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标题: 波函数稳定性问题 [打印本页]

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Author: LYNNYL 时间: 2023-10-1 12:14
标题: 波函数稳定性问题
本帖最后由 LYNNYL 于 2023-10-1 14:24 编辑

各位老师好，有个问题想请教下，我想计算得到这个有机小分子的 Sum of electronic and thermal Free Energies数值，但是在优化和频率计算完毕后，计算波函数稳定性一直显示不稳定，这种情况该怎么处理呢？

方法一：
（1）首先，我用opt freq b3lyp/6-311+g(d) scrf=(smd,solvent=dmso) empiricaldispersion=gd3bj 对这个分子进行优化和频率计算，所有频率都是正值
（2）之后，检验波函数稳定性，stable b3lyp/6-311+g(d) scrf=(smd,solvent=dmso) empiricaldispersion=gd3bj，结果显示“The wavefunction has an RHF -> UHF instability”
（3）之后，我在（1）计算的最终结构的chk文件基础上，重新进行波函数稳定性检测，方法是stable ub3lyp/6-311+g(d) scrf=(smd,solvent=dmso) empiricaldispersion=gd3bj guess=mix，结果显示 “The wavefunction is stable under the perturbations considered.”
（4）之后，我在（3）中的最终结构上，继续进行频率和优化计算，opt freq ub3lyp/6-311+g(d) scrf=(smd,solvent=dmso) empiricaldispersion=gd3bj ，频率计算结果里面有一虚频（-2.93）
（5）对（4）得到的最终结构的chk文件，通过vibrations→Manual Displacement → 调为0.5，保存为新的结构，重新进行Opt freq计算，opt freq ub3lyp/6-311+g(d) scrf=(smd,solvent=dmso) empiricaldispersion=gd3bj 。频率计算结果都是正值。
（6）对（5）得到的最终结构再次进行波函数稳定性检测，方法与（2）一样，但结果显示 “The wavefunction has an internal instability.”

方法二：
（1）首先，我用opt freq ub3lyp/6-311+g(d) scrf=(smd,solvent=dmso) empiricaldispersion=gd3bj 对这个分子进行优化和频率计算，所有频率都是正值。【只是把方法一种的（1）改为ub3lyp，其他参数一样】
（2）对方法二中的（1）得到的最终结构进行波函数稳定性测试，stable b3lyp/6-311+g(d) scrf=(smd,solvent=dmso) empiricaldispersion=gd3bj，结果显示 “The wavefunction has an internal instability.”

作者
Author: LYNNYL 时间: 2023-10-1 12:18
补充：在上面的计算中，我的电荷数是1，自旋多重度是1

作者
Author: philartist 时间: 2023-10-1 13:37
方法一的第（5）步如果你用UB3LYP而不是B3LYP可能能收敛到稳定的波函数上
检验波函数稳定性最好是从chk文件中读取待检测的波函数和结构，而不是重新初猜一个波函数
自旋多重度为3的情况建议也考虑一下看看能量是不是更低

作者
Author: LYNNYL 时间: 2023-10-1 14:17

philartist 发表于 2023-10-1 13:37
方法一的第（5）步如果你用UB3LYP而不是B3LYP可能能收敛到稳定的波函数上
检验波函数稳定性最好是从chk文 ...

谢谢您，刚发现有个地方描述错了，在方法一的第（5）步中，我用的是ub3lyp，不是b3lyp。波函数稳定性检测我都是用chk文件里面计算最终得到的最后那个结构。我尝试下自旋多重度设为3，计算看看能不能得到稳定结构

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-1 15:29

LYNNYL 发表于 2023-10-1 12:18
补充：在上面的计算中，我的电荷数是1，自旋多重度是1

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: LYNNYL 时间: 2023-10-1 15:50

sobereva 发表于 2023-10-1 15:29
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的，Sob老师。刚刚在回帖之前已经在原帖里面更改了，回帖的时候顺便再解释下

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-10-2 00:22
方法一的（4）有误。你没用guess=read读取（3）中辛苦获得的对称破缺波函数（而且这还是个稳定的波函数），反而从零开始算起，造成使用UB3LYP程序计算RB3LYP结果，其结果必然还是波函数不稳定，不用算也知道。但你算了，所以是花了2倍的机时算了没用的结果出来。后面的（5）（6）就不用看了，都没有意义。

方法二的（1）有误，同样是花了2倍的机时算了没用的结果出来。后面的（2）也不用看了，没有意义。

在进行任何后续计算前，强烈建议阅读以下几篇教程/博文，了解单重态UHF/UDFT计算一定要有对称破缺初猜的精髓
《用Gaussian做UHF计算》
《谈谈Gaussian软件中的guess=mix》
《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》http://sobereva.com/82

作者
Author: LYNNYL 时间: 2023-10-2 18:03
本帖最后由 LYNNYL 于 2023-10-2 18:04 编辑

zjxitcc 发表于 2023-10-2 00:22
方法一的（4）有误。你没用guess=read读取（3）中辛苦获得的对称破缺波函数（而且这还是个稳定的波函数）， ...

好的，谢谢老师！我之前尝试在电脑上提交Guess=read，但刚提交就显示link died，“Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.” 你能帮我看下我的输入程序是哪错了嘛？麻烦您了！

%nprocshared=4
%mem=1GB
%oldchk=F:\calculation\0509\4\parallel_4of.fchk
%chk=F:\calculation\0509\4\parallel_4of5.chk
# opt freq ub3lyp/6-311+g(d) scrf=(smd,solvent=dmso) empiricaldispersion=gd3bj guess=read geom=allcheck
【空一行】

之后就提交

（那个parallel_4of,fchk是在学校超算中心linux系统上算的，后面保存的4of5.chk是想在自己电脑win10上算下）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-2 18:10

LYNNYL 发表于 2023-10-2 11:03
好的，谢谢老师！我之前尝试在电脑上提交Guess=read，但刚提交就显示link died，“Error termination in ...

先按http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html自行排查报错原因

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-10-2 18:26
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-10-2 18:27 编辑

LYNNYL 发表于 2023-10-2 18:03
好的，谢谢老师！我之前尝试在电脑上提交Guess=read，但刚提交就显示link died，“Error termination in ...

%oldchk读取的是chk文件，不是fchk文件，需在Windows下用Gaussian自带的unfchk将fchk转化为chk文件。顺带一提，你的体系有可能1GB内存不够，最好换到Linux下进行计算。

作者
Author: LYNNYL 时间: 2023-10-15 15:16

zjxitcc 发表于 2023-10-2 18:26
%oldchk读取的是chk文件，不是fchk文件，需在Windows下用Gaussian自带的unfchk将fchk转化为chk文件。顺带 ...

好的，谢谢老师！

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