计算化学公社

标题: 请问在已经有纤维素pdb文件的前提下，如何使用该文件生成基于GLYCAM力场的top文件？ [打印本页]

作者
Author: huashang 时间: 2023-9-29 18:30
标题: 请问在已经有纤维素pdb文件的前提下，如何使用该文件生成基于GLYCAM力场的top文件？
各位老师，我利用脚本生成了纤维素链的pdb文件，我想要利用它生成基于GLYCAM06力场的top文件，该使用什么程序，如何进行操作？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-30 05:08
利用AMBER的leap产生拓扑文件，然后再通过acpype等程序转成GROMACS的拓扑文件

作者
Author: huashang 时间: 2023-9-30 12:22
本帖最后由 huashang 于 2023-9-30 12:58 编辑

sobereva 发表于 2023-9-30 05:08
利用AMBER的leap产生拓扑文件，然后再通过acpype等程序转成GROMACS的拓扑文件

感谢老师的回答，但是我在将pdb文件导入amber的tleap模块中时，又出现新的问题。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-9-30 13:20

huashang 发表于 2023-9-30 12:22
感谢老师的回答，但是我在将pdb文件导入amber的tleap模块中时，又出现新的问题。

出现 Created a new atom 说明PDB中有力场中没有的原子，出现 Added missing heavy atom 说明PDB中缺少了力场中需要的重原子，两者同时出现可能因为是PDB的原子命名方式和力场不一样。

作者
Author: huashang 时间: 2023-9-30 21:41

Frozen-Penguin 发表于 2023-9-30 13:20
出现 Created a new atom 说明PDB中有力场中没有的原子，出现 Added missing heavy atom 说明PDB中缺少了 ...

感谢，在按照GLYCAM力场的残基修改完pdb文件后，已经不会出现原子错误了,但是最后生成top文件的时候，又出现新的错误。

> cry = loadpdb crystal.pdb
Loading PDB file: ./crystal.pdb
total atoms in file: 87
> saveamberparm cry cry.top cry.crd
Checking Unit.
Warning: There is a bond of 5.243241 angstroms between:
Warning: There is a bond of 9.225325 angstroms between:
Warning: There is a bond of 9.225325 angstroms between:
Note: Ignoring the warnings from Unit Checking.
Building topology.
Building atom parameters.
Building bond parameters.
Building angle parameters.
Building proper torsion parameters.
Error: ** No torsion terms for H2-Cg-Cg-H2
Building improper torsion parameters.
total 0 improper torsions applied
Building H-Bond parameters.
Incorporating Non-Bonded adjustments.
请问，这个问题该如何解决？（是不是我的pdb文件结构有问题）

作者
Author: 1758924310 时间: 2024-4-17 09:59

huashang 发表于 2023-9-30 21:41
感谢，在按照GLYCAM力场的残基修改完pdb文件后，已经不会出现原子错误了,但是最后生成top文件的时候，又 ...

你好，请问怎么按照GLYCAM力场的残基修改pdb文件？我最近也在做纤维素模拟，卡到这里了，能请教一下吗？

作者
Author: userrr 时间: 2025-3-13 11:29
你好，博主，我现在也遇到和你一样的问题，我也想用gromacs模拟糖的力场，但是我用ambertools的时候转化我自己的mol2文件时显示找不到原子类型，我看了看和力场文件的原子类型是没有对上，我现在是想将自己的mol2文件转换成ambertools能够识别的文件，有什么好的方法和软件吗，我的mol2的文件是avogadro生成的，谢谢啦

作者
Author: huashang 时间: 2025-3-15 22:36
本帖最后由 huashang 于 2025-3-15 22:49 编辑

userrr 发表于 2025-3-13 11:29
你好，博主，我现在也遇到和你一样的问题，我也想用gromacs模拟糖的力场，但是我用ambertools的时候转化我 ...

我不知道你所说的糖是否是纤维素？如果是纤维素的话，建议使用cellulose-builder来构建纤维素，产生的纤维素PDB文件，里面的原子类型直接就可以被AMBERTOOLS识别。

如果是其它糖类，你可以使用charmm-gui来进行糖类的搭建，并直接生成基于charmm力场的top文件，我认为这要比AMBERTOOLS要好用很多。

作者
Author: userrr 时间: 2025-3-18 08:48

huashang 发表于 2025-3-15 22:36
我不知道你所说的糖是否是纤维素？如果是纤维素的话，建议使用cellulose-builder来构建纤维素，产生的纤 ...

你好，博主，我用的就是cellulose构建的纤维素，也产生的pdb文件，但是我用ambertool的时候它的残基好像不能识别，一直报错，用的是ambertool中的glycam06力场，谢谢

作者
Author: huashang 时间: 2025-3-21 17:12

userrr 发表于 2025-3-18 08:48
你好，博主，我用的就是cellulose构建的纤维素，也产生的pdb文件，但是我用ambertool的时候它的残基好像 ...

cellulose-builder生成的纤维素不能直接使用，你需要修改其中残基名，你看看这张图

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