蔗糖gro或者pdb文件，我查看了这篇文献：Martini Coarse-Grai ...

有连接关系有成键参数了啊，你照着成键参数的平衡键长键角画一个呗

作者
Author: LNN 时间: 2023-12-2 18:49
本帖最后由 LNN 于 2023-12-2 18:59 编辑

喵星大佬发表于 2023-12-2 16:49
有连接关系有成键参数了啊，你照着成键参数的平衡键长键角画一个呗

感谢您的解答
但是我是计算机专业，对分子键长键角这些实在没有太多了解，想请问还有其他方式获得文件吗，或者用什么软件画呢，感谢解答

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