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标题: 使用orca 做分子动力学模拟，崩溃之后如何续算 [打印本页]

作者
Author: 李泽旭 时间: 2023-9-29 15:35
标题: 使用orca 做分子动力学模拟，崩溃之后如何续算
本帖最后由李泽旭于 2023-9-29 15:39 编辑

各位老师好，我使用orca做分子动力学模拟，算到380 fs之后停止了，我想做续算，该如何操作？

体系是 1564 个原子的分子笼，金属原子和部分氢原子和碳原子使用QM 方法剩余原子使用XTB2 方法

输入文件的参数如下
!QM/XTB2 B97-3c d3 tightSCF
%maxcore  2000
%md
timestep 1.0_fs
initvel 298.15_K no_overwrite
thermostat berendsen 298.15_K timecon 30.0_fs
dump position stride 1 format xyz filename "pos.xyz"
constraint add center 0..1563
run 20000
end
%QMMM QMATOMS {640 641 654 1248 1249 661 662 1287 1286 613 599 1172 600 1173 620 1210 621 1211 592 581 582 1140 1141 561 562 1102 1103 695 681 1324 682 1325 703 702 1362 1363 135 136 137 1545 5 3 4 1541 343 344 1554 342 481 482 480 1560 66 67 68 1542 1553 281 279 280 1557 413 412 411 1548 206 205 204 140 1546 138 139 346 345 347 1555 1563 551 549 550 212 1550 274 273 275 1551 487 486 488 1562 70 69 71 1543 274 273 275 1551 414 415 416 1558 484 483 485 1561 419 1559 417 418 349 348 350 1556 278 1552 276 277 1 0 2 1540 72 73 74 1544 1547 143 141 142 209 1549 207 208 } END END
%pal nprocs 48 end

报错及输出文件如下

orca.out
ERROR    : MD Program returns an error
            cannot continue the md simulation
COMMAND    : /public1/home/scf2053/soft/orca_5_0_4_linux_x86-64_shared_openmpi411/orca_md orca  orca
RETURN CODE : 65280
RCA finished by error termination in SCF gradient
[file orca_main/mainmd.cpp, line 184]:

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-9-29 16:10
在orca手册Detailed Documentation的AIMD相关章节里搜restart

作者
Author: 李泽旭 时间: 2023-9-29 17:24

wzkchem5 发表于 2023-9-29 16:10
在orca手册Detailed Documentation的AIMD相关章节里搜restart

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