计算化学公社

标题: 进行分子冻结后，md模拟后分子为什么会改变位置？以及盒子收缩的问题？ [打印本页]

作者
Author: ngaoo 时间: 2023-9-28 09:25
标题: 进行分子冻结后，md模拟后分子为什么会改变位置？以及盒子收缩的问题？
老师，我在进行模拟之间已经把分子冻结在了盒子中间，然后进行能量最小化等操作，进行最终的md模拟后，发现分子的位置发现变化
Q1:（md模拟的时候把控压等设定去掉了）分子发生移动的现象正常吗？
Q2:老师，我还发现在进行到npt后，盒子从原来的5nm的立方盒子收缩到2.9nm，然后在md模拟的时候也是2.9那nm，这种盒子尺寸的收缩在正常范围内吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-28 09:55
如果用的freeze、正确设置了，且没用控压的话，MD过程中不可能被冻结的原子位置发生改变

没具体信息没法说。初始密度太小显然NPT过程中盒子会自发显著收缩

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)